RNA沉默（RNA-Silencing  System）被認(rèn)為是一種發(fā)生在植物（轉(zhuǎn)錄后基因沉默或共抑制）,、動物（RNA干擾）和真菌（消除作用）等真核生物細(xì)胞中的一種對外源遺傳因子（轉(zhuǎn)座子、轉(zhuǎn)基因或病毒）的特異性和高效率的降解機(jī)制,，但并沒有在原核生物中被發(fā)現(xiàn)過,，然而近期來自美國國家衛(wèi)生研究院（National  Institutes  of  Health,，NIH）的由Eugene  Koonin領(lǐng)導(dǎo)的研究小組利用生物信息學(xué)的方法預(yù)言了一種存在于原核生物里，類似于真核生物RNA干擾系統(tǒng)（RNA-  interference  system）的RNA沉默機(jī)制。這一研究成果公布在3月的Biology  Direct雜志上,。

        RNA沉默這一概念還未被單獨(dú)拿出來研究之前是在不同生物中分別發(fā)現(xiàn)的：在植物中發(fā)現(xiàn)了轉(zhuǎn)錄后基因沉默（Posttranscriptional  gene  silencing  ,，PTGS)  和共同抑制、植物中RNA介導(dǎo)的病毒抵抗,，在動物中第一次是在新小桿線蟲屬線蟲中發(fā)現(xiàn)RNA干預(yù),，以及真菌及藻中（鏈孢菌屬中的“鎮(zhèn)壓”）的沉默，這些都是基于同樣的核心機(jī)制——即共同作用因子（小干預(yù)RNA,，small  interfering  RNAs  ,，siRNAs)與植物、動物,、真菌和藻中這種基因之間的同源性,。之后科學(xué)家將其歸總起來認(rèn)為都是RNA沉默的一種，但至今未有研究人員在原核生物中確認(rèn)發(fā)現(xiàn)RNA沉默現(xiàn)象,。

        而來自NIH的研究人員從生物信息學(xué)的角度第一次提出,，一種在古細(xì)菌和細(xì)菌里發(fā)現(xiàn)的串聯(lián)重復(fù)序列——Clustered  Regularly  

        Interspaced  Short  Palindrome  Repeats  (CRISPR）也許與其它CRISPR—associated(cas)蛋白相關(guān)的基因家族一起擔(dān)當(dāng)著對抗噬菌體和質(zhì)粒RNA的防御作用。而許多Cas蛋白都包含著在真核生物中與RNA干擾有相同功能的蛋白的結(jié)構(gòu)域,，因此研究人員這可能是原核生物的RNA沉默系統(tǒng),。

        這些分析主要來源于對NCBI數(shù)據(jù)庫中古細(xì)菌和細(xì)菌基因組中CRISPR和cas基因數(shù)據(jù)的比較，通過比較研究人員發(fā)現(xiàn)了許多總是定位于CRISPR簇附近的cas基因,，這些基因可能編碼一些與RNAi機(jī)制相關(guān)（比如解旋和切除）的蛋白,，包括一個Dicer酶類似物，幾個Slicer類似物,。但是這些類似物與Dicer,，Slicer基因序列并不相似，因此可以說不是同源基因的,。

        同時研究人員還發(fā)現(xiàn)CRISPR一部分插入片段（inserts）與病毒和質(zhì)?；蚪M相似，由此研究人員分析推測所有的CRISPR  inserts都是來源于病毒或者質(zhì)粒,，但由于大部分還是未知的,，因此這種來源性不是那么明顯，并且他們還認(rèn)為這些inserts是通過形成一個雙層結(jié)構(gòu)（被Cas蛋白切除后可以降解外來RNA）由沉默的噬菌體或者質(zhì)粒轉(zhuǎn)錄序列得到的,。

        這一發(fā)現(xiàn)打破了原有的對RNA沉默的概念,，雖然還只是生物信息學(xué)方面的證實(shí)，但是隨著研究的深入,，很有可能是擴(kuò)展現(xiàn)有RNA沉默的定義,，為研究RNA沉默提供進(jìn)化上的，整體性的幫助,。