863計(jì)劃生物信息技術(shù)主題2004年度在生物信息的獲取與開發(fā)、加工與利用方面取得了較大的進(jìn)展:
生物信息技術(shù)研究中心初具規(guī)模
初步建立了以上海,、北京為基地的分布式國(guó)家級(jí)生物信息技術(shù)研究中心,,為全國(guó)近100家科研單位提供了技術(shù)服務(wù),,在國(guó)家生命科學(xué)、生物技術(shù)和相關(guān)交叉研究領(lǐng)域研究中發(fā)揮了重要作用,。本年度以國(guó)家級(jí)生物信息技術(shù)中心為主體發(fā)表了包括Science,,Nature Biotechnology, Bioinformatics等高水平的研究論文,這些具有國(guó)際影響的原始論文都有相應(yīng)的自有數(shù)據(jù)庫(kù)和分析軟件系統(tǒng),,其研究成果得到國(guó)際認(rèn)可表明我國(guó)分布式生物信息研究中心已經(jīng)初具規(guī)模,。
自主構(gòu)建和完善了20多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù),數(shù)據(jù)規(guī)模超過2TB
生物信息技術(shù)數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)取得了重要進(jìn)展,,構(gòu)建和完善包括核酸,、蛋白序列、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo),、生化代謝通路,、結(jié)構(gòu)和功能域信息、表皮葡萄球菌,、鉤端螺旋體等自主研發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù),。這些規(guī)范化的自有數(shù)據(jù)庫(kù)的建立,大大改變了我國(guó)過去在生命科學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)方面沒有標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范,,零散和安全性差的落后局面,。同時(shí)還整合了150多個(gè)國(guó)際生命科學(xué)研究公共數(shù)據(jù)庫(kù),達(dá)到國(guó)際生命科學(xué)研究公共數(shù)據(jù)庫(kù)的2/3,。
參與制定蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn),,被國(guó)際人類蛋白質(zhì)組學(xué)研究組織采納并使用
與歐盟有關(guān)研究機(jī)構(gòu)EBI共同制定的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)已被國(guó)際人類蛋白質(zhì)組學(xué)研究組織(HUPO)采納并使用,,按照此標(biāo)準(zhǔn)構(gòu)建了我國(guó)第一個(gè)、也是國(guó)際上第一個(gè)蛋白質(zhì)表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù),,已提供給我國(guó)主導(dǎo)的“人類肝臟蛋白質(zhì)組研究計(jì)劃(HLPP)”使用,。同時(shí),參與國(guó)際單核苷酸多態(tài)性(SNP)數(shù)據(jù)交換標(biāo)準(zhǔn)制定工作,,自主構(gòu)建的SNP數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)上網(wǎng)提供服務(wù),。
數(shù)字化虛擬人研究取得良好進(jìn)展
初步建立數(shù)字化虛擬人體模型,人體數(shù)字信息關(guān)鍵技術(shù)獲得重要進(jìn)展,,已獲得具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的男女成人切片數(shù)據(jù)集,,以及包括顱腦、心臟,、腎臟和肝臟在內(nèi)的十二套原始數(shù)據(jù)集及其按不同用途開發(fā)的子數(shù)據(jù)集,,解決了人體局部器官的海量數(shù)據(jù)管理和共享難題,實(shí)現(xiàn)了基于計(jì)算機(jī)并行處理的局部器官的三維重建和可視化,。
Bio-science可視化生物信息數(shù)據(jù)分析軟件系統(tǒng)成功開發(fā)并進(jìn)入市場(chǎng)銷售
上海生物信息技術(shù)研究中心開發(fā)出我國(guó)第一個(gè)市場(chǎng)化的大型生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析產(chǎn)品——Bio-Science可視化生物信息數(shù)據(jù)分析軟件系統(tǒng),,市場(chǎng)售價(jià)高達(dá)27.5萬歐元一套,歐洲著名制藥公司Aventis已經(jīng)購(gòu)買了該軟件系統(tǒng),。同時(shí),,在這一大型軟件包的基礎(chǔ)上,國(guó)際500強(qiáng)制藥公司日本的Japan Tobacco已經(jīng)表示愿與中方進(jìn)一步共同開發(fā)面向藥物研發(fā)的蛋白質(zhì)組功能注釋的生物信息學(xué)工作流軟件,。
開發(fā)了一批有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的軟件并投入了應(yīng)用
2004年在主題支持下研制的大量軟件提供給國(guó)內(nèi)外科研機(jī)構(gòu)使用,,這些軟件涵蓋大規(guī)模基因組測(cè)序數(shù)據(jù)拼接,、基因組功能注釋,、基因表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)分析、生物芯片數(shù)據(jù)分析,、藥物毒理分析,、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè)分析、藥物分子設(shè)計(jì)等眾多方面,。其中多肽指紋圖譜鑒定軟件包的開發(fā),,打破了國(guó)外產(chǎn)品在中國(guó)的壟斷地位(同類產(chǎn)品單個(gè)CPU國(guó)際市場(chǎng)銷售價(jià)$1600,而大規(guī)模的蛋白鑒定需要的計(jì)算機(jī)集群其CPU個(gè)數(shù)至少超過16個(gè)),,該項(xiàng)產(chǎn)品將進(jìn)行商業(yè)開發(fā)和市場(chǎng)推廣,。北京大學(xué)自主開發(fā)的藥物設(shè)計(jì)和蛋白質(zhì)工程設(shè)計(jì)軟件包被國(guó)內(nèi)外約900家研究所、公司使用,,一些國(guó)外公司已經(jīng)表示了強(qiáng)烈的對(duì)此軟件包進(jìn)行商業(yè)開發(fā)的意向,。