1.醫(yī)院檔案管理格局較為混亂
目前，我國大多數(shù)醫(yī)療部門的檔案管理基本都是多部門管理檔案的格局,。醫(yī)院的綜合檔案室一般只管理一些文書檔案,、科技檔案和財務(wù)檔案等，隸屬行政辦公室管理,。而醫(yī)療文書檔案以及各種檢查影像等又分別隸屬于其他醫(yī)務(wù)部門進行日常管理,。而由于這些管理部門所采用的管理方式不同，其在管理職責上也不明確,，沒有納入醫(yī)院的綜合目標管理的考核中,，這種多頭管理，各有政策的現(xiàn)象,，在很大程度上造成了管理標準化的難以進行,。

2.醫(yī)院檔案信息化建設(shè)重視程度不夠
隨著互聯(lián)網(wǎng)的廣泛應(yīng)用和發(fā)展，計算機的應(yīng)用已經(jīng)成為醫(yī)院日常經(jīng)營和發(fā)展不可缺少的重要部分,，從最簡單的管理信息系統(tǒng)和財務(wù)系統(tǒng)到完善的醫(yī)院信息系統(tǒng),、放射科信息系統(tǒng)、影像存檔和通訊系統(tǒng),、實驗室信息系統(tǒng)以及局域網(wǎng)管理和辦公自動化等,，都已經(jīng)開始在醫(yī)院中使用并運行。但仍存在一些領(lǐng)導(dǎo)對檔案信息化建設(shè)的作用和迫切性的認識不夠,，導(dǎo)致醫(yī)院的信息化建設(shè)進程中未沒有將檔案信息化管理納入工作的重點,，對檔案信息化建設(shè)的重視程度不夠。
       
3.檔案管理軟件系統(tǒng)開發(fā)相對落后
目前,，我國關(guān)于檔案管理軟件方面的開發(fā)速度和水平還明顯落后于計算機硬件技術(shù)的發(fā)展,，尤其是在醫(yī)院檔案管理軟件方面顯得更為欠缺。隨著醫(yī)療檔案數(shù)量和種類的快速增長,，以及對檔案信息化的利用需求的不斷增加,，單版機計算機檔案管理已經(jīng)無法適應(yīng)當前形勢的發(fā)展，缺乏可兼容性和可擴張性,，急需升級和更新,。

4.檔案專業(yè)人員專業(yè)素質(zhì)有待提高
目前醫(yī)院現(xiàn)有的檔案管理人員的知識結(jié)構(gòu)比較單一，尤其是在計算機網(wǎng)絡(luò)技術(shù)的應(yīng)用能力方面的技術(shù)水平較低，專業(yè)知識匱乏,。缺乏專業(yè)的檔案信息管理人員,，員工工作的主動性和創(chuàng)新性不夠，不符合現(xiàn)代化醫(yī)療行業(yè)對檔案管理的高要求,。