華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)院

多年來癌癥遺傳學(xué)研究策略是對(duì)單個(gè)獨(dú)立的基因進(jìn)行研究，然后把把這些單獨(dú)的研究結(jié)果綜合起來,，形成比較全面的認(rèn)識(shí),。我們對(duì)癌癥的許多認(rèn)識(shí)是基于這種研究方法。然而,，在上世紀(jì)九十年代基因組學(xué)的興起促進(jìn)癌癥遺傳學(xué)形成了一套全新的技術(shù)思路,。新的研究策略是全面檢測(cè)腫瘤發(fā)生過程中所有的遺傳學(xué)變化，從整體上研究這些遺傳變化進(jìn)而建立一個(gè)最好的發(fā)現(xiàn),，診斷和治療癌癥的方法,。通過大規(guī)模項(xiàng)目建立公共數(shù)據(jù)庫對(duì)促進(jìn)癌癥研究有非常關(guān)鍵的作用，除了數(shù)據(jù)庫開發(fā)人員使用外,，來自腫瘤研究其它領(lǐng)域的研究人員也能以此為起點(diǎn)研究特異的現(xiàn)象,。為了建立癌癥基因組數(shù)據(jù)庫，幾個(gè)研究小組獨(dú)立開始進(jìn)行這項(xiàng)大規(guī)模的工程,，DNA測(cè)序作為一個(gè)共同的技術(shù)平臺(tái),。大規(guī)模的DNA測(cè)序工程現(xiàn)在已經(jīng)在發(fā)現(xiàn)人新基因，鑒定基因組中癌癥誘發(fā)的基因突變以及對(duì)正常細(xì)胞與癌細(xì)胞轉(zhuǎn)錄物變化進(jìn)行定性和定量研究中發(fā)揮重要作用,。癌癥基因組項(xiàng)目產(chǎn)生大量數(shù)據(jù),，這促進(jìn)了包括DNA微陣列在內(nèi)的系統(tǒng)研究方法的興起?？傊?，從癌癥基因組工程中，我們不僅認(rèn)識(shí)到在癌細(xì)胞中基因組是怎樣變化的,，而且可以理解這些變化是如何導(dǎo)致細(xì)胞水平的變化最終誘發(fā)癌癥產(chǎn)生的,。

本文主要評(píng)價(jià)三個(gè)癌癥基因組項(xiàng)目的早期結(jié)果,，科學(xué)進(jìn)展以及合作情況。這三個(gè)基因組工程是The Cancer Genome Anatomy Project(CGAP), The Human Cancer Genome Project (HCGP)和The Cancer Genome Project (CGP)（參見表一）,。

基因組和癌癥研究
現(xiàn)在所有基于人序列的數(shù)據(jù)都直接與人基因組相關(guān),。這為統(tǒng)一基因組范圍的研究提供一個(gè)極好的機(jī)會(huì)；同時(shí)在人基因組這一研究背景下分析所得到的數(shù)據(jù)也更有價(jià)值?，F(xiàn)在每個(gè)癌癥基因組項(xiàng)目都是在人類基因組計(jì)劃不斷提供大量DNA測(cè)序數(shù)據(jù)的背景下進(jìn)行的,。癌癥基因組項(xiàng)目提供有關(guān)癌癥的信息有助于更好的分析，解釋和理解基因組,。這些致力于建立公數(shù)據(jù)庫的大規(guī)模工程將為攻克癌癥發(fā)揮巨大的作用,，而這也是人類基因組計(jì)劃的目標(biāo)之一。圖一簡要的勾畫出癌癥基因組數(shù)據(jù)與產(chǎn)生癌癥相關(guān)信息之間的關(guān)系,。

癌癥基因組可以產(chǎn)生四種類型的數(shù)據(jù)信息,。前兩類是轉(zhuǎn)錄序列，產(chǎn)生于人cDNA序列的400-600bp表達(dá)序列標(biāo)簽（expressed sequence tags,，ESTs）和由基因表達(dá)連續(xù)分析（serial analysis of gene expression,，SAGE)得到的短序列標(biāo)簽。第三類信息基因組DNA序列,，代表基因單個(gè)外顯子的全部或一部分,，它們已經(jīng)被篩選以尋找在人腫瘤中發(fā)生的序列突變。最后一類是有助于查明腫瘤發(fā)生中的斷裂點(diǎn)信息,，它是由于腫瘤發(fā)生過程中大范圍的基因組重排所產(chǎn)生的,。 癌癥基因組解析計(jì)劃（The Cancer Genome Anatomy Project，CGAP）
目標(biāo)和基本原理 CGAP的目標(biāo)就是建立一個(gè)基于信息和物理資源的基因組和癌癥交叉研究平臺(tái),。CGAP的策略是建立序列數(shù)據(jù)庫而不是去分析生物學(xué)功能,，使這些信息容易用于生物學(xué)分析。這個(gè)項(xiàng)目已經(jīng)建立了一個(gè)在正常細(xì)胞與癌細(xì)胞表達(dá)有很大不同的基因目錄,，所收集的基因數(shù)目在不斷增多,。
CGAP和HCGP重點(diǎn)都在從各種癌和正常組織cDNA文庫中得到ESTs。CGAP ESTs主要是從轉(zhuǎn)錄物3′端poly(A)尾引發(fā)第一鏈合成得到,，它們使得鑒定來源于同一基因的序列變得很容易,。在經(jīng)過篩選除去任何可能的污染序列之后，這些序列儲(chǔ)存在EST數(shù)據(jù)庫（Expressed Sequence Tags Database,，dbEST)中,。到現(xiàn)在為止，CGAP已經(jīng)儲(chǔ)存了>1,000,000條ESTs,。ESTs方法產(chǎn)生cDNA克隆和用于基因標(biāo)簽的序列,。這些克隆可以用于獲得全長轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，建立微陣列鑒定基因表達(dá)模式,。
隨著CGAP項(xiàng)目的進(jìn)展,，人們引進(jìn)了許多新的高通量基因表達(dá)檢測(cè)技術(shù),。CGAP已經(jīng)廣泛應(yīng)用SAGE方法，這種技術(shù)可以對(duì)基因表達(dá)定量分析,。在SAGE方法中序列標(biāo)簽是很短的（通常是14個(gè)核苷）,，許多標(biāo)簽在一個(gè)單克隆中是相連的，因而從單一DNA測(cè)序反應(yīng)中可以得到30多個(gè)標(biāo)簽,。而且,，由于這些標(biāo)簽來源于特異性限制性酶切位點(diǎn)鄰近的序列，因而這些標(biāo)簽很容易被定位到某特異轉(zhuǎn)錄物,。
與ESTs相比SAGE有個(gè)優(yōu)點(diǎn),，標(biāo)簽可以來源于一個(gè)轉(zhuǎn)錄物的多個(gè)區(qū)段，但在鑒定兩個(gè)標(biāo)簽是代表相同還是不同基因時(shí)也更困難,，特別是缺少完整基因序列情況下,。當(dāng)然，人基因組測(cè)序完成后,，更多的全長轉(zhuǎn)錄物被發(fā)現(xiàn),，來源于轉(zhuǎn)錄物不同片段的基因標(biāo)簽的關(guān)系更容易被鑒定。由于其具有對(duì)基因表達(dá)變化的定量能力,，因而CGAP數(shù)據(jù)鑒定多種腫瘤發(fā)生中都過量表達(dá)的基因很有用。CGAP與國家生物技術(shù)信息中心（National Center for Biotechnology Information,，NCBI) 一起建立一個(gè)公共的SAGE數(shù)據(jù)庫（SAGEmap）,。最近CGAP已經(jīng)改進(jìn)了將標(biāo)簽定到特異基因的方法，并且開發(fā)了新的分析工具如SAGE Anatomic Viewer9,。CGAP的SAGE數(shù)據(jù)庫中大多數(shù)序列標(biāo)簽是通過突變或物理刺激引起基因表達(dá)變化這種方法獲得的,。這些數(shù)據(jù)已經(jīng)被用于鑒定在乳房、卵巢,、腦和胰腺癌過表達(dá)的基因和鑒定在腫瘤內(nèi)皮細(xì)胞以及缺氧誘導(dǎo)下特異表達(dá)的基因,。通過計(jì)算機(jī)分析鑒定基因的表達(dá)變化可以通過定量PCR或原位雜交等方法進(jìn)一步分析確證。
基因表達(dá)數(shù)據(jù)與癌癥基因組整合 CGAP一個(gè)重要目標(biāo)就是將癌癥基因組和其表達(dá)整合起來,。高質(zhì)量的人類基因組序列,，與基于序列的基因表達(dá)數(shù)據(jù)為這種整合提供了一個(gè)途徑。例如,，我們可以借助一些基因組瀏覽器可以在基因組水平上分析CGAP ESTs和SAGE標(biāo)簽,。

另一個(gè)基因組與基因表達(dá)的重要關(guān)系需要特別關(guān)注。腫瘤細(xì)胞遺傳學(xué)在后基因組時(shí)代仍然象在進(jìn)行基因組測(cè)序計(jì)劃之前一樣很重要,。對(duì)腫瘤細(xì)胞染色體斷裂點(diǎn)進(jìn)行定位可以鑒定與疾病發(fā)生直接相關(guān)的基因組區(qū)段,。甚至，開發(fā)抗癌新藥Gleevec漫長探索過程就是建立在最初發(fā)現(xiàn)慢性骨髓樣白血病普遍發(fā)生染色體異位（導(dǎo)致BCR-ABL融合)這一基礎(chǔ)上（見文章末Box3）,。然而基因組序列與細(xì)胞遺傳學(xué)圖還需要進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)才能整合起來,。CGAP完成了高分辨率BAC克隆熒光原位雜交(FISH)圖,，這些克隆是用作人基因組計(jì)劃測(cè)序模板。這極大方便了對(duì)染色體斷裂點(diǎn)鑒定,。也就是說,，人們可以鑒定細(xì)胞遺傳學(xué)圖上的BAC克隆，從已知BAC序列片段中讀出DNA序列并分析它們與鄰近序列的關(guān)系,。借助這些知識(shí),，染色體斷裂點(diǎn)發(fā)生所表現(xiàn)的DNA序列改變能很快可以被發(fā)現(xiàn)。BAC象"錨"一樣,，將基因組序列既可以與細(xì)胞遺傳學(xué)圖聯(lián)系起來,，又可以與基因聯(lián)系起來，因而,，認(rèn)識(shí)癌癥基因組與表達(dá)的綜合關(guān)系就變得非常容易了,。CGAP還與Felix Mitelman一起合作建立癌癥染色體異常目錄網(wǎng)絡(luò)版，使得研究人員可以自由的利用這些信息,，也提供了一個(gè)方法可以將這些有價(jià)值的數(shù)據(jù)與基于測(cè)序的數(shù)據(jù)相連,。 人癌癥基因組計(jì)劃(The Human Cancer Genome Project,HCGP)
目標(biāo)和基本原理 HCGP最重要的目標(biāo)是鑒定人類基因組蛋白質(zhì)編碼區(qū)。轉(zhuǎn)錄物序列對(duì)鑒定人DNA序列中的基因有非常關(guān)鍵的作用,因此,，轉(zhuǎn)錄物測(cè)序是整個(gè)人基因組測(cè)序的一個(gè)基本內(nèi)容,。
EST測(cè)序 所有的HCGP數(shù)據(jù)都是應(yīng)用開放閱讀框(ORF)EST測(cè)序方法或ORESTES得到的，這種方法可以對(duì)中間的蛋白質(zhì)編碼區(qū)測(cè)序,。通過轉(zhuǎn)錄物末端反轉(zhuǎn)錄建立的ESTs通常不能包括這些區(qū)域,。這個(gè)方法包括PCR介導(dǎo)的表達(dá)基因內(nèi)部片段測(cè)序。因而,，ORESTES方法能夠捕捉到許多新的低豐度的信息,，其中大部分序列與同一時(shí)刻表達(dá)的其他轉(zhuǎn)錄物豐度差異顯著。HCGP用最初的100,000 HCGP序列在染色體22鑒定出許多新的轉(zhuǎn)錄區(qū)域,，證實(shí)了這個(gè)策略的正確可行,。在GenBank已經(jīng)儲(chǔ)存了將近800,000條HCGP序列。HCGP數(shù)據(jù)在產(chǎn)生之后就立即存到GenBank,，其中大多數(shù)數(shù)據(jù)可用于分析2001發(fā)布的人類基因組草圖,。

ESTs應(yīng)用
對(duì)CGAP和HCGP計(jì)劃產(chǎn)生的ESTs，我們需要做的第一步就是將來源于相同基因的片段歸類,。理論上,，可以通過比較轉(zhuǎn)錄序列之間的同源性來進(jìn)行鑒定。然而實(shí)際上,，由于轉(zhuǎn)錄物的可變性（如選擇性拼接和多態(tài)性）,，基因家族成員序列相關(guān)性，來源于相同轉(zhuǎn)錄物標(biāo)簽缺少重疊以及DNA序列質(zhì)量的不一致性，聚類分析是很復(fù)雜的,?；蚪M研究院基因索引（The Institute for Genomic Research Gene Indices）， STACK和UniGene是聚類分析建立具有代表性的幾個(gè)數(shù)據(jù)庫,，UniGene使用得最廣泛,。

然而聚類分析一個(gè)更可靠的方法是用人類基因組序列做"向?qū)?quot;。通過這種方法我們可以鑒定嵌合體,，否則會(huì)導(dǎo)致錯(cuò)誤的序列,。這種方法還可以對(duì)具有很小部分重疊的轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行聚類分析，也可以將類似的家族成員鑒別出來,。以基因組序列作為"向?qū)?quot;的策略還可以鑒定出轉(zhuǎn)錄物由于缺乏內(nèi)含子與基因組序列之間的不連續(xù)性,。另外，即使與已知的任何基因都不配,，通過將EST定位到基因組外顯子/內(nèi)含子結(jié)構(gòu)圖上仍可以將它鑒別出來,。基因組聚類分析也可以用于進(jìn)行轉(zhuǎn)錄物的染色體定位,。因此,，EST聚類物廣泛用于鑒定與癌癥相關(guān)的基因和人類基因組上的轉(zhuǎn)錄物。例如,，這種策略用于鑒定染色體21基因轉(zhuǎn)錄物,，這包含B細(xì)胞慢性淋巴細(xì)胞白血病（B-cell chronic lymphocytic leukaemia ,，B-CLL)腫瘤抑制基因位點(diǎn),，CLL抑制基因位點(diǎn)，12p12腫瘤抑制位點(diǎn)和遺傳性前列腺癌位點(diǎn),。由于這些原因，HCGP和CGAP將基因組聚類分析用于處理ESTs,。
ESTs聚類分析也為基因多樣性研究提供機(jī)會(huì),，其中一些基因與癌癥表現(xiàn)型相關(guān)。CGAP已經(jīng)通過多態(tài)性分析來鑒別來源于相同基因序列的單核苷酸差異,。這個(gè)方法的基礎(chǔ)就是來源不同個(gè)體組織cDNA文庫的轉(zhuǎn)錄物標(biāo)簽,。盡管大多數(shù)單核苷多態(tài)性代表群體中普通的多態(tài)性，然而其中的一些與癌癥發(fā)生和維持直接相關(guān),。
EST數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類分析還可以用于發(fā)現(xiàn)與惡性腫瘤相關(guān)的轉(zhuǎn)錄物變異,。CGAP和HCGP數(shù)據(jù)已經(jīng)廣泛用于分析已知的所有人類基因變異，這些變異可能是由于外顯子選擇性剪接,，外顯子組織特異性剪接或在癌癥發(fā)生中差異表達(dá)的基因選擇性剪接,。
CGAP信息研究組已經(jīng)開發(fā)了許多方便使用EST數(shù)據(jù)庫的工具，可以在線通過計(jì)算機(jī)分析發(fā)現(xiàn)可能在一些特殊癌癥中優(yōu)先表達(dá)的基因。通過這些轉(zhuǎn)錄物數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)的在單個(gè)腫瘤中表達(dá)的基因包括乳房癌,，前列腺癌,，結(jié)腸癌和口腔癌基因，還有生殖器官的一些癌特異表達(dá)的基因,。通過組織限制性表達(dá)分析鑒定癌癥免疫治療潛在靶點(diǎn),，這種方法在這個(gè)領(lǐng)域是非常有前景的。

癌癥基因組計(jì)劃（The Cancer Genome Project,，CGP）
CGP是最近發(fā)起的三個(gè)測(cè)序癌癥基因組之一,。CGAP和HCGP主要是鑒定癌癥轉(zhuǎn)錄物，而CGP目標(biāo)是調(diào)查人基因組中所有基因的序列變化,，CGP從一個(gè)不同的角度研究癌癥基因組,。如果與表達(dá)數(shù)據(jù)庫整合以后，可以從分子水平對(duì)癌癥有一個(gè)更全面的認(rèn)識(shí),。
對(duì)疾病發(fā)生和發(fā)展中出現(xiàn)的突變進(jìn)行分析使得我們對(duì)癌癥生物學(xué)有更深的認(rèn)識(shí),。盡管已經(jīng)取得非常大的進(jìn)步，然而我們對(duì)鑒定癌癥基因組中發(fā)生的所有突變還是認(rèn)識(shí)很少,。同時(shí),，我們能從癌癥突變基因中得到許多非常有價(jià)值的信息。如前所述鑒定染色體易位是很容易的,；然而,，這只是我們所進(jìn)行的分析中非常普通的變化，如BCR-ABL融合,。許多高外顯率易變基因已經(jīng)被克隆,，如乳房癌基因BRCA1和BRCA2，而其它低外顯率或低頻率位點(diǎn)仍不清楚,?？偣灿袑⒔?5個(gè)體細(xì)胞突變基因在文獻(xiàn)中報(bào)道。然而所有這些基因都是相對(duì)容易做的,，還有多結(jié)構(gòu)染色體異常癌基因組在分子水平不清楚,。在以前的工作中，對(duì)這些變化進(jìn)行還原性分析提供了許多分散的復(fù)雜的數(shù)據(jù),。CGP計(jì)劃已經(jīng)開始鑒定那些比較困難的癌突變基因,，這些基因沒有被定位到圖譜上或只是定位到不清楚的大片段上。
人腫瘤中存在多種突變,，這帶來了麻煩,。為了完整描述體細(xì)胞遺傳學(xué)變化，基因組突變鑒定平臺(tái)技術(shù)需要研究基因內(nèi)微小突變（置換,，缺失和插入）,，以及大的突變?nèi)缈截悢?shù)的變化（減少和擴(kuò)增）和重組。
如果腫瘤和相應(yīng)正常DNA完全測(cè)序，每個(gè)堿基覆蓋至少十次,，那么這些遺傳學(xué)信息都可以得到,。盡管這種假設(shè)的方法不可行，但我們可能設(shè)計(jì)出方法分析單一類型突變,。借助人類基因組序列和合適的高通量突變掃描鑒定技術(shù),，掃描分析腫瘤中所有基因內(nèi)微小突變是可行的。人基因組草圖2001年發(fā)表,，所有測(cè)序在今年完成,。對(duì)這些序列完成注解還需要兩年，并對(duì)所有已知的基因進(jìn)行定位和結(jié)構(gòu)鑒定,。利用這些信息,，我們能夠直接分析所有的基因，并最終得到癌細(xì)胞基因組編碼序列的情況,。
在測(cè)序完成之前,，到目前為止已經(jīng)開始對(duì)已經(jīng)確定的>15,000基因進(jìn)行分析了,。為了在合理的時(shí)間內(nèi)完成整個(gè)基因組分析,，CGP開發(fā)一套靈敏快速的突變掃描方法,，這種方法是建立在異源雙鏈核酸實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)上。以目前估計(jì)的分析速度,，對(duì)48種腫瘤和同一個(gè)體相應(yīng)正常組織的30,，000個(gè)基因進(jìn)行初步掃描需要四年時(shí)間。相應(yīng)的正常組織可以提供一個(gè)重要的參照,，腫瘤DNA種系突變也存在于正常組織中,。通過對(duì)照我們可以排除種系突變，主要考慮體細(xì)胞突變,。大多數(shù)（不是所有的）種系突變是呈多態(tài)性的,，這種多態(tài)性對(duì)于基因組高密度SNPs作圖有幫助。初步掃描腫瘤的數(shù)目受到經(jīng)濟(jì),，時(shí)間和鑒定腫瘤異變基因所需要的樣品數(shù)目的限制,。
CGP目標(biāo)就是掃描所有基因的編碼區(qū)。這可以通過掃描腫瘤樣品cDNA來完成,；然而基因組DNA提供了更一致的原始材料。而且缺失突變還可以誘導(dǎo)無義鏈介導(dǎo)的RNA降解,，這使得發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)變得很困難,，另外選擇性拼接也使分析變得更復(fù)雜。即使使用每天可以掃描>500,000 bp高通量自動(dòng)分析儀,，我們能掃描的樣品也是有限的,。CGP所選腫瘤種類是盡可能多樣化，以便分析得到最多的癌癥基因數(shù)目。然而,，所選擇的腫瘤類型偏向上皮組織源腫瘤,，鑒定的基因是與高死亡率相關(guān)的突變基因。
起初,，CGP策略集中在RASRAF-MEK-ERK-MAP激酶途徑,，因?yàn)?0-20%人腫瘤發(fā)生RAS基因突變。研究發(fā)現(xiàn)位于染色體7q的BRAF突變參與惡性黑素瘤和結(jié)腸癌,，其它兩個(gè)RAF成員RAF1和ARAF1在CGP檢測(cè)的樣品中突變低于<1%,。盡管RAF1在癌中突變頻率不高，但隨著過去幾年來小分子抑制劑研究進(jìn)展,，它可能成為一個(gè)有意義的潛在靶點(diǎn),。由于RAF蛋白的相似性，我們可以用RAF1抑制劑BRAF突變病人,，也可以開發(fā)特異性抑制劑治療最普遍的BRAF突變,。當(dāng)然，CGP所選擇的這些早期基因都可能參與惡性腫瘤發(fā)生,，例如參與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑發(fā)生突變的基因或與癌發(fā)生相關(guān)的基因家族如蛋白激酶家族,。然而這是所發(fā)現(xiàn)早期突變基因，表明通過基因組搜索可以發(fā)現(xiàn)更多這種類型的突變基因,。
基因組搜索基因內(nèi)微小突變方法,，可以鑒定出更多通常在腫瘤中發(fā)生突變的基因，也可以建立一個(gè)隨腫瘤發(fā)展而變化基因突變模式,。流行病學(xué)研究估計(jì)在一種普通的上皮成年腫瘤發(fā)生過程中需要經(jīng)過5-7個(gè)速度限制性階段,。在對(duì)24種腫瘤（初步掃描的48個(gè)樣品中一部分）1，000個(gè)基因掃描后發(fā)現(xiàn)在一個(gè)典型的腫瘤中有比這最低數(shù)目多得多的基因發(fā)生突變,，其中一些是可以遺傳的,。到目前為止CGP收集的數(shù)據(jù)表明在24種腫瘤樣品中每個(gè)都有1,000-50,000堿基替換。在這些突變中10-600個(gè)是體細(xì)胞編碼區(qū)非同義的突變,。這表明在腫瘤發(fā)生過程中需要發(fā)生更多速性突變,，比先前預(yù)測(cè)的要多得多。
基因組水平搜索所有種類突變,，還可以更深入分析人基因組中腫瘤相關(guān)基因數(shù)目,。對(duì)癌相關(guān)基因突變的整體掃描可以回答許多問題，如是否僅有少數(shù)幾個(gè)基因是大多數(shù)致癌突變的靶點(diǎn),。目前,，考慮所有已知的顯著起作用的致癌基因和腫瘤抑制基因，人基因組中約1%基因參與癌癥發(fā)生,。最終可能會(huì)發(fā)現(xiàn)人基因組中5-10%或更多基因參與癌形成,。這種系統(tǒng)掃描可以鑒定出致癌主效基因并認(rèn)識(shí)癌發(fā)生生物學(xué)本質(zhì),，為治療，診斷提供新的靶點(diǎn),。
這三個(gè)計(jì)劃一個(gè)重要特征就是產(chǎn)生DNA序列數(shù)據(jù),，無論是直接從基因組得到，還是從轉(zhuǎn)錄物得到,。由于DNA數(shù)據(jù)是數(shù)字化的,，因而它們能夠與來自其它實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)集中建立數(shù)據(jù)庫。將全世界的信息構(gòu)建成數(shù)據(jù)庫,，我們才能更好的推動(dòng)癌癥研究,，發(fā)現(xiàn)關(guān)鍵的生物學(xué)特征，以用于改進(jìn)發(fā)現(xiàn),，診斷和干預(yù)腫瘤發(fā)生的手段,。
HCGP通過ORESTES產(chǎn)生ESTs具有中心偏愛性分布，這與CGAP測(cè)序項(xiàng)目產(chǎn)生的3′ 和 5′ ESTs形成很好的互補(bǔ),。將這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄物數(shù)據(jù)庫結(jié)合起來在效果上與鳥槍法類似可以覆蓋人轉(zhuǎn)錄物,。由于這兩個(gè)主要的癌癥相關(guān)轉(zhuǎn)錄物測(cè)序公共數(shù)據(jù)庫的互補(bǔ)性，數(shù)據(jù)已經(jīng)整合到單一數(shù)據(jù)庫國際癌癥表達(dá)數(shù)據(jù)庫基因（International Database of Cancer Gene Expression）,，它可以從CGAP網(wǎng)頁上查到,。

轉(zhuǎn)錄物測(cè)序數(shù)據(jù)庫（CGAP和HCGP）與CGP突變鑒定方法的整合將全部實(shí)現(xiàn)。轉(zhuǎn)錄物測(cè)序數(shù)據(jù)直接用于CGP計(jì)劃,，有助于鑒定人基因組基因結(jié)構(gòu),，這是CGP進(jìn)行的先決條件?？紤]到每個(gè)項(xiàng)目提供的數(shù)據(jù)都是基于基因和序列,，將這些數(shù)據(jù)庫整合是可以做的，主要的工作就是開發(fā)生物信息工具,，可以鑒定基因突變與優(yōu)勢(shì)條件下表達(dá)模式之間的關(guān)系,。 發(fā)展方向
很顯然基因組產(chǎn)生大量數(shù)據(jù)信息將極大推動(dòng)癌癥研究。然而,，如果沒有一個(gè)協(xié)議將這些數(shù)據(jù)統(tǒng)一起來,，它們將不能有效的被應(yīng)用。而且,，開發(fā)利用這些數(shù)據(jù)需要整個(gè)科學(xué)界集體的智慧,。
因此，我們的觀點(diǎn)是數(shù)據(jù)需要廣泛傳播,，與信息學(xué)工具集成以便于所有的科學(xué)家能廣泛利用,。到目前為止，CGAP與HCGP數(shù)據(jù)已經(jīng)通過CGAP網(wǎng)頁組合起來,，方便來自各個(gè)科學(xué)領(lǐng)域的研究人員查詢,。到現(xiàn)在為止，CGP重點(diǎn)是優(yōu)化高通量獲得數(shù)據(jù)的方法,，而不是與CGAP和HCGP數(shù)據(jù)整合,，以集成的模式對(duì)外公布數(shù)據(jù)。然而這個(gè)計(jì)劃也需要通過一個(gè)集成的方便的平臺(tái)將數(shù)據(jù)對(duì)外發(fā)布,。在現(xiàn)階段還不清楚采用什么形式發(fā)布數(shù)據(jù),，但隨著CGP數(shù)據(jù)增多，它們將與CGAP與HCGP數(shù)據(jù)以集成模式發(fā)布,，采用統(tǒng)一的人基因組序列標(biāo)準(zhǔn),。那時(shí)，想得到CGP數(shù)據(jù)的研究人員能直接與項(xiàng)目負(fù)責(zé)人聯(lián)系,。
與其他項(xiàng)目得到的數(shù)據(jù)整合,，我們的目標(biāo)是建立一個(gè)完整腫瘤分子數(shù)據(jù)庫。現(xiàn)在遇到的最大困難就是將組織和腫瘤樣品定義的有關(guān)信息,，已知的腫瘤分子水平變化的信息（目前通常不在數(shù)據(jù)庫而是單獨(dú)出版）以及詳細(xì)臨床信息包括臨床試驗(yàn)設(shè)計(jì),，病人反應(yīng)和結(jié)果的信息進(jìn)行整合。以這種方式整合對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行整合將使基礎(chǔ)和臨床研究交融,，以便于整個(gè)腫瘤研究界能夠協(xié)同一致改善病人健康,。