2012年10月10日 訊 /生物谷BIOON/ --來自美國佛羅里達(dá)州斯克里普斯研究所的研究人員開發(fā)出一種新的方法來篩選RNA與小分子之間的三百萬多種相互作用的組合以便鑒定出RNA上的最佳作用靶標(biāo)和最有前途的潛在藥用化合物。這種新技術(shù)可能導(dǎo)致人們開發(fā)出更加有效的藥物。
最近的研究鑒定出RNA是一種分子開關(guān),，控制著許多細(xì)胞事件,，如基因表達(dá)，從而使得RNA成為小分子的一種有吸引力的作用靶標(biāo),，其中這些小分子可以是化學(xué)遺傳探針,，分子工具或潛在的藥物。
然而,，迄今為止,，關(guān)于小分子結(jié)合到RNA上的哪些部分(結(jié)構(gòu)基序)方面的信息一直比較稀少，因而這就阻礙著這個(gè)有希望的進(jìn)行研究和開發(fā)的領(lǐng)域,。而這正是這項(xiàng)新研究所要解決的問題,。
斯克里普斯研究所副教授Matthew Disney說，“我們第一次能夠通過篩選數(shù)百萬種RNA-配體組合來研究哪些類型的小分子將是靶向RNA的較好的主要藥物,。比如,，在病毒基因組中，RNA折疊成導(dǎo)致疾病產(chǎn)生的發(fā)夾環(huán)結(jié)構(gòu),，但是我們并不知道我們應(yīng)當(dāng)重點(diǎn)關(guān)注哪些發(fā)夾環(huán),。在這項(xiàng)研究中，我們能夠確定這些結(jié)合到小分子上的RNA基序(包括發(fā)夾環(huán)在內(nèi))和結(jié)合到RNA上的小分子類型,。”
Disney注意到,，人們應(yīng)當(dāng)能夠篩選更大的和化學(xué)上更加多樣性的小分子文庫以便找到更多能夠識(shí)別RNA的配體，以及更多的小分子偏好的RNA基序,。這種新的方法可能能夠被用來構(gòu)建出容易訪問的偏好結(jié)合到RNA上的小分子文庫,。(生物谷Bioon.com)
doi: 10.1038/ncomms2119
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Identifying the preferred RNA motifs and chemotypes that interact by probing millions of combinations
Tuan Tran & Matthew D. Disney
RNA is an important therapeutic target but information about RNA–ligand interactions is limited. Here, we report a screening method that probes over 3,000,000 combinations of RNA motif-small molecule interactions to identify the privileged RNA structures and chemical spaces that interact. Specifically, a small molecule library biased for binding RNA was probed for binding to over 70,000 unique RNA motifs in a high throughput solution-based screen. The RNA motifs that specifically bind each small molecule were identified by microarray-based selection. In this library-versus-library or multidimensional combinatorial screening approach, hairpin loops (among a variety of RNA motifs) were the preferred RNA motif space that binds small molecules. Furthermore, it was shown that indole, 2-phenyl indole, 2-phenyl benzimidazole and pyridinium chemotypes allow for specific recognition of RNA motifs. As targeting RNA with small molecules is an extremely challenging area, these studies provide new information on RNA–ligand interactions that has many potential uses.
