上世紀(jì)90年代，醫(yī)改再掀波瀾,。1992年9月,，衛(wèi)生部根據(jù)國(guó)務(wù)院意見(jiàn)，提出醫(yī)院要“以工助醫(yī)”,、“以副補(bǔ)主”,。2000年，改革逐漸向縱深發(fā)展,，觸及體制性,、機(jī)制性、結(jié)構(gòu)性等深層次問(wèn)題,。2000年3月,，國(guó)務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)八部委的《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的指導(dǎo)意見(jiàn)》，俗稱(chēng)醫(yī)改“十四條”,；2001年5月,，國(guó)務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)四部委的《關(guān)于農(nóng)村醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的指導(dǎo)意見(jiàn)》。在這一過(guò)程中,，醫(yī)改的矛盾與困惑日益增多,，隨著政府衛(wèi)生投入占衛(wèi)生總費(fèi)用的比重不斷下降，到2002年已經(jīng)下降到15.2%,，而這些衛(wèi)生費(fèi)用主要來(lái)自地方財(cái)政,，于是產(chǎn)權(quán)改革、“國(guó)退民進(jìn)”的呼聲日益高漲,；2004年底全國(guó)有近百億元民營(yíng)和外資介入中國(guó)的近百家醫(yī)院的改制工作,；到2005年，中國(guó)醫(yī)療產(chǎn)業(yè)的總市場(chǎng)價(jià)值達(dá)到6400億元,。
2006年一號(hào)文件提出社會(huì)主義新農(nóng)村建設(shè),，并在“十一五”規(guī)劃中將建設(shè)社會(huì)主義新農(nóng)村作為重要目標(biāo)，這給農(nóng)村醫(yī)療衛(wèi)生發(fā)展創(chuàng)造了良好的政策環(huán)境,。
醫(yī)療衛(wèi)生應(yīng)該也是社會(huì)主義新農(nóng)村建設(shè)的重要方面,。首先，投資醫(yī)療衛(wèi)生,，投資健康也就投資了人力資本,。健康是人力資本的一個(gè)組成部分，是經(jīng)濟(jì)發(fā)展的一個(gè)推動(dòng)因素,。中國(guó)經(jīng)濟(jì)的發(fā)展很大程度上得益于我們健康的,、廉價(jià)的,、高質(zhì)量的勞動(dòng)力帶動(dòng)了整個(gè)制造業(yè)的發(fā)展，但在這個(gè)過(guò)程中,，污染了環(huán)境,，破壞了生態(tài)，損害了老百姓的健康,。在科學(xué)發(fā)展觀(guān)和構(gòu)建和諧社會(huì)目標(biāo)的指導(dǎo)下,，應(yīng)該更重視老百姓的健康，而不是簡(jiǎn)單的經(jīng)濟(jì)增長(zhǎng),。況且中國(guó)經(jīng)濟(jì)的可持續(xù)發(fā)展離不開(kāi)一支健康的勞動(dòng)力隊(duì)伍,。其次，衛(wèi)生投入,，尤其是公共衛(wèi)生和基礎(chǔ)醫(yī)療投入,，也是基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)的重要內(nèi)容。改水,、改廁,、垃圾處理、精神衛(wèi)生促進(jìn)等本身是公共衛(wèi)生的范疇,，做好這些工作也是“村容整潔”,，“鄉(xiāng)風(fēng)文明”的要求，農(nóng)民健康狀況提高了,，就能更好地參加勞動(dòng),，“生產(chǎn)發(fā)展”才能成為現(xiàn)實(shí)，從而使得農(nóng)民增加收入,，“生活寬裕”,。
“十一五”規(guī)劃綱要結(jié)合社會(huì)主義新農(nóng)村建設(shè)，用單獨(dú)的一節(jié)來(lái)闡述農(nóng)村衛(wèi)生工作,，內(nèi)容更為全面，提出加強(qiáng)以鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院為重點(diǎn)的農(nóng)村衛(wèi)生基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè),，健全農(nóng)村三級(jí)衛(wèi)生服務(wù)和醫(yī)療救助體系,；培訓(xùn)鄉(xiāng)村衛(wèi)生人員，開(kāi)展城市醫(yī)師支援農(nóng)村活動(dòng),；建設(shè)農(nóng)村藥品供應(yīng)網(wǎng)和監(jiān)督網(wǎng),；整合醫(yī)療衛(wèi)生資源，大力提高農(nóng)村,、中西部地區(qū)和基層公共衛(wèi)生資源的比重,。新型農(nóng)村合作醫(yī)療被定為農(nóng)村醫(yī)改的突破口，也是近期農(nóng)村衛(wèi)生工作的重點(diǎn),。根據(jù)“十一五”規(guī)劃和今年兩會(huì)精神,，2006年“新農(nóng)合”試點(diǎn)覆蓋面將擴(kuò)大到全國(guó)縣（市,、區(qū)）總數(shù)的40%，2007年達(dá)到60%,，2008年在全國(guó)基本推行,，2010年實(shí)現(xiàn)基本覆蓋農(nóng)村居民的目標(biāo)。
2009年1月21日,，溫家寶總理主持的國(guó)務(wù)院常務(wù)會(huì)議決定,，中國(guó)政府宣布今后3年內(nèi)將為實(shí)施上述重大改革投入8500億元。目標(biāo)之一,，就是3年內(nèi)使城鎮(zhèn)職工和居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)及新型農(nóng)村合作醫(yī)療參保率提高到90%以上,。明年，政府對(duì)城鎮(zhèn)居民醫(yī)保和新農(nóng)合的補(bǔ)助標(biāo)準(zhǔn)提高到每人每年120元,，并適當(dāng)提高個(gè)人繳費(fèi)標(biāo)準(zhǔn),，提高報(bào)銷(xiāo)比例和支付限額。
為促進(jìn)安全用藥,，遏制藥價(jià)虛高的問(wèn)題,，中國(guó)將初步建立國(guó)家基本藥物制度，將基本藥物全部納入醫(yī)保藥品報(bào)銷(xiāo)目錄,。同時(shí),，為了方便民眾就醫(yī)，中國(guó)將投入巨資健全基層醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)體系,，重點(diǎn)加強(qiáng)縣級(jí)醫(yī)院（含中醫(yī)院）,、鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院、邊遠(yuǎn)地區(qū)村衛(wèi)生室和困難地區(qū)城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心建設(shè),。（生物谷Bioon.com）
