20多年前,，Rich Jorgensen和同事在對矮牽牛(petunias)進行的研究的時候發(fā)現(xiàn)：將一個能產(chǎn)生色素的基因置于一個強啟動子后，導(dǎo)入矮腳牽牛中,，試圖加深花朵的紫顏色，結(jié)果沒看到期待中的深紫色花朵，多數(shù)花成了花斑的甚至白的。Jorgensen將這種現(xiàn)象命名為協(xié)同抑制(cosuppression),，因為導(dǎo)入的基因和其相似的內(nèi)源基因同時都被抑制。剛開始這被認(rèn)為是矮牽牛特有的怪現(xiàn)象,，后來發(fā)現(xiàn)在其他許多植物中，甚至在真菌中也有類似的現(xiàn)象,。

2001年,，Tuschl通過siRNA（small interfering RNA ）在哺乳動物細(xì)胞中成功地誘導(dǎo)了RNAi ，沒有引起翻譯抑制和細(xì)胞凋亡,。他們通過轉(zhuǎn)染連續(xù)表達RNAi 的載體進入哺乳動物細(xì)胞,，這些載體被設(shè)計成能夠表達小發(fā)夾RNAi（short hairpin RNAs,shRNA）的載體。通過表達,，shRNA形成3'端帶有UU的發(fā)夾狀結(jié)構(gòu),。隨后shRNA的末端被加工使shRNA形成類似于21nt大小的siRNA分子,。這個類似于siRNA的分子在轉(zhuǎn)染的哺乳動物細(xì)胞內(nèi)就能夠引起RNAi 。他們通過PCR技術(shù)合成發(fā)夾結(jié)構(gòu)的siRNA,(1)構(gòu)建與目的基因互補的單鏈RNA,，然后并在同一條鏈上構(gòu)建與單鏈RNA互補的堿基序列,，中間用一些尿嘧啶核苷酸（U）將他們隔開。(2)將這個構(gòu)建好的單鏈RNA進行退火,，互補區(qū)域會相互吸引形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)的siRNA,。

1995年康乃爾大學(xué)的研究人員Guo和Kemphues嘗試用反義RNA去阻斷par1基因的表達以探討該基因的功能，結(jié)果反義RNA的確能夠阻斷par1基因的表達,，但是,，注入作為對照的正義鏈RNA，也同樣阻斷了基因的表達,。3年后,，華盛頓卡耐基研究院的Andrew Fire和馬薩諸塞大學(xué)癌癥中心的Craig Mello將雙鏈dsRNG—正義鏈和反義鏈的混合物注入線蟲，結(jié)果誘發(fā)了比單獨注射正義鏈或者反義鏈都要強得多的基因沉默,。后來的實驗表明在線蟲中注入雙鏈RNA不單可以阻斷整個線蟲的同源基因表達,，還會導(dǎo)致其第一代子代的同源基因沉默。這種現(xiàn)象后來被稱為RNA干擾,。在隨后的短短一年中,，RNAi現(xiàn)象被廣泛地發(fā)現(xiàn)于真菌、擬南芥,、水螅,、渦蟲、錐蟲,、斑馬魚等大多數(shù)真核生物中,。這種存在揭示了RNAi很可能是出現(xiàn)于生命進化的早期階段。隨著研究的不斷深入,，RNAi的機制正在被逐步闡明,，而同時作為功能基因組學(xué)研究領(lǐng)域中的有力工具，RNAi也越來越為人們所重視,。

2006年度諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎授予兩名美國科學(xué)安德魯·法爾和克雷格·梅洛,，表彰他們發(fā)現(xiàn)了RNA干擾現(xiàn)象。