利用計算機模擬(computer simulation)方法來揭示體內(nèi)最小的構(gòu)建單元(building block)的行為正在幫助科學家們確定分子在人類疾病中所起的作用,。
在最近的一系列研究中，來自澳大利亞莫納什大學生物醫(yī)學科學學院的研究人員證實分子運動和分子相互作用在人體如何患上疾病,、檢測疾病和對疾病如何作出反應(yīng)方面發(fā)揮著非常重要的作用。
領(lǐng)導三項研究的副教授Ashley Buckle說,，他的研究小組利用花費數(shù)月時間在一臺超級計算機上運行的計算機模擬方法正揭示出利用純粹實驗技術(shù)不可能檢測的蛋白的分子“舞蹈(choreography)”,。
副教授 Buckle說，傳統(tǒng)上,，這個領(lǐng)域的研究人員利用X射線晶體分析法來拍攝分子結(jié)構(gòu)的快照,。但是分子之間存在大量瞬間發(fā)生的相互作用。這些相互作用能夠解釋很多蛋白行為和當它們產(chǎn)生錯誤時所產(chǎn)生的結(jié)果,。因此,，研究人員需要利用這些實驗數(shù)據(jù)---快照---進行外推，并重建分子運動來開展深入的研究,。
這三項研究證實這種新興研究技術(shù)的重要性,。2012年3月8日，發(fā)表在PLoS Computational Biology期刊上的一項研究詳細描述了免疫系統(tǒng)蛋白的運動在識別感染和觸發(fā)免疫應(yīng)答中所發(fā)揮的關(guān)鍵性作用,。<<<相關(guān)論文參見“Epitope Flexibility and Dynamic Footprint Revealed by Molecular Dynamics of a pMHC-TCR Complex”
副教授Buckle說,，“這種識別是一種關(guān)鍵性的事件,。在此之前，我們還沒有充分理解它是如何發(fā)生的,。模擬這些分子如何移動能夠加深我們對此的理解,。”
第二項研究也是發(fā)表在PLoS Computational Biology期刊上的，它解釋了為什么有可能成為一種重要的抗生素作用靶標的酶當被四個抗生素分子牢固結(jié)合而不是與一個抗生素分子不穩(wěn)定結(jié)合時,，也能夠有效地發(fā)揮作用,。理解這種結(jié)構(gòu)可能有助于人們抗發(fā)出對抗被稱作耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(Methicillin Resistant Staphylococcus Aureus, MRSA)的超級細菌。<<<相關(guān)論文參見“Structural and Dynamic Requirements for Optimal Activity of the Essential Bacterial Enzyme Dihydrodipicolinate Synthase”
第三項研究于2012年6月20日發(fā)表在Biophysical Journal期刊上, 它解釋了一種導致肝硬化的蛋白突變,。<<相關(guān)論文參見“Conformational Properties of the Disease-Causing Z Variant of α1-Antitrypsin Revealed by Theory and Experiment”
副教授Buckle說,，“利用X射線晶體分析法，正常的蛋白和發(fā)生突變的蛋白看起來完全一樣,。當我們運行計算機模擬時,，我們能夠觀察這兩種蛋白分子運行方式存在較大的差別。”(生物谷：Bioon.com)
本文編譯自The magic of the movies - molecules in 4D
doi: 10.1016/j.bpj.2012.05.023
PMC:
PMID:
Conformational Properties of the Disease-Causing Z Variant of α1-Antitrypsin Revealed by Theory and Experiment
Itamar Kass▵, Anja S. Knaupp▵, Stephen P. Bottomley and Ashley M. Buckle
The human serine protease inhibitor (serpin) α-1 antitrypsin (α1-AT) protects tissues from proteases of inflammatory cells. The most common disease-causing mutation in α1-AT is the Z-mutation (E342K) that results in an increased propensity of α1-AT to polymerize in the ER of hepatocytes, leading to a lack of secretion into the circulation. The structural consequences of this mutation, however, remain elusive. We report a comparative molecular dynamics investigation of the native states of wild-type and Z α1-AT, revealing a striking contrast between their structures and dynamics in the breach region at the top of β-sheet A, which is closed in the wild-type simulations but open in the Z form. Our findings are consistent with experimental observations, notably the increased solvent exposure of buried residues in the breach region in Z, as well as polymerization via domain swapping, whereby the reactive center loop is rapidly inserted into an open A-sheet before proper folding of the C-terminal β-strands, allowing C-terminal domain swapping with a neighboring molecule. Taken together, our experimental and simulation data imply that mutations at residue 342 that either stabilize an open form of the top of β-sheet A or increase the local flexibility in this region, may favor polymerization and hence aggregation.
