來自約翰霍普金斯大學Kimmel癌癥中心和費城兒童醫(yī)院（CHOP）的科學家們在對74個兒童神經(jīng)母細胞瘤進行全基因組測序后,，發(fā)現(xiàn)ARID1A和ARID1B兩個基因發(fā)生改變的患兒相比無此基因改變的患兒生存期縮短了四分之三。這一發(fā)現(xiàn)有可能最終導致早期確認患有侵襲性神經(jīng)母細胞瘤的兒童,，他們或許需要接受其他的治療,。相關論文發(fā)表在12月2日的《自然遺傳學》（Nature Genetics）雜志上,。
神經(jīng)母細胞瘤累及全身神經(jīng)組織，是最常見的一種兒童惡性實體瘤。約翰霍普金斯大學癌癥生物學計劃聯(lián)合主任,、腫瘤學教授Victor Velculescu 博士說：“這些癌癥具有廣泛的臨床結局,，一些治愈的機會很高，而另一些則是相當致命的,。出現(xiàn)這種預后多樣性,，部分原因可能是由于ARID1A和ARID1B基因的改變。”
Velculescu說在以往其他的神經(jīng)母細胞瘤基因測序研究中沒有發(fā)現(xiàn)這些強大的“惡棍”（bully）基因,。新研究能鑒別出它們,，很有可能是因為約翰霍普金斯大學CHOP的研究人員采用測序和分析方法，除找到了單個堿基對序列的改變,，還篩查了DNA更大的結構重排,。
在本研究的74個腫瘤中，有71個進行了重排和堿基對改變分析,。研究人員在過去顯示與神經(jīng)母細胞瘤有關聯(lián)的多個基因,，包括ALK和MYCN基因中發(fā)現(xiàn)了癌癥特異性的突變。他們還發(fā)現(xiàn)71名患者中8人有ARID1A和ARID1B基因的改變,，這兩個基因通常情況下通過調控DNA折疊方式來影響蛋白質合成,。
具有ARID1A和ARID1B基因改變的兒童平均生存期只有386天，相比之下沒有這些遺傳變異的兒童則達到1,689天,，兩者相差甚遠,。然而除一人之外，所有這些患者均死于侵襲性疾病,，包括一名被認為治愈機會很高的神經(jīng)母細胞瘤患兒,。
在本研究中，科學家們還檢測和監(jiān)控了四名患者血液中神經(jīng)母細胞瘤特異性的遺傳改變,，并將確定了這些調查結果與疾病進程之間的相互關聯(lián),。
“在血液中尋找癌癥特異性的改變，可能有助于臨床醫(yī)生監(jiān)控患者的復發(fā)情況,，確定手術后體內是否還有殘留癌細胞,，”本研究的首席科學家之一、約翰霍普金斯大學研究生Mark Sausen說,。
約翰霍普金斯大學CHOP研究小組計劃在更大規(guī)模組群患者中開展進一步地研究,，以證實ARID1A-ARID1B與預后相關。（生物谷Bioon.com）
doi: 10.1038/ng.2493
PMC:
PMID:
Integrated genomic analyses identify ARID1A and ARID1B alterations in the childhood cancer neuroblastoma
Sausen M, Leary RJ, Jones S, Wu J, Reynolds CP, Liu X, Blackford A, Parmigiani G, Diaz LA Jr, Papadopoulos N, Vogelstein B, Kinzler KW, Velculescu VE, Hogarty MD.
Neuroblastomas are tumors of peripheral sympathetic neurons and are the most common solid tumor in children. To determine the genetic basis for neuroblastoma, we performed whole-genome sequencing (6 cases), exome sequencing (16 cases), genome-wide rearrangement analyses (32 cases) and targeted analyses of specific genomic loci (40 cases) using massively parallel sequencing. On average, each tumor had 19 somatic alterations in coding genes (range of 3-70). Among genes not previously known to be involved in neuroblastoma, chromosomal deletions and sequence alterations of the chromatin-remodeling genes ARID1A and ARID1B were identified in 8 of 71 tumors (11%) and were associated with early treatment failure and decreased survival. Using tumor-specific structural alterations, we developed an approach to identify rearranged DNA fragments in sera, providing personalized biomarkers for minimal residual disease detection and monitoring. These results highlight the dysregulation of chromatin remodeling in pediatric tumorigenesis and provide new approaches for the management of patients with neuroblastoma.
