2011年6月7日,，自5月中旬德國大腸桿菌疫情爆發(fā)以來，已對(duì)德國的公眾健康造成了嚴(yán)重的危害,，疫情也正陸續(xù)蔓延至歐洲各地,。全球科研工作者們正利用深圳華大基因研究院早前公布的該大腸桿菌基因組序列信息積極的開展研究，為早日結(jié)束這場(chǎng)疫情而共同努力,。深圳華大基因研究院今日又發(fā)布最新研究進(jìn)展，公布了第三版的含有最新測(cè)序數(shù)據(jù)的大腸桿菌基因組完成圖譜,。并且華大基因與其合作研究小組已研制出該大腸桿菌的診斷試劑盒,，將無償提供檢測(cè)實(shí)驗(yàn)方案及所需引物序列信息，給全球范圍內(nèi)的病情診斷,、疫情監(jiān)測(cè)和污染源調(diào)查提供支持,。
團(tuán)隊(duì)整合了之前發(fā)表的Ion Torrent數(shù)據(jù)和基于Illumina公司Hiseq測(cè)序平臺(tái)新產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，并進(jìn)行序列拼接,，從而得到第一個(gè)真正意義上基于從頭測(cè)序的組裝結(jié)果,。這次新發(fā)表的全基因組組裝結(jié)果，比早前發(fā)布的版本更加完整（完整度>99%）并且修正了之前可能出現(xiàn)的組裝錯(cuò)誤,。對(duì)該版本的基因組序列的分析也同樣證實(shí)了該大腸桿菌含有來自腸出血性大腸桿菌（EHEC）和腸黏附性大腸桿菌（EAEC）的致病基因,。
基于之前的研究發(fā)現(xiàn)，華大基因與軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院微生物流行病研究所的科研人員迅速開展了針對(duì)該大腸桿菌的診斷試劑盒的研發(fā),。并且于昨日驗(yàn)證完成了可快速檢測(cè)該大腸桿菌菌株的PCR診斷方案,。該診斷方法主要通過兩對(duì)特異性引物的擴(kuò)增，而鑒定出與黏附性及出血性相關(guān)的基因,。 該方法可在收到樣品后2-3小時(shí)內(nèi)提供診斷結(jié)果,，其對(duì)疫情監(jiān)控和和致病病菌的檢測(cè)起著重要作用。
對(duì)試劑盒的靈敏度和特異性進(jìn)行數(shù)據(jù)分析及實(shí)驗(yàn)測(cè)試,，證明了該檢測(cè)方案具有高度特異性,。靈敏度實(shí)驗(yàn)檢測(cè)結(jié)果也表明，該方法在DNA濃度低至約1皮克（10-12克）的反應(yīng)體系中仍可檢測(cè)出該菌株,。更多的驗(yàn)證試驗(yàn)將會(huì)在本周繼續(xù)開展,。同時(shí)，為了更好地控制此疫情的傳播,，華大基因與軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院微生物流行病研究所將免費(fèi)為全球疾病控制和研究機(jī)構(gòu)提供合成引物,，為監(jiān)控及預(yù)防全球范圍內(nèi)疫情的擴(kuò)散提供幫助。idxdy0003
