附件A:國(guó)內(nèi)外樣本庫的現(xiàn)狀
國(guó)內(nèi)的生物樣本庫,,從保存容器上看,,目前主要采用的保存方式是超低溫冰箱的保存,,部分采用了液氮罐保存,,也有很小部分試點(diǎn)了機(jī)械臂自動(dòng)樣本庫(-80),。近年來國(guó)際的大型樣本庫,,采用機(jī)械臂自動(dòng)保存的逐漸增多,。
-80 度冰箱或者液氮的保存,,主要取決于保存時(shí)間和最終的實(shí)驗(yàn)方向,。一般的認(rèn)為,,-80 度對(duì)應(yīng)的是5-10 年的保存,液氮條件對(duì)應(yīng)的是長(zhǎng)期保存,。從樣本的研究方向看,,DNA 的保存和加了RNA 保護(hù)劑的RNA 保存,在-80 度條件下都是可靠的,,而如果研究蛋白,,則盡量考慮用液氮保存。機(jī)械臂樣本庫的保存,,目前的設(shè)備內(nèi)溫度也是-80 度,,由于成本對(duì)比極大,所以目前主要應(yīng)用于高危樣品和非常珍貴的樣品,。
從樣本管形式上看,,目前主要的樣本管為1.5-2ml 的凍存管,也有不少為0.5-1.5ml 的離心管,機(jī)械臂庫采用的特制的0.5-1.0ml 凍存管,。做樣本的長(zhǎng)期保存,,凍存管比較可靠。
凍存管根據(jù)外形區(qū)分有兩種,,一種是內(nèi)旋的,,另外一種是外旋管。同樣容積下內(nèi)旋管的外徑比外旋管的外徑小,,所以2ml 內(nèi)旋管可以實(shí)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)2 英寸凍存盒(132*132*52mm)內(nèi)的10*10 存放,,而1.8ml 外旋管只能實(shí)現(xiàn)9*9 的存放。外旋管的防污染性能較之內(nèi)旋管為好,,所以對(duì)于高危樣品,,一般采用外旋管,如病毒庫,。內(nèi)旋管在螺紋緊密度和硅膠墊圈方面會(huì)比外旋管較好,,所以對(duì)于需要浸潤(rùn)入液氮的凍存管,很多都采用內(nèi)旋管,,如組織生物樣本庫的組織樣本,。凍存管管壁比離心管厚,制作工藝相對(duì)復(fù)雜,,所以凍存管的成本會(huì)比離心管高,,由于某些進(jìn)口離心管的質(zhì)量可靠, -80度條件下可用,,所以國(guó)內(nèi)用戶在保存血液樣本的時(shí)候,,很多都采用0.5-1.5ml 的離心管在-80 度條件下保存。選擇離心管的容量主要取決于樣本分管后的容量,,1.5ml 離心管可配用標(biāo)準(zhǔn)的9*9 規(guī)格2 英寸凍存盒,,而0.5ml 離心管的凍存盒可實(shí)現(xiàn)10*10,高度能縮小到2/3,。
國(guó)際上的大型樣本庫,,還是以凍存管的保存為主。隨著分析儀器的精度升級(jí),,對(duì)每次分析所需樣本量減小,,目前國(guó)際上幾大品牌的耗材供應(yīng)商開始推廣微型凍存管,該凍存管容量為0.5-1.0ml,,管徑減小到可適用于96 孔板的孔徑尺寸,,配以96 孔的凍存盒,可適用于今后機(jī)械化的樣本庫操作,,由于產(chǎn)品較新,,目前的應(yīng)用面還不是很廣,。從編號(hào)識(shí)別方面看,目前主要還是以手工書寫標(biāo)記為主,,一些較大型的樣本庫采用了條形碼方案,。標(biāo)簽方案是諸多樣本庫希望實(shí)現(xiàn)的方式,實(shí)施條形碼管理必然和計(jì)算機(jī)系統(tǒng)結(jié)合在一起,,單純的條形碼標(biāo)簽的意義并不是很大,。
在小型樣本庫中涉及軟件因素和成本因素,目前國(guó)內(nèi)真正應(yīng)用條形碼的樣本庫還不是很多,。大型陣列樣本庫,,由于手工標(biāo)識(shí)的諸多問題,所以必須采用條形碼的管理,,國(guó)際上大型樣本庫基本都采用了條形碼管理方案,。條形碼管理首先涉及編號(hào)規(guī)則問題,,目前沒有非常統(tǒng)一的規(guī)則,,不過基本上以滿足唯一性和共享性為原則。條形碼管理還涉及專業(yè)的標(biāo)簽問題,,應(yīng)該選擇可靠的低溫專用標(biāo)簽,。條形碼管理另外涉及的是一套適用于條形碼的計(jì)算機(jī)管理系統(tǒng),可以生成標(biāo)簽以及對(duì)應(yīng)的各處條形碼快捷處理接口,。條形碼的碼制,,由于二維碼的數(shù)據(jù)容量大,糾錯(cuò)性較好,,所以國(guó)際上相關(guān)機(jī)構(gòu)推薦的都是二維條形碼,。機(jī)械臂的樣本庫采用了在凍存管底部預(yù)制二維碼的方式。
從數(shù)據(jù)管理上看,,大部分還停留在簡(jiǎn)單數(shù)據(jù)庫(EXCEL,ACCESS)時(shí)代,,部分樣本庫采用了獨(dú)立開發(fā)的大容量數(shù)據(jù)庫并和大型數(shù)據(jù)庫做了接口。樣本信息管理是樣本庫中非常重要的部分,,由于整體的起步都比較遲,,做樣本庫的公司不多,基本都是個(gè)性化的特別開發(fā)為主,,所以在之前若干年并沒有形成特別通用的樣本庫軟件,。國(guó)際上幾個(gè)大樣本庫基本都采用了自主開發(fā)的樣本庫系統(tǒng),或者是幾個(gè)專業(yè)數(shù)據(jù)庫的結(jié)合,。如UK Biobank 中樣本庫分成了樣本庫平臺(tái)和實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)管理平臺(tái)的結(jié)合,。在大型陣列研究中,也有諸如IBM 這樣的信息咨詢公司的介入,。