PTGS 轉(zhuǎn)錄后基因沉默(post transcriptional gene silencing)一種首先在植物中確定,,然后發(fā)現(xiàn)在動(dòng)物中也存在的現(xiàn)象。盡管PTGS最初被描述作一種病毒防御和轉(zhuǎn)位子沉默的內(nèi)源方法,,現(xiàn)在它已經(jīng)成為一種新的令人激動(dòng)的研究工具――RNA干擾。
協(xié)同抑制(Cosuppression) 基因沉默的一種特殊情況,,來(lái)源于轉(zhuǎn)基因的RNA與同源內(nèi)源基因同時(shí)被抑制,。
靜息作用(Quelling) 用于在粉色面包霉菌(Neurospora crassa)中描述協(xié)同共抑制。這個(gè)術(shù)語(yǔ)僅僅用來(lái)在真菌中描述沉默,。
dsRNA 雙鏈RNA(Double-stranded RNA)通常指長(zhǎng)的或者全長(zhǎng)的RNA雙鏈,。這些大的dsRNA在大多數(shù)哺乳動(dòng)物細(xì)胞類型中全面啟動(dòng)宿主細(xì)胞的關(guān)閉(shutdown);隨后細(xì)胞開(kāi)始降低非靶標(biāo)基因的表達(dá),,最終經(jīng)歷凋亡(apoptosis),。
RISC RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體 (RNA-induced silencing complex)即所推測(cè)的多蛋白復(fù)合物,將siRNA和細(xì)胞內(nèi)mRNA結(jié)合到一起,,激活裂解機(jī)制(可能是內(nèi)切核苷酸的),,釋放mRNA并進(jìn)行降解。
shRNA 短的發(fā)夾RNA (Short hairpin RNA)也稱短的干擾發(fā)夾 (short interfering hairpin),;在體內(nèi)通過(guò)RNAi降低互補(bǔ)序列基因的表達(dá),。
Pol III 啟動(dòng)子 Pol III 啟動(dòng)子 U6或者HI(Pol III promoter,U6 or HI),,通常用來(lái)驅(qū)動(dòng)shRNA的產(chǎn)生,。Pol III 啟動(dòng)子具有在某一確定起始位點(diǎn)上游啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄所需要的全部元件。
Pol III 終止子 Pol III終止子( Pol III terminator),;4個(gè)或者更多個(gè)T,提供Pol III依賴的轉(zhuǎn)錄終止,。
U6 啟動(dòng)子 U6 啟動(dòng)子(U6 promoter)一種pol III型啟動(dòng)子,允許產(chǎn)生確定末端的小RNA(參看pol III啟動(dòng)子),。
入門載體 (entry vector) 包含attL位點(diǎn),,用來(lái)克隆DNA片段的Gateway®載體。U6入門載體, pENTR®/U6,,專門設(shè)計(jì)使用U6 pol III型啟動(dòng)子和終止子序列,,RNAi靶序列克隆進(jìn)入后將在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中形成shRNA。
目的載體(destination vector) 適合的目的載體(DEST)包含attR位點(diǎn),,可以與入門克隆進(jìn)行重組,,構(gòu)建表達(dá)載體。BLOCK-iT™ RNAi慢病毒和腺病毒 DEST載體接受來(lái)自U6入門載體的RNAi框,。此外,,也有在原核、酵母,、昆蟲(chóng)或者哺乳動(dòng)物系統(tǒng)表達(dá)天然蛋白或者融合蛋白的DEST載體可供選擇,。
LR Clonase 便于attL和 attR位點(diǎn)在LxR Gateway®重組反應(yīng)中進(jìn)行重組的一種酶混合物,可以把DNA序列從入門載體轉(zhuǎn)移到目的載體。
ncRNA 非編碼RNA(non-coding RNA)
19 2 2 nt siRNA 在細(xì)胞中雙鏈RNA一般都被切割成21-23小片段,,這樣的RNA片段能達(dá)到更好的RNAi 作用,。人工合成的siRNA也是依據(jù)這個(gè)原理,所合成的RNA就是19nt的堿基序列再加上兩端的識(shí)別序列如-GG,,-TT等,。
SECs (siRNA expression cassettes)siRNA表達(dá)框架一種由PCR得到的siRNA表達(dá)模版,能夠直接導(dǎo)入細(xì)胞進(jìn)行表達(dá)而無(wú)需事前克隆到載體中,。
Dicer:Dicer酶 RNaseIII家族中特異識(shí)別雙鏈RNA的一員,,能以一種ATP依賴的方式逐步(processive)切割由外源導(dǎo)入或者由轉(zhuǎn)基因、病毒感染等各種方式引入的雙鏈RNA,,切割將RNA降解為19—21bp的雙鏈RNAs(siRNAs),,每個(gè)片斷的3'端都有2個(gè)堿基突出(27, 28)。