在Western Blot過程中,，分子量Marker就像個(gè)螺絲釘一樣沒雖然是個(gè)小細(xì)節(jié)，然而就是這樣一個(gè)小細(xì)節(jié)對實(shí)驗(yàn)結(jié)果有著不可忽視的作用。這個(gè) Western Blot參照家族的一員的作用主要是用來指示蛋白條帶所對應(yīng)的分子量大小，只有標(biāo)準(zhǔn)量精確無誤了,，實(shí)驗(yàn)結(jié)果才有說服力，除此之外,，蛋白標(biāo)準(zhǔn)還有表示轉(zhuǎn)移成功或者蛋白在凝膠上的電泳程度等等的作用,，所以選擇正確的蛋白Marker也是western blot實(shí)驗(yàn)成功的必要條件之一。
   總體來說,，蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)可以分成未染蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn),、預(yù)染蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)二個(gè)級(jí)別。以下是關(guān)于蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)的小敘：
一. 未染色（pre mixed）蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)
    未染色的蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)是最簡單,，也是最準(zhǔn)確的一種,。由于沒有附帶染料分子或者是標(biāo)記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小,，是精確判斷蛋白大小必須的?，F(xiàn)在的Marker多數(shù)都選用預(yù)混和的Marker，方便不同大小的蛋白比較,。預(yù)混的Marker通常有幾條帶加倍濃度作為指示，因?yàn)榛旌系臈l帶越多,，越不好記,，誰知道哪條是那條！數(shù)到眼都花了,。所以當(dāng)看到特別濃的那幾條標(biāo)志帶就記得是哪里了,。不過要記得，小帶通常都不那么容易看清楚的,。在選擇上來說,，當(dāng)然是選擇其中至少有一條條帶和自己的目的蛋白大小相近的最好,，越近越好。如果你的蛋白不幸在兩條跨度較大Marker條帶之間,，選別的Marker吧,。預(yù)混的Marker使用上不如預(yù)染Marker（pre-stained）好用，因?yàn)殡娪具^程中完全看不到,，要和目標(biāo)蛋白一起等到最后染色才“開蠱”,，無法對實(shí)驗(yàn)起預(yù)示參照作用。完全屬于“后知后覺”型的,，當(dāng)然還是比“不知不覺”不做對照的要好,。
① 寬分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)
   如果從實(shí)驗(yàn)室總體考慮的，就選范圍盡量寬,，條帶分布比較均勻的,，這樣你的蛋白無論在哪個(gè)區(qū)間都容易判斷，避免正好落在一段空白區(qū)的危險(xiǎn),。不過條帶越多,，每次上樣量也就越費(fèi)。拿到Marker后,，如果買的是大包裝,，就應(yīng)該考慮分裝。多次反復(fù)凍融對于蛋白的危險(xiǎn),，不用多說吧,。另外要記得，寬譜的Marker不一定每條都能看到的,，特別是Mini Cell,。如果側(cè)重大蛋白，那小的可能就已經(jīng)跑掉了,，不是質(zhì)量不好哦,。
② 高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)
   通常在檢測大分子量蛋白經(jīng)常使用到高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)，
③ 低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)
   在一般的蛋白電泳當(dāng)中,，更常用的是低蛋白標(biāo)準(zhǔn)分子量,，除了有指示蛋白大小的作用以外，有時(shí)還可以用作粗略的定量,。實(shí)驗(yàn)室用在一般蛋白電泳的低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)中,。 
    在低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)這里還包括可特別小的蛋白標(biāo)準(zhǔn)，比如30kD以下蛋白或者多肽的分離辨別,。其中GE的從2kD到16kD之間有6條帶的蛋白標(biāo)準(zhǔn)挺不錯(cuò),，另外提醒一句，特別小的蛋白Marker條帶如果要顯色好,，上樣一定要上足夠的量哦,。
二.預(yù)染蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)
    預(yù)染蛋白分子量是一些純化好的蛋白混合物,，通過與染料共價(jià)耦聯(lián)，在電泳過程中或者轉(zhuǎn)膜時(shí)可以直接觀察到,。預(yù)染蛋白分子量的出現(xiàn)方便了我們的實(shí)驗(yàn),，這種蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)可以幫助我們在電泳時(shí)、電泳后,，以及轉(zhuǎn)膜后監(jiān)測電泳情況和估計(jì)遷移率——比如,，已知垂直電泳最佳分辨區(qū)域大約在膠的2/3處，如果使用預(yù)染Marker就可以預(yù)測目標(biāo)蛋白進(jìn)入最佳分辨區(qū)時(shí)停止電泳以得到最佳分辨效果,；如果觀察到Marker電泳異常也可以及時(shí)終止電泳,；另外在Western Blot轉(zhuǎn)膜以后可以直接觀察蛋白轉(zhuǎn)膜是否完全，還可以在膜上標(biāo)記蛋白分子量,，所以吸引了許多實(shí)驗(yàn)室人員購買預(yù)染蛋白標(biāo)準(zhǔn),。值得注意的是預(yù)染蛋白Marker與染料共價(jià)耦聯(lián)，所以在不同的緩沖條件下電泳時(shí)遷移特性可能會(huì)發(fā)生某些變化,，可能導(dǎo)致一些偏差,，所以不太適合精確定位蛋白——不過多數(shù)情況下Marker的條帶未必能和我們的目標(biāo)蛋白完全一樣，我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小,，最后都需要Western來定性,，所以如果不是要區(qū)分大小相近的條帶，預(yù)染Marker還是很好用的,，而且也可以和未染色的蛋白標(biāo)準(zhǔn)一起使用,。 
    預(yù)染蛋白標(biāo)準(zhǔn)可以分為兩種：單色預(yù)染和多色預(yù)染，其實(shí)區(qū)別就在于幫助在實(shí)驗(yàn)過程中辨認(rèn)某個(gè)條帶的大小——Marker條帶越多參考價(jià)值越大,，可就越難辨認(rèn)區(qū)分,，如果用不同的顏色來區(qū)別就比較好辨認(rèn)啦。如果沉悶的電泳實(shí)驗(yàn)中跑出五顏六色的彩虹Marker,，此時(shí)心情想必會(huì)愉快一些,！單色的Marker通常是利用其中某些條帶加倍濃度來提示其大小的。還有一點(diǎn)特別要注意,，由于轉(zhuǎn)膜是一個(gè)將膠里的Marker濃縮在潔白的膜上,，所以需要的上樣量相對少一些，如果想要在電泳過程中看到美麗的“彩虹”,，或者單色的Marker往往需要比說明書里多加一些Marker的,。