生物谷報道：要了解人類基因表達調(diào)控，科學家們越來越認識到“第二套密碼系統(tǒng)”（second genetic code）的重要性,，這一套系統(tǒng)中包含有轉(zhuǎn)錄因子（transcription factors,，TFs），以及TFs結(jié)合位點不同組合編碼。近期來自芬蘭赫爾辛基大學分子與癌癥細胞學的研究人員在這方面取得了重要研究進展：在轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合親和度（Binding Affinity）的分析基礎上預言了哺乳動物全基因組范圍內(nèi)增強子,，這一研究成果公布在1月13日的Cell雜志上,。
研究人員首先通過一種新穎的高通量方法確定了GLIs1—3，Tcf4和c-Ets1這幾種介導Hedgehog(Hh),、Wnt和Ras/MAPK信號通路的調(diào)控因子的DNA結(jié)合特異位點,，然后利用另外一種研究人員自己開發(fā)的計算工具——enhancer element locator (EEL)逐步在全基因組范圍內(nèi)辨認了在這幾種信號通路中起到調(diào)控作用的哺乳動物增強子。之后的小鼠實驗證明這些預測可以有效的揭示轉(zhuǎn)基因小鼠胚胎中c-Myc和N-Myc基因多組織特異性增強子的存在,。
同時,，通過對c-myc和N-myc的分析，預測出器官特異性生長基因和腫瘤特異性原癌基因,。這一新的生物信息學方法在疾病的預測,，基因表達的分析起到重要的作用。也有助于篩選藥物的新的靶點,，成為新藥研發(fā)的重要手段和工具,。
背景資料：
存在于mRNA中的遺傳密碼稱為經(jīng)典密碼系統(tǒng)或第一套密碼系統(tǒng)，而第二套密碼系統(tǒng)的概念或?qū)W說由ChristiandeDuve提出,，主要內(nèi)容是：tRNA-氨基酸接受柄有一輔密碼區(qū)(Paracodonregion),，可以被氨基酰tRNA合成酶(aaRS)識別，并決定tRNA的特異性,。他認為第二套密碼系統(tǒng)蘊含于aaRS結(jié)構(gòu)中,，其特征為①與經(jīng)典密碼系統(tǒng)不同，輔密碼子密碼系統(tǒng)或第二套密碼系統(tǒng)是非簡并性的(nondrgenerate),。②第二套密碼系統(tǒng)比經(jīng)典的密碼系統(tǒng)對氨基酸更具有決定性,，這與密碼子和相應的氨基酸間的立體化學相互反應有關。③第二套密碼系統(tǒng)比經(jīng)典的密碼系統(tǒng)更原始,。
原始出處：
Genome-wide Prediction of Mammalian Enhancers Based on Analysis of Transcription-Factor Binding Affinity
Outi Hallikas, Kimmo Palin, Natalia Sinjushina, Reetta Rautiainen, Juha Partanen, Esko Ukkonen, and Jussi Taipale
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Transcription Factor Target Practice
Frank C.P. Holstege and Hans Clevers
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