一,、簡(jiǎn)介
生物芯片(biochip)是指采用光導(dǎo)原位合成或微量點(diǎn)樣等方法,將大量生物大分子比如核酸片段,、多肽分子甚至組織切片,、細(xì)胞等等生物樣品有序地固化于支持物(如玻片、硅片,、聚丙烯酰胺凝膠,、尼龍膜等載體)的表面,組成密集二維分子排列,,然后與已標(biāo)記的待測(cè)生物樣品中靶分子雜交,,通過特定的儀器比如激光共聚焦掃描或電荷偶聯(lián)攝影像機(jī)(CCD)對(duì)雜交信號(hào)的強(qiáng)度進(jìn)行快速、并行,、高效地檢測(cè)分析,,從而判斷樣品中靶分子的數(shù)量。由于常用玻片/硅片作為固相支持物,,且在制備過程模擬計(jì)算機(jī)芯片的制備技術(shù),,所以稱之為生物芯片技術(shù)。根據(jù)芯片上的固定的探針不同,,生物芯片包括基因芯片,、蛋白質(zhì)芯片、細(xì)胞芯片,、組織芯片,,另外根據(jù)原理還有元件型微陣列芯片、通道型微陣列芯片,、生物傳感芯片等新型生物芯片,。如果芯片上固定的是肽或蛋白,則稱為肽芯片或蛋白芯片,;如果芯片上固定的分子是寡核苷酸探針或DNA,,就是DNA芯片。由于基因芯片(Genechip)這一專有名詞已經(jīng)被業(yè)界的領(lǐng)頭羊Affymetrix公司注冊(cè)專利,,因而其他廠家的同類產(chǎn)品通常稱為DNA微陣列(DNA Microarray),。這類產(chǎn)品是目前最重要的一種,有寡核苷酸芯片,、cDNA芯片和Genomic芯片之分,,包括二種模式:一是將靶DNA固定于支持物上,適合于大量不同靶DNA的分析,二是將大量探針分子固定于支持物上,,適合于對(duì)同一靶DNA進(jìn)行不同探針序列的分析,。
生物芯片技術(shù)是90年代中期以來(lái)影響最深遠(yuǎn)的重大科技進(jìn)展之一,是融微電子學(xué),、生物學(xué),、物理學(xué)、化學(xué),、計(jì)算機(jī)科學(xué)為一體的高度交叉的新技術(shù),,具有重大的基礎(chǔ)研究?jī)r(jià)值,又具有明顯的產(chǎn)業(yè)化前景,。由于用該技術(shù)可以將極其大量的探針同時(shí)固定于支持物上,,所以一次可以對(duì)大量的生物分子進(jìn)行檢測(cè)分析,從而解決了傳統(tǒng)核酸印跡雜交(Southern Blotting 和Northern Blotting等)技術(shù)復(fù)雜,、自動(dòng)化程度低,、檢測(cè)目的分子數(shù)量少、低通量(low through-put)等不足,。而且,,通過設(shè)計(jì)不同的探針陣列、使用特定的分析方法可使該技術(shù)具有多種不同的應(yīng)用價(jià)值,,如基因表達(dá)譜測(cè)定,、突變檢測(cè)、多態(tài)性分析,、基因組文庫(kù)作圖及雜交測(cè)序(Sequencing by hybridization, SBH)等,,為"后基因組計(jì)劃"時(shí)期基因功能的研究及現(xiàn)代醫(yī)學(xué)科學(xué)及醫(yī)學(xué)診斷學(xué)的發(fā)展提供了強(qiáng)有力的工具,將會(huì)使新基因的發(fā)現(xiàn),、基因診斷,、藥物篩選、給藥個(gè)性化等方面取得重大突破,,為整個(gè)人類社會(huì)帶來(lái)深刻廣泛的變革,。該技術(shù)被評(píng)為1998年度世界十大科技進(jìn)展之一。
二,、應(yīng)用領(lǐng)域
1.基因表達(dá)水平的檢測(cè)
用基因芯片進(jìn)行的表達(dá)水平檢測(cè)可自動(dòng),、快速地檢測(cè)出成千上萬(wàn)個(gè)基因的表達(dá)情況。Schena等采用擬南芥基因組內(nèi)共45個(gè)基因的cDNA微陣列(其中14個(gè)為完全序列,,31個(gè)為EST),,檢測(cè)該植物的根、葉組織內(nèi)這些基因的表達(dá)水平,,用不同顏色的熒光素標(biāo)記逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物后分別與該微陣列雜交,,經(jīng)激光共聚焦顯微掃描,,發(fā)現(xiàn)該植物根和葉組織中存在26個(gè)基因的表達(dá)差異,而參與葉綠素合成的CAB1基因在葉組織較根組織表達(dá)高500倍,。Schena等用人外周血淋巴細(xì)胞的cDNA文庫(kù)構(gòu)建一個(gè)代表1046個(gè)基因的cDNA微陣列,,來(lái)檢測(cè)體外培養(yǎng)的T細(xì)胞對(duì)熱休克反應(yīng)后不同基因表達(dá)的差異,發(fā)現(xiàn)有5個(gè)基因在處理后存在非常明顯的高表達(dá),,11個(gè)基因中度表達(dá)增加和6個(gè)基因表達(dá)明顯抑制,。該結(jié)果還用熒光素交換標(biāo)記對(duì)照和處理組及RNA印跡方法證實(shí),。在HGP完成之后,,用于檢測(cè)在不同生理、病理?xiàng)l件下的人類所有基因表達(dá)變化的基因組芯片為期不遠(yuǎn)了,。
2.基因診斷
從正常人的基因組中分離出DNA與DNA芯片雜交就可以得出標(biāo)準(zhǔn)圖譜,。從病人的基因組中分離出DNA與DNA芯片雜交就可以得出病變圖譜。通過比較,、分析這兩種圖譜,,就可以得出病變的DNA信息。這種基因芯片診斷技術(shù)以其快速,、高效,、敏感、經(jīng)濟(jì),、平行化,、自動(dòng)化等特點(diǎn),將成為一項(xiàng)現(xiàn)代化診斷新技術(shù),。例如Affymetrix公司,,把P53基因全長(zhǎng)序列和已知突變的探針集成在芯片上,制成P53基因芯片,,將在癌癥早期診斷中發(fā)揮作用,。又如,Heller等構(gòu)建了96個(gè)基因的cDNA微陣,,用于檢測(cè)分析風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA)相關(guān)的基因,,以探討DNA芯片在感染性疾病診斷方面的應(yīng)用。現(xiàn)在,,肝炎病毒檢測(cè)診斷芯片,、結(jié)核桿菌耐藥性檢測(cè)芯片、多種惡性腫瘤相關(guān)病毒基因芯片等一系列診斷芯片逐步開始進(jìn)入市場(chǎng),?;蛟\斷是基因芯片中最具有商業(yè)化價(jià)值的應(yīng)用。