1.如果誘餌蛋白對酵母細(xì)胞是有毒的，該怎么辦,？
    在某些情況下,，在液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)不好的菌珠可以在固體培養(yǎng)基上生長得很好,。首先重懸克隆于1ml的SD/–Trp，接著將重懸液平鋪于5 個100-mm的SD/–Trp平板,，在30℃下溫浴,，直至平板上的克隆相互粘在一起。用5ml 0.5X YPDA刮下每塊板上的克隆,，并收集到一管中,，這樣就可以使用這個細(xì)胞重懸液進(jìn)行正常的雜交反應(yīng)。

2.如果誘餌蛋白能直接激活報告基因的表達(dá),，該如何處理,？
    該蛋白很可能有轉(zhuǎn)錄激活域，是個轉(zhuǎn)錄因子,?？梢酝ㄟ^基因重組切掉轉(zhuǎn)錄激活域，然后重新檢測其是否自激活,，但要注意重組也有可能破壞蛋白之間的互作,。

3.轉(zhuǎn)化效率太低怎么辦？
    可以采用以下方法解決：
1) 檢測一下DNA的純度,，如果可以的話,，重新用乙醇純化。
2) DNA-BD/誘餌蛋白很可能是有毒的,。
3) 不適當(dāng)?shù)呐囵B(yǎng)基,，重新配制培養(yǎng)基，并做對照轉(zhuǎn)化,。
4) 檢測pGBT9對照載體的轉(zhuǎn)化效率,，放置于SD/–Trp平板上，轉(zhuǎn)化效率應(yīng)該在1 x 105 colonies/mg DNA以上,。

4.雜交效率不高,，該如何處理？
    在雜交中,，預(yù)轉(zhuǎn)化的誘餌細(xì)胞的數(shù)量可能不夠。當(dāng)對誘餌菌株進(jìn)行液體培養(yǎng)過夜時,，應(yīng)挑選大的,、新鮮的克隆進(jìn)行培養(yǎng)，經(jīng)過離心和重懸后,，再使用血球計對細(xì)胞進(jìn)行計數(shù),。密度應(yīng)該在1 x 109/ml。
    一個甚至兩個融合蛋白對酵母細(xì)胞有毒,。你可以通過重組方法來減輕毒性,，同時又能保證蛋白的相互作用,。或者使用表達(dá)水平較低的載體,。也可以在瓊脂平板或?yàn)V膜上進(jìn)行雜交,。但同時必須作雜交對照實(shí)驗(yàn)。