由中國科學院上海藥物研究所完成的發(fā)明“組合化學集中庫設計與優(yōu)化方法”目前獲得國家發(fā)明專利授權(quán)(專利號ZL200410053102.6)。

    該項發(fā)明涉及一種組合化學集中庫設計與優(yōu)化方法,，是對一種虛擬組合化學集中庫軟件包的設計,、建立與評價優(yōu)化的方法,、包括第一步以靶標為基礎(chǔ)設計虛擬組合初步篩選庫,；第二步建立虛擬組合初步篩選庫并對分子構(gòu)象進行優(yōu)化,；第三步對虛擬組合初步篩選庫進行評價及其優(yōu)化,。該項發(fā)明采用遺傳算法與組合化學方法相結(jié)合，可以用于基于大分子靶標三維結(jié)構(gòu)的全新藥物的設計和研究,。對靶標具有比較高的親和性、多樣性和類藥性,。具有速度快、費用低,、不耗費任何實驗器材,，完全通過計算模擬的方法來完成組合化學集中庫的設計和優(yōu)化,。

    藥物發(fā)現(xiàn)是一個綜合了多學科的,，復雜的研究和探索過程,，其主要步驟可以簡要概括為從基因到蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)到先導化合物，再對先導化合物進行評估和優(yōu)化這樣一個循環(huán)反復,、螺旋式上升的過程,。在這個過程中，計算機早已成為不可缺少的手段,，分子模擬,、組合化學、構(gòu)效關(guān)系以及數(shù)據(jù)挖掘等領(lǐng)域都是計算機大顯身手的地方,。利用計算機采用各種可能的方法,，搜尋和優(yōu)化先導化合物，提高其理化指標和生物活性,，已成為藥物發(fā)現(xiàn)過程中的關(guān)鍵步驟之一,。隨著人類基因組測序工作的基本完成,，為藥物研究提供了大量的新分子靶標,，因而基于結(jié)構(gòu)的藥物設計與組合化學相結(jié)合的計算機模擬篩選方法已經(jīng)成為一個有效的發(fā)現(xiàn)藥物的途徑。