生物谷報(bào)道：要了解人類基因表達(dá)調(diào)控，科學(xué)家們?cè)絹?lái)越認(rèn)識(shí)到“第二套密碼系統(tǒng)”（second genetic code）的重要性,，這一套系統(tǒng)中包含有轉(zhuǎn)錄因子（transcription factors,，TFs）,，以及TFs結(jié)合位點(diǎn)不同組合編碼。近期來(lái)自芬蘭赫爾辛基大學(xué)分子與癌癥細(xì)胞學(xué)的研究人員在這方面取得了重要研究進(jìn)展：在轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合親和度（Binding Affinity）的分析基礎(chǔ)上預(yù)言了哺乳動(dòng)物全基因組范圍內(nèi)增強(qiáng)子,，這一研究成果公布在1月13日的Cell雜志上,。
研究人員首先通過(guò)一種新穎的高通量方法確定了GLIs1—3，Tcf4和c-Ets1這幾種介導(dǎo)Hedgehog(Hh),、Wnt和Ras/MAPK信號(hào)通路的調(diào)控因子的DNA結(jié)合特異位點(diǎn),，然后利用另外一種研究人員自己開(kāi)發(fā)的計(jì)算工具——enhancer element locator (EEL)逐步在全基因組范圍內(nèi)辨認(rèn)了在這幾種信號(hào)通路中起到調(diào)控作用的哺乳動(dòng)物增強(qiáng)子,。之后的小鼠實(shí)驗(yàn)證明這些預(yù)測(cè)可以有效的揭示轉(zhuǎn)基因小鼠胚胎中c-Myc和N-Myc基因多組織特異性增強(qiáng)子的存在。
同時(shí),，通過(guò)對(duì)c-myc和N-myc的分析,，預(yù)測(cè)出器官特異性生長(zhǎng)基因和腫瘤特異性原癌基因。這一新的生物信息學(xué)方法在疾病的預(yù)測(cè),，基因表達(dá)的分析起到重要的作用,。也有助于篩選藥物的新的靶點(diǎn)，成為新藥研發(fā)的重要手段和工具,。
背景資料：
存在于mRNA中的遺傳密碼稱為經(jīng)典密碼系統(tǒng)或第一套密碼系統(tǒng),，而第二套密碼系統(tǒng)的概念或?qū)W說(shuō)由ChristiandeDuve提出，主要內(nèi)容是：tRNA-氨基酸接受柄有一輔密碼區(qū)(Paracodonregion),，可以被氨基酰tRNA合成酶(aaRS)識(shí)別,，并決定tRNA的特異性。他認(rèn)為第二套密碼系統(tǒng)蘊(yùn)含于aaRS結(jié)構(gòu)中,，其特征為①與經(jīng)典密碼系統(tǒng)不同,，輔密碼子密碼系統(tǒng)或第二套密碼系統(tǒng)是非簡(jiǎn)并性的(nondrgenerate)。②第二套密碼系統(tǒng)比經(jīng)典的密碼系統(tǒng)對(duì)氨基酸更具有決定性,，這與密碼子和相應(yīng)的氨基酸間的立體化學(xué)相互反應(yīng)有關(guān),。③第二套密碼系統(tǒng)比經(jīng)典的密碼系統(tǒng)更原始。
原始出處：
Genome-wide Prediction of Mammalian Enhancers Based on Analysis of Transcription-Factor Binding Affinity
Outi Hallikas, Kimmo Palin, Natalia Sinjushina, Reetta Rautiainen, Juha Partanen, Esko Ukkonen, and Jussi Taipale
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Transcription Factor Target Practice
Frank C.P. Holstege and Hans Clevers
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