在現(xiàn)代分子系統(tǒng)學研究中,,最大似然法和貝葉斯分析是兩種文獻中最為主要的構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的兩種方法。在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹之前,,研究人員一般都需要對比對后的多條基因序列進行最優(yōu)進化模型選擇,。目前,通常使用的模型選擇軟件,,如ModelTest等,,其實包含似然比檢驗(LRT)、赤池信息標準(AIC)和貝葉斯信息標準(BIC)等多種選擇模型的統(tǒng)計標準,。對于研究者來說,,具體采用哪種統(tǒng)計標準最后選出進化模型往往是一個讓人困惑的問題。
因此,,為了更好地理解不同選擇標準的行為特點,,從而方便眾多研究者的應用,新研究針對廣義時間可逆模型(GTR)中24個基本的模式,,共計模擬了33600個數(shù)據(jù),。就分層似然比檢驗(hLRT)、赤池信息標準(AIC),、貝斯信息標準(BIC)和決定理論(DT)等四種現(xiàn)有的主要標準,,分別對這些數(shù)據(jù)進行模型選擇,并繼而分析了不同標準的準確性,、精確性,、差異度和選擇偏向性,。結(jié)果表明,BIC和DT具有較高的準確性和精確性,,因此判斷它們是目前最佳模型選擇標準,。另外,結(jié)果顯示,,對于同樣的數(shù)據(jù)不同的選擇標準經(jīng)常選擇出不同的最優(yōu)模型;其中hLRT和AIC的差異度最高,,而BIC和DT之間的差異度則最小,。選擇偏向性結(jié)果表明:當真實模型含不變異位點這一參數(shù)時,hLRT的選擇準確性較差,;而BIC和DT則總是呈現(xiàn)相似的選擇偏向性,。總之,,研究表明,,在做模型選擇分析時,BIC和DT應該作為首選的統(tǒng)計標準,。結(jié)合模型適度檢驗,,依據(jù)BIC和DT的選擇模型理應能促進分子系統(tǒng)及相關(guān)研究的可信性。
該研究主要由中國科學院動物研究所朱朝東博士領(lǐng)導的課題組完成,,主要得到了中國科學院農(nóng)業(yè)辦公室項目(KSCX2-YW-NF-02),、國家自然科學基金委項目(30870268, J0930004)資助,并部分得到中國農(nóng)業(yè)部行業(yè)科技專項(200803006),、北京市自然科學基金委重點基金(KZ201010028028)等項目的資助,。
研究論文已發(fā)表在BMC Evolutionay Biology。該論文自發(fā)表以來,,已經(jīng)成為該雜志高度受關(guān)注論文之一,。目前第一作者羅阿蓉已經(jīng)得到國家留學基金委資助,前往澳大利亞聯(lián)邦科工委組織進一步開展博士論文工作,,加強在該領(lǐng)域的合作研究,。(生物谷Bioon.com)