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IBM向日本銷售Blue Gene/L 用于蛋白質研究 http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=17221
紐約大學采用IBM刀片式服務器研究蛋白質 http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=13381
近日，紐約州立大學設在布法羅的生物信息卓越研究中心（Center of Excellence in Bioinformatics）宣布，采用IBM提供的超級計算機系統(tǒng)提高科研計算能力。該系統(tǒng)由266片BladeCenter HS20刀片服務器集群和7臺x 345服務器組成,，并運行Red Hat Linux 9.0操作系統(tǒng),。這一系統(tǒng)提供了每秒鐘1.32萬億次浮點運算的最高性能，幫助科學家們提高了研究效率,。通過易于使用的系統(tǒng)管理工具,，新的超級計算系統(tǒng)減少了研究中心的系統(tǒng)宕機時間，降低了IT管理成本并改善了資源的分配,。
紐約州立大學的生物信息卓越研究中心主要通過在分子水平上進行生物數(shù)據(jù)建模的高性能計算技術,，來進行基因組、蛋白質,、生物成像和藥物科學方面的研究,。研究中心管理層希望提高中心的計算速度，增加存儲容量并提高系統(tǒng)的可靠性,。他們希望能夠找到一家可以提供高性價比的超級計算解決方案的供應商,，并要求它在提供優(yōu)異支持和可靠系統(tǒng)集成方面擁有良好聲譽。
中心主任Jeffrey Skolnick教授和他的評估團隊向8家供應商征求方案,，其中包括IBM,、Sun、Dell和HP,。雖然中心的預算有限,，但關注的并不僅僅是成本問題,，可靠性和供應商的響應速度同樣也是中心考慮的重要事項,。Skolnick教授解釋說：“我們需要一家能夠負責修復任何集群故障的供應商。IBM為我們提供了單點聯(lián)絡并實現(xiàn)了他們的承諾,。”
在經(jīng)過對多家供應商進行評估,，以及廣泛的基準測試和檢測之后，中心管理層選擇了IBM提供的方案,，由266個BladeCenter HS20存儲服務器組成的集群,，在它之上運行Red Hat Linux操作系統(tǒng)。這一解決方案在測試期間的完美運行是IBM從競爭中脫穎而出的主要原因,。IBM在3周內(nèi)安裝了一個測試系統(tǒng)并投入運行,。測試系統(tǒng)包括7臺x系列345服務器，連接到5TB的存儲系統(tǒng),，由一個通用并行文件系統(tǒng)和Extreme集群管理工具箱（xCAT）系統(tǒng)管理軟件支持,。
新的IBM超級計算機集群的最高性能超過了每秒鐘1.32萬億次浮點運算，能夠可靠地處理中心內(nèi)部開發(fā)的各種應用和密集計算,。新系統(tǒng)的速度遠遠超過原來的系統(tǒng),。Skolnick 教授表示：“IBM的超級計算機提供了我們大幅改進蛋白質結構和功能預測研究所需要的性能?？晒芾硇缘娘@著提高和基礎設施的簡化允許我們將工作重點放在尋找致命疾病的病因和開發(fā)治療這些疾病的新藥物上,。”
自這臺IBM超級計算機完成部署以來,，中心系統(tǒng)的故障次數(shù)減少了，使得科學家們能夠進行更多的計算和可視化建模,。另外,，這一IBM超級計算機還簡化了IT系統(tǒng)的支持工作。以前,，當一個硬盤驅動器發(fā)生故障時,，為對這一故障進行診斷，中心需要檢查大量機架上的紅燈指示,，或將一個監(jiān)視器插入到2000個節(jié)點,，并且一次只能插入一個節(jié)點中，顯然,，這是一項令人沮喪和費時的任務,。利用內(nèi)置的BladeCenter管理工具，IT人員可以使用系統(tǒng)軟件來診斷故障并對集群進行遠程管理,，從而減少宕機時間和提高IT效率,。Skolnick教授表示：“由于集群更多的時間可以正常運行，科學家們在同樣的時間內(nèi)可以完成更多的科研任務,。”
IBM BladeCenter集群所消耗的能源和散熱大大少于以前的系統(tǒng),，幫助中心降低了運營成本。在占地空間受到限制的情況下,，刀片配置允許在同樣大小的區(qū)域內(nèi)部署更多的服務器,，同時還可以簡化系統(tǒng)配置并預留增長的空間。Skolnick教授總結到道：“目前看來,，我希望我們不久將會再次進行擴展,，我斷定我們將會繼續(xù)采用BladeCenter系統(tǒng)來進行擴展。”
