Genetix公司能夠提供一系列適合檢測RNA干擾研究中siRNA分子干擾效果的基因芯片產(chǎn)品,。在即將來臨的RNAi歐洲會議(2004年10月18到19日,倫敦)上,,Genetix將會介紹他們的QArrayMini生物芯片和可選擇藍(lán)色激光的aQuire基因芯片掃描儀,,這一組合是進行RNAi優(yōu)化實驗的完美配套產(chǎn)品。
RNAi已經(jīng)發(fā)展成一種強大的分子生物學(xué)研究工具,,用于沉默細(xì)胞中的目標(biāo)基因,。研究人員能夠使用各種不同的技術(shù)將雙鏈siRNA分子(一般長度為20-25個核苷酸)引入到哺乳動物細(xì)胞中。一旦進入細(xì)胞,,這些分子就會與互補的目標(biāo)mRNA和特定的蛋白相互作用并形成一個RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物(RNA-induced silencing complex,,RISC),這種復(fù)合物降低甚至徹底關(guān)閉目標(biāo)基因的表達(dá)水平,。
通常針對特定某個基因的RNAi研究中,,都需要檢測和優(yōu)化一系列寡核苷酸序列的“沉默”效率,現(xiàn)在這個任務(wù)能夠利用基因芯片以平行和高通量的方式完成,。利用QarrayMini或Qarray2能夠?qū)⒑铣傻膕iRNA雙鏈或siRNA表達(dá)質(zhì)粒(在細(xì)胞中質(zhì)粒的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物會被加工成siRNA分子)與脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染試劑按照矩陣排列在基因芯片上,。然后在芯片上覆蓋單層的貼壁細(xì)胞,隨后接觸到樣品點陣細(xì)胞會被轉(zhuǎn)染,。當(dāng)細(xì)胞株中的目標(biāo)蛋白與GFP融合表達(dá)時,,由于說在玻片上覆蓋的單層細(xì)胞均可表達(dá)帶有綠色熒光蛋白的目標(biāo)基因,玻片在檢測時呈現(xiàn)綠色熒光,,當(dāng)點陣上的siRNA/質(zhì)粒經(jīng)轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)染后,,轉(zhuǎn)染細(xì)胞中目標(biāo)基因表達(dá)被沉默而出現(xiàn)熒光亮度降低或者沒有熒光的暗區(qū),根據(jù)在一片綠色熒光中檢測每個點的熒光減弱的程度就可以檢測每種siRNA分子的沉默效率,。使用帶有藍(lán)色激光的Genetix aQuire掃描儀還能夠獲得GFP融合蛋白表達(dá)細(xì)胞的影像,。