生物谷報道:來自澳大利亞,、亞洲、歐洲與美國的100位科學(xué)工作者組成的“Genome Network Project Core Group”經(jīng)過長達(dá)幾年的研究后發(fā)現(xiàn),,老鼠的基因遠(yuǎn)比先前想象中復(fù)雜,。此次的部分研究結(jié)論從某些方面完全推翻了遺傳學(xué)家以前提出的一些假設(shè)??茖W(xué)家們此次的研究成果報告已發(fā)表在2005年9月2日的Science雜志上,。此次研究成果的主要部分就是科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)哺乳動物的基因功能遠(yuǎn)比人們先前想象的復(fù)雜得多。
哺乳動物的遺傳信息DNA可以比作是一本龐大的百科全書,,書里包含哺乳動物所有的遺傳資料,。科學(xué)家們在對哺乳動物基因組成不斷地研究過程中發(fā)現(xiàn),,它們的基因中有很多部分似乎不含有任何可用信息,。在這些部分中的基因序列雜亂無章,,沒有規(guī)則,。而穿插在這些無用基因片斷中的才是真正有用的基因片斷。
哺乳動物的基因存儲在其細(xì)胞內(nèi)部的細(xì)胞核中,。當(dāng)哺乳動物的細(xì)胞需要制造某種特殊的蛋白質(zhì)時,,其細(xì)胞內(nèi)部細(xì)胞核里面的基因序列就會找出生產(chǎn)這種蛋白質(zhì)所需要的基因信息,并把它們復(fù)制出來,。只有這些經(jīng)過復(fù)制的信息才允許離開細(xì)胞內(nèi)部的細(xì)胞核,。這些經(jīng)過復(fù)制的遺傳片斷就被稱為是RNA,它類似于細(xì)胞內(nèi)部細(xì)胞核中的DNA,。這些RNA中每一種都含有特定蛋白質(zhì)的遺傳信息,,以上就是遺傳學(xué)家們傳統(tǒng)的看法。
其實科學(xué)家們早在三年以前就已成功破解了老鼠的全部基因序列,。自從科學(xué)家們破解出老鼠的基因序列,,一個由100多位來自不同國家的科學(xué)工作者組成一個研究小組,就開始研究老鼠體內(nèi)由基因復(fù)制而成的全部RNA相關(guān)信息,??茖W(xué)家們經(jīng)過反復(fù)實驗后最終發(fā)現(xiàn),,這些由DNA復(fù)制而成的全部RNA中大約有超過60%都與產(chǎn)生蛋白質(zhì)無關(guān),也就是說它們不含有產(chǎn)生蛋白質(zhì)的特定基因信息,。
德國波恩的基因生物學(xué)家Andreas Zimmer教授這樣說道:“科學(xué)家們不知道這么多沒用的RNA為什么會存在至今,,它們真的是對生物體沒什么作用嗎?”不過科學(xué)家們經(jīng)研究發(fā)現(xiàn),,這些RNA實際上對生物體有極其重要的作用,。舉例來說,即使在相互差別很大的兩個生物個體之間,,比如說老鼠和雞,,它們體內(nèi)都含有相同或者相似的RNA,這就說明這些RNA并不是完全無用,。如果這些RNA對生物體真的沒什么作用,,它們就應(yīng)該在全世界生物漫長的進(jìn)化過程中慢慢減少直至消失,這樣以來,,人們就不可能在生物體中發(fā)現(xiàn)這么多的無用RNA了,。
科學(xué)家們對這些“無用”的RNA產(chǎn)生了濃厚的興趣,他們想知道這些“無用”的RNA究竟從何而來,,它們究竟出自細(xì)胞核基因中基因片斷的具體什么位置,,生物體為什么需要這些“無用”的RNA??茖W(xué)家們經(jīng)研究發(fā)現(xiàn),,生物體基因序列所產(chǎn)生的有用或無用RNA片斷分布十分不均勻。參與此次研究的Zimmer教授在一篇文章“森林與沙漠”中這樣說道:“這就是說,,生物體基因序列中可能有些部分所產(chǎn)生的RNA都是有用的,,它們都可以產(chǎn)生蛋白質(zhì),而另一些部分所產(chǎn)生的RNA都是無用的,,它們與產(chǎn)生蛋白質(zhì)沒有直接聯(lián)系,。”
實際上,科學(xué)家們在生物體中的基因序列中只發(fā)現(xiàn)幾萬個可以被人們所理解的部分,,而由這些部分所產(chǎn)生的RNA竟然多達(dá)十八萬個,。Zimmer教授對此解釋道:“DNA把信息進(jìn)行了壓縮,當(dāng)需要解讀這些信息的時候再把它們重新解碼轉(zhuǎn)化成RNA,。”比如說,,當(dāng)生物體需要某種RNA時,細(xì)胞核中的基因就會選擇多個DNA片斷來合成某一RNA,,這就是說,,一個RNA可能由多個DNA片斷組合而成,這就說明了為什么生物體DNA會產(chǎn)生這么多不同的RNA??茖W(xué)家們還發(fā)現(xiàn)同一DNA片斷有可能產(chǎn)生不同的RNA,,而這些RNA分別含有相對應(yīng)的蛋白質(zhì)信息。
為什么哺乳動物的基因數(shù)目只是線蟲基因數(shù)目的兩倍,?
科學(xué)家們此次的研究成果也有可能解釋一個長久以來基因生物學(xué)家不能解釋的問題,,為什么哺乳動物的基因數(shù)目只是線蟲基因數(shù)目的兩倍。Zimmer教授這樣說道:“基因生物學(xué)家們曾經(jīng)有一個看法,,他們認(rèn)為某一DNA片斷只能產(chǎn)生一種RNA,,但是就目前的研究看來,這種說法有待科學(xué)家們更進(jìn)一步的研究證實,。”哺乳動物會用不同的基因片斷組合成某種RNA,,此RNA中含有某種蛋白質(zhì)的DNA合成信息??茖W(xué)的發(fā)展越來越使科學(xué)家們相信,,哺乳動物的基因信息沒有明確的界限,它里面含有許多人們未知的秘密,。
原文:
The Transcriptional Landscape of the Mammalian Genome. Science 2 September 2005: 1559-1563.
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全球有關(guān)轉(zhuǎn)錄組的研究概況
1 麻省理工的轉(zhuǎn)錄組的研究小組 http://web.wi.mit.edu/young/expression/transcriptome.html
2 Affymetrix - Transcriptome Projecthttp://www.affymetrix.com/transcriptome/index.affx
3 Human Transcriptome Map
4 Transcriptome 2000
5 TRANSCRIPTOME 2002: From Functional Genomics to Systems Biology
重要文章索引:
Kapranov, P., Cawley, S. E., Drenkow, J., Bekiranov, S, Strausberg, R. L., Fodor, S.P.A. and Gingeras, T.R., (2002) Large-Scale Transcriptional Activity in Chromosomes 21 and 22. Science 296: 916-919 | supplementary data
Kapranov, P., Sementchenko, V.I. and Gingeras, T.R. (2003) Beyond Expression Profiling: Next Generation Uses Of High Density Oligonucleotide Arrays. Briefings in Functional Genomics and Proteomics 2 (1):47-56
Cawley, S., Bekiranov, S., Ng, H.H., Kapranov, P., Sekinger, E.A., Kampa, D., Piccolboni, A., Sementchenko, V.I., Cheng, J., Williams, A.J., Wheeler, R., Wong, B., Drenkow, J., Yamanaka, M., Patel, S., Brubaker, S., Tammana, H., Helt, G., Struhl, K. and Gingeras, T.R. (2004) Unbiased Mapping of Transcription Factor Binding Sites Along Human Chromosomes 21 and 22 Points to Widespread Regulation of Non-Coding RNAs. Cell 116(4):499-511 | supplementary data
Kampa, D., Cheng, J., Kapranov, P., Yamanaka, M., Brubaker, S., Cawley, S. E., Drenkow, J., Piccolboni, A., Bekiranov, S, Helt, G., Tammana, H. and Gingeras, T.R. (2004) Novel RNAs Identified from an In-depth Analysis of the Transcriptome of Human Chromosomes 21 and 22. Genome Research 14(3):331-342
Bernstein, B.E., Kamal, M., Lindblad-Toh, K., Bekiranov, S., Bailey, D.K., Huebert, D.J., McMahon, S., Karlsson, E.K., Kulbokas, III, E.J., Gingeras, T.R., Schreiber, S.L., and Lander, E.S. (2005) Genomic Maps and Comparative Analysis of Histone Modifications in Human and Mouse Cell 120(2):169-181 | supplementary data
Cheng, J., Kapranov, P., Drenkow, J., Dike, S., Brubaker, S., Patel, S., Long, J., Stern, D., Tammana, H., Helt, G., Sementchenko, V., Piccolboni, A., Bekiranov, S., Bailey, D.K., Ganesh, M., Ghosh, S., Bell, I., Gerhard, D.S., Gingeras, T.R. (2005) Transcriptional Maps of 10 Human Chromosomes at 5-Nucleotide Resolution. Science: Volume 307 | supplementary data
Jeon, Y., Bekiranov, S., Karnani, N., Kapranov, P., Ghosh, S., MacAlpine, D., Lee, C., Hwang, D.S., Gingeras, T.R., Dutta, A. (2005) Temporal profile of replication of human chromosomes. PNAS: Volume 102(18):6419-6424
Antisense Transcription in the Mammalian Transcriptome
RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group) and the FANTOM Consortium,,Science 2 September 2005: 1564-1566
Elucidation of the Small RNA Component of the Transcriptome,Cheng Lu, Shivakundan Singh Tej, Shujun Luo, Christian D. Haudenschild, Blake C. Meyers, Pamela J. Green,Science 2 September 2005: 1567-1569
Recombination Regulation by Transcription-Induced Cohesin Dissociation in rDNA Repeats
Takehiko Kobayashi and Austen R. D. Ganley
Science 2 September 2005: 1581-1584