當(dāng)前生物信息業(yè)的發(fā)展：
生物信息業(yè)的商業(yè)化部分是為內(nèi)部的制藥研究提供生物軟件,、計(jì)算工具和擁有版權(quán)的數(shù)據(jù)庫(kù),。生物信息公司為進(jìn)行全方面的藥物開(kāi)發(fā)的生物公司和制藥公司提供各種咨詢和信息服務(wù),。一些生物信息公司為藥物的開(kāi)發(fā)提供研究開(kāi)發(fā)的設(shè)備,，而另一些則只是專門提供軟件的開(kāi)發(fā)和咨詢,。私營(yíng)的生物信息公司將其業(yè)務(wù)拓展到各個(gè)方面：軟件工程,，計(jì)算工具的開(kāi)發(fā)，咨詢,，數(shù)據(jù)庫(kù)的建立和改進(jìn),，以及特定的疾病靶目標(biāo)的研究。按通常的定義,，任何生產(chǎn),、開(kāi)發(fā)生物類計(jì)算工具、數(shù)據(jù)庫(kù)和生物軟件的公司都可以被稱為生物信息公司,。許多大大小小的生物技術(shù)和制藥公司擁有自己的生物信息部門,，多是從原先的生物信息咨詢部門或是公司內(nèi)部使用商業(yè)化的數(shù)據(jù)庫(kù)和生物信息軟件發(fā)展而來(lái)的。
以下列出的是一些致力于軟件,、數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)發(fā)和咨詢服務(wù)的生物信息公司,。這些開(kāi)發(fā)基因組和生物信息技術(shù),、改良的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索工具和更加完善的運(yùn)算方法的公司正在不斷增長(zhǎng)。當(dāng)然,，還有不少比例的小型生物信息公司,。許多大型的制藥公司都擁有用于他們專有數(shù)據(jù)庫(kù)的特定的生物信息處理系統(tǒng)。以下的生物信息公司的概述都來(lái)自于這些公司的主頁(yè),，另外的信息也可以從這些公司各自的網(wǎng)站上獲得,。
AlphaGene, Inc.
260 West Cummings Park
Woburn, Massachusetts 01801
Tel: 617-242-5200 Fax: 617-242-2620
e-mail: [email protected]
web site: www.alphagene.com
技術(shù)
AlphaGene 是一家從事開(kāi)發(fā)靶基因和靶蛋白發(fā)現(xiàn)方法以加速藥物開(kāi)發(fā)的功能基因組公司。FLEXTM (全長(zhǎng)基因表達(dá)技術(shù))是AlphaGene的專利核心技術(shù),，用于快速合成,、純化、分析全長(zhǎng)的表達(dá)基因,。AlphaGenomicTM項(xiàng)目中的FLEXTM技術(shù)包括：
1] 高質(zhì)量,，高信息量的全長(zhǎng)基因的快速生產(chǎn)，其來(lái)源是源于正常和疾病個(gè)體組織的具有專利權(quán)的cDNA文庫(kù),。
2] 高生產(chǎn)能力的基因芯片技術(shù),，可以通過(guò)對(duì)基因表達(dá)的測(cè)定以確定是正常還是疾病個(gè)體。
3] 對(duì)編碼參與生化和信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)蛋白的基因家族進(jìn)行跟蹤確定,。
4] 高性能的自動(dòng)化系統(tǒng)可以迅速捕捉分析正常和疾病個(gè)體組織中的全長(zhǎng)DNA序列,。
5] 生物信息學(xué)技術(shù)方面：利用專有的系統(tǒng)對(duì)全長(zhǎng)基因進(jìn)行生物功能預(yù)測(cè)，以及基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中結(jié)構(gòu)功能信息與特定疾病條件之間關(guān)系的預(yù)測(cè),。
AlphaGene的生物信息軟件產(chǎn)品提供如下功能支持：
1] 一套用于a bar-coded system中收集,、儲(chǔ)存、可進(jìn)行信息修復(fù)的追蹤系統(tǒng)
2] 用于監(jiān)控文庫(kù)和序列產(chǎn)品的質(zhì)量控制系統(tǒng)
3] 內(nèi)含5‘ 和3‘末端序列和完整全長(zhǎng)基因的專有數(shù)據(jù)庫(kù)的生物信息軟件
4] AlphaGene數(shù)據(jù)庫(kù)由一些專有的和公開(kāi)的運(yùn)算法則組成,，主要用于對(duì)重要的基因組特征進(jìn)行自動(dòng)化和常規(guī)分析,。通過(guò)內(nèi)部和外部的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行完整基因、5‘ 和3‘末端序列的同源性比較,。
AlphaGene已經(jīng)確定了一些在Alzheimer疾病,、組織缺氧和cAMP激活的神經(jīng)組織中起調(diào)控作用的基因。
Axiom Biotechnologies Inc.
3550 General Atomics Court
San Diego, California 92121
Tel: 619-455-4500 Fax: 619-455-4501
e-mail: [email protected]
web site: www.axiombio.com
技術(shù)
Axiom開(kāi)發(fā)用于操作處理大量藥理學(xué)試驗(yàn)數(shù)據(jù)的信息工具,，實(shí)驗(yàn)室信息處理系統(tǒng)（laboratory information management system ,，LIMS）使得AxiomHT-PS（高產(chǎn)量藥理掃描系統(tǒng)）數(shù)據(jù)的儲(chǔ)存、處理,、評(píng)估更為簡(jiǎn)易,。LIMS系統(tǒng)是建立在ORACLE平臺(tái)上，專門為進(jìn)行生物信息學(xué)研究的客戶定值得,。Axiom正在開(kāi)發(fā)處理HT-PS數(shù)據(jù)的信息分析工具,，以鑒定藥理上相關(guān)的化學(xué)框架，得到復(fù)雜的藥理學(xué)數(shù)據(jù)的趨勢(shì)走向，并確定一些分泌蛋白的可能功能,。HT-PS是一項(xiàng)獨(dú)特的技術(shù),，使得能力和選擇性能夠在一次自動(dòng)化的鑒別中就能得到評(píng)估，這項(xiàng)技術(shù)能通過(guò)細(xì)胞的即時(shí)生物反應(yīng)來(lái)發(fā)現(xiàn)復(fù)合物的生物活性,。這一單一的自動(dòng)流程通過(guò)細(xì)胞內(nèi)鹽離子濃度的細(xì)微變化,，得到復(fù)合物活性、能量和選擇性方面的功能信息,。這些信息可以被用于以天然細(xì)胞為基礎(chǔ)的試驗(yàn),，得到更多的體內(nèi)細(xì)胞水平的復(fù)合物功能。
Axys Pharmaceutical, Inc.
180 Kimball Way
South San Francisco, California 94080
Tel: 650-829-1000 Fax: 650-829-1001
e-mail: [email protected]
web site: www.axyspharm.com
技術(shù)
Axys擁有以工業(yè)化基因發(fā)現(xiàn)技術(shù)和功能基因組技術(shù)為基礎(chǔ)的基因組研究設(shè)備,。Axys應(yīng)用其功能基因組和生物信息技術(shù)方面的能力,，包括模式生物方面的研究，來(lái)闡明基因的功能,、發(fā)展化學(xué)測(cè)試試劑以及為制藥的研發(fā)尋找潛在的具有相當(dāng)功能的復(fù)合物,。Axys擁有已建成的網(wǎng)絡(luò)、數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)運(yùn)算法則以不斷提高這些用于遺傳信息研究的數(shù)據(jù)庫(kù),。
實(shí)驗(yàn)室信息處理系統(tǒng)（Laboratory Information Management System ,，LIMS），支持設(shè)備數(shù)據(jù)的自動(dòng)獲得,，同時(shí)也適用于公共生物醫(yī)藥信息的整合,。該系統(tǒng)推動(dòng)了數(shù)據(jù)的高速獲取、實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)的智能化存儲(chǔ),、實(shí)驗(yàn)室資源的優(yōu)化,、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的優(yōu)化、并行運(yùn)算的高性能化,。另外，LIMS系統(tǒng)也是用于大規(guī)模的遺傳和物理圖譜,、連鎖分析,、序列構(gòu)建、同源比較,、序列比較以及結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),，該系統(tǒng)還以互聯(lián)網(wǎng)資源不斷的提供最新的數(shù)據(jù)。
治療范圍包括：呼吸道系統(tǒng)疾病,，心血管系統(tǒng)疾病,，新陳代謝疾病以及感染性疾病，腫瘤,，II型糖尿病,，哮喘，骨質(zhì)疏松癥，肥胖癥,，精神分裂癥,，抑郁癥以及中樞神經(jīng)系統(tǒng)紊亂。
Base4 Bioinformatics Inc.
6299 Airport Road, Suite 601
Mississauga, Ontario L4V 1N3
Tel: 905-677-0532 Fax: 905-677-1122
e-mail: [email protected]
web site: www.base4.com
技術(shù)
Base4生物信息有限公司是一家為制藥及生物技術(shù)工業(yè)提供綜合生物信息服務(wù)的供應(yīng)商,，其主要的核心是在數(shù)據(jù)和知識(shí)情報(bào)的處理,。Base4為大型的數(shù)據(jù)包開(kāi)發(fā)常規(guī)的管理系統(tǒng)。
PharMatrix 是Base4的主要軟件,，以網(wǎng)上知識(shí)資源為基礎(chǔ),，滿足制藥業(yè)和生物技術(shù)工業(yè)的特殊需求?？蛻衾肞harMatrix來(lái)處理情報(bào)收集,、使用、分配和保存,。
Base4常規(guī)數(shù)據(jù)庫(kù)通過(guò)其說(shuō)明書(shū),、設(shè)計(jì)、研發(fā),、執(zhí)行和測(cè)試階段向客戶展示其精湛的技術(shù),，并最終最大程度的達(dá)到客戶的目標(biāo)要求。
Cadus Pharmaceutical Corporation
777 Old Saw Mill River Road
Terrytown, New York 10591
Tel : 914-467-6200 Fax: 914-345-3565
e-mail: [email protected]
web site: www.cadus.com
技術(shù)
其最主要的技術(shù)核心是G蛋白耦聯(lián)受體和相關(guān)的信號(hào)傳導(dǎo)途徑,，Cadus發(fā)明了其專有的測(cè)試系統(tǒng)以確定某些復(fù)合物潛在的治療活性,。Cadus的藥物發(fā)現(xiàn)技術(shù)充分利用了酵母和人類基因組的相似性，并使用酵母細(xì)胞作為測(cè)試平臺(tái),。這項(xiàng)技術(shù)已經(jīng)被轉(zhuǎn)化到擁有4種專利藥物發(fā)現(xiàn)技術(shù)的商業(yè)平臺(tái)上,，以彌補(bǔ)現(xiàn)有藥物發(fā)現(xiàn)技術(shù)的不足，同時(shí)也可以充分利用人類基因組計(jì)劃的最新發(fā)現(xiàn),。
自我選擇組合文庫(kù)（Self Selecting Combinatorial Library ,，SSCLTM ）是一種以酵母為基礎(chǔ)的產(chǎn)品，可以用來(lái)檢測(cè)一些沒(méi)有已知配體或是功能不明的新的G蛋白偶聯(lián)受體的基因,。Cadus 將帶有連接肽表達(dá)文庫(kù)的孤獨(dú)受體（orphan receptor）插入特有的酵母系統(tǒng),，以確定哪種配體激活了孤獨(dú)受體。當(dāng)配體被確定后,，他們用配體去研究孤獨(dú)受體作為藥物靶的可能性,。
Cadus用于內(nèi)部的和外部合作的治療范圍包括：炎癥，腸胃不適,，過(guò)敏,，哮喘，心血管病以及代謝疾病,。
Cellomics, Inc.
635 William Pitt Way
Pittsburgh, Pennsylvania 15238
Tel: 412-826-3600 Fax: 412-826-3850
e-mail: [email protected]
web site: www.cellomics.com
技術(shù)
Cellomics的主要技術(shù)是一種細(xì)胞水平上的綜合性的檢測(cè)平臺(tái),，包括專有的高通量的檢測(cè)系統(tǒng),，熒光試劑和生物信息學(xué)軟件。CellomicsTM是用于優(yōu)化藥物開(kāi)發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù),。
CuraGen Corporation
555 Long Wharf Drive
New Haven, Connecticut 06511
Tel: 1-888-GENOMICS Fax: 203-401-3333
e-mail: [email protected]
web site: www.curagen.com
技術(shù)
CuraGen擁有的高度整合的基因組程序是被設(shè)計(jì)用來(lái)獲取一些全面的信息,，其中有關(guān)于基因表達(dá)的(GeneCalling)，有關(guān)于生物途徑的(PathCallingTM),，有關(guān)于潛在的藥物的(HitCallingTM ),，以及藥物反應(yīng)的(Pharmacogenomics)?？梢酝ㄟ^(guò)GeneScape生物信息系統(tǒng)從互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)入CuraGen的虛擬實(shí)驗(yàn)室和專有數(shù)據(jù)庫(kù),。
該公司同時(shí)也致力于在CNS、糖尿病,、自身免疫紊亂,、癌、感染以及心血管疾病的藥物開(kāi)發(fā),。
Genaissance Pharmaceuticals
Five Science Park
New Haven, Connecticut 06511
Tel: 203: 773-1450 Fax: 203-562-9377
e-mail: [email protected]
web site: www.genaissance.com
技術(shù)
Genaissance是一家藥物基因組公司,，他承諾進(jìn)行私人化藥物的開(kāi)發(fā)工作。每一種基因在病人群體中都有許多的變異體和突變體,，每一個(gè)都可以成為藥物的作用靶,。該公司正在開(kāi)發(fā)這些基因的變異體，用于探求新的治療靶位點(diǎn)和相關(guān)的主要作用物,。Genaissance依靠其在綜合的遺傳信息,、醫(yī)學(xué)信息學(xué)和數(shù)據(jù)分析工具上的全面的生物信息學(xué)平臺(tái)，正在試圖發(fā)現(xiàn)人類遺傳漂變和臨床治療結(jié)果之間的顯著相關(guān)性,。
Genaissance生物信息學(xué)平臺(tái)是建立在綜合的群體信息的基礎(chǔ)上,，包括治療靶位點(diǎn)的遺傳漂變（單倍體），臨床數(shù)據(jù)和生物學(xué)數(shù)據(jù)（功能和連接試驗(yàn)）,。其專有的將基因變化信息同治療,、疾病進(jìn)行相關(guān)分析的分析工具正在開(kāi)發(fā)中。Genaissance DecoGenTM瀏覽器提供了在相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行查詢,、獲取結(jié)果和進(jìn)行分析的功能,。Genaissance擁有可用于同外部制藥伙伴進(jìn)行高速、安全,、秘密的信息交流的連接網(wǎng)絡(luò)。
GENE LOGIC, INC.
708 Quince Orchard Road
Gaithersburg, Maryland 20878
Tel: 301-987-1700 and 510-649-3444 Fax: 301-987-1701
e-mail: [email protected]
web site: www.genelogic.com
技術(shù)
GENE LOGIC是一家從事基因組開(kāi)發(fā)的公司,，主要發(fā)展差異表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)和管理,、整合基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的軟件。
Gene Logic的專利產(chǎn)品包括用來(lái)進(jìn)行新的藥物作用靶開(kāi)發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù),，新藥主導(dǎo)作用的鑒定技術(shù),，以及用于將生物信息管理和整合進(jìn)藥物開(kāi)發(fā)流程的綜合型的生物信息系統(tǒng)。
READSTM可以得出基因表達(dá)的整體輪廓，提供了關(guān)于所有基因在組織樣品中表達(dá)的大量信息,。READS可以分辨出在疾病的發(fā)生和發(fā)展階段,，基因表達(dá)上的變化。Flow-thru ChipTM是通過(guò)新藥對(duì)于基因表達(dá)影響來(lái)確定起作用功能的一種技術(shù),。
Data Logic 是Gene Logic在加州伯克利的分部,，主要開(kāi)發(fā)數(shù)據(jù)處理工具。面對(duì)協(xié)議模式(Object-Protocol,，OPM)是一種允許用戶確定其數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)的面向?qū)ο蟮臄?shù)據(jù)模式,，它有助于利用商業(yè)化的相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)處理系統(tǒng)（如Oracle 和Sybase）進(jìn)行新數(shù)據(jù)庫(kù)的快速研發(fā)。
Genome Therapeutics Corporation
100 Beaver Street
Waltham, Massachusetts 02154-8440
Tel: 781- 398-2300 Fax: 617 893-9535
e-mail: [email protected]
web site: www.genomecorp.com
技術(shù)
Genome Therapeutics的生物信息項(xiàng)目包括：基因靶位點(diǎn)的確定,，主導(dǎo)基因的確定（高生產(chǎn)能力的基因剔除）,，蛋白表達(dá)和純化，以及生物鑒定的開(kāi)發(fā),。他們的Pathogen Genomics（病原體基因組）技術(shù)可以用于確定重要的與醫(yī)藥相關(guān)的細(xì)菌和真菌的DNA序列,。
Genome Therapeutics的用于基因表達(dá)研究和功能分析的疾病基因開(kāi)發(fā)工具可以快速的確定在病理上起作用的基因。PathoGenome數(shù)據(jù)庫(kù)是以微生物基因組信息為主的商業(yè)化的綜合數(shù)據(jù)庫(kù),，提供了關(guān)于重要的微生物和真菌的數(shù)量空前的信息,，這些序列信息十分的有序，同時(shí)有一些重要的評(píng)注,。他們還為客戶定制面向?qū)ｉT的生物信息軟件的數(shù)據(jù)庫(kù),。
Genome Therapeutics主要研究的疾病包括：骨質(zhì)疏松癥，哮喘,，精神紊亂,，以及腫瘤學(xué)。
Genset S.A.
24, rue Royale 75008 Paris FRANCE
Tel: +33 1 55 04 59 00 Fax: +33 1 55 04 59 29
e-mail: [email protected] or [email protected]
web site: http://www.genxy.com
U.S.A. Subsidiary:
Genset Corporation
875 Prospect Street, Suite 206
La Jolla, California 92037
Tel: 619-551-3000 Fax: 619-551-3001
技術(shù)
Genset是一家全球性的基因組公司,，主要運(yùn)用其專有的高產(chǎn)量的基因組技術(shù)平臺(tái)幫助進(jìn)行疾病和藥物反應(yīng)中的基因的開(kāi)發(fā),。這個(gè)平臺(tái)是以大范圍的繪圖、測(cè)序,、基因分型,、多態(tài)性分析為基礎(chǔ)的。另外,，Genset利用藝術(shù)級(jí)的生物信息和生物統(tǒng)計(jì)工具處理它內(nèi)含專有的基因組信息的龐大的數(shù)據(jù)庫(kù),，后者中的信息是用于確定和復(fù)雜性狀相關(guān)的標(biāo)記和基因的。公司中生物信息學(xué)和生物統(tǒng)計(jì)方面的聯(lián)合團(tuán)隊(duì),，已經(jīng)開(kāi)發(fā)了用于確定與常見(jiàn)疾病和藥物反應(yīng)相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性,、全長(zhǎng)基因序列的計(jì)算工具。
Genset在前列腺癌和精神分裂的致病基因的研發(fā)上有自己的戰(zhàn)略伙伴,，整個(gè)項(xiàng)目包括了如下疾?。喊┌Y,、CNS紊亂癥、心血管疾病,、骨質(zhì)疏松癥和肥胖癥,。
在開(kāi)發(fā)與藥物反應(yīng)及副作用相關(guān)的新標(biāo)記和基因的生藥學(xué)研究中，Genset是其中的先鋒,，它與其戰(zhàn)略伙伴在確定肝毒素癥,、哮喘的相關(guān)標(biāo)記和基因的研究中互相合作。
Human Genome Sciences, Inc.
9410 Key West Avenue
Rockville, Maryland 20850
Tel: 301-309-8504 Fax: 301-309-8512
e-mail: [email protected]
web site: www.hgsi.com
Human Genome Sciences利用其專有的高產(chǎn)量的基因發(fā)現(xiàn)能力以及功能測(cè)試技術(shù),，進(jìn)行新發(fā)現(xiàn)基因在藥理學(xué)方面的功能研究,。通過(guò)區(qū)分細(xì)胞活化和發(fā)展的
