Genetix公司能夠提供一系列適合檢測RNA干擾研究中siRNA分子干擾效果的基因芯片產(chǎn)品。在即將來臨的RNAi歐洲會(huì)議(2004年10月18到19日,,倫敦)上,,Genetix將會(huì)介紹他們的QArrayMini生物芯片和可選擇藍(lán)色激光的aQuire基因芯片掃描儀,這一組合是進(jìn)行RNAi優(yōu)化實(shí)驗(yàn)的完美配套產(chǎn)品,。
RNAi已經(jīng)發(fā)展成一種強(qiáng)大的分子生物學(xué)研究工具,,用于沉默細(xì)胞中的目標(biāo)基因。研究人員能夠使用各種不同的技術(shù)將雙鏈siRNA分子(一般長度為20-25個(gè)核苷酸)引入到哺乳動(dòng)物細(xì)胞中,。一旦進(jìn)入細(xì)胞,,這些分子就會(huì)與互補(bǔ)的目標(biāo)mRNA和特定的蛋白相互作用并形成一個(gè)RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物(RNA-induced silencing complex,RISC),,這種復(fù)合物降低甚至徹底關(guān)閉目標(biāo)基因的表達(dá)水平,。
通常針對特定某個(gè)基因的RNAi研究中,都需要檢測和優(yōu)化一系列寡核苷酸序列的“沉默”效率,,現(xiàn)在這個(gè)任務(wù)能夠利用基因芯片以平行和高通量的方式完成,。利用QarrayMini或Qarray2能夠?qū)⒑铣傻膕iRNA雙鏈或siRNA表達(dá)質(zhì)粒(在細(xì)胞中質(zhì)粒的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物會(huì)被加工成siRNA分子)與脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染試劑按照矩陣排列在基因芯片上。然后在芯片上覆蓋單層的貼壁細(xì)胞,,隨后接觸到樣品點(diǎn)陣細(xì)胞會(huì)被轉(zhuǎn)染,。當(dāng)細(xì)胞株中的目標(biāo)蛋白與GFP融合表達(dá)時(shí),由于說在玻片上覆蓋的單層細(xì)胞均可表達(dá)帶有綠色熒光蛋白的目標(biāo)基因,,玻片在檢測時(shí)呈現(xiàn)綠色熒光,,當(dāng)點(diǎn)陣上的siRNA/質(zhì)粒經(jīng)轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)染后,轉(zhuǎn)染細(xì)胞中目標(biāo)基因表達(dá)被沉默而出現(xiàn)熒光亮度降低或者沒有熒光的暗區(qū),,根據(jù)在一片綠色熒光中檢測每個(gè)點(diǎn)的熒光減弱的程度就可以檢測每種siRNA分子的沉默效率,。使用帶有藍(lán)色激光的Genetix aQuire掃描儀還能夠獲得GFP融合蛋白表達(dá)細(xì)胞的影像。