■本報見習記者 王珊
在現(xiàn)代城市中,可能人人都知道條形碼,,那么你知道DNA條形碼嗎,?
在海關運輸中,如果遇到動物毛皮,,如何快速確定毛皮是來自保護動物,,還是可運輸動物?其實,,你只要從毛皮上提取一段DNA片段,,即可迅速作出判斷。這一判斷的依據(jù)就是DNA條形碼技術,。
2010年,,為進一步推動DNA條形碼技術的發(fā)展和應用,國際生命條形碼計劃(iBOL)啟動,,這是世界上迄今最大的生物多樣性研究計劃,,計劃在5年內(nèi)完成50萬種真核生物500萬份標本的DNA條形碼參考數(shù)據(jù)庫。
然而,,近日,,記者在采訪中了解到,由于缺乏良好的數(shù)據(jù)共享機制和數(shù)據(jù)管理方面的不規(guī)范,,iBOL實施遇阻,。
260萬份標本已經(jīng)測定
作為快速鑒定生物物種的新興生物分類學手段,DNA條形碼技術對于全球生物多樣性保護具有重要作用,。
“iBOL是類似于人類基因組計劃的重大國際合作計劃,。”中國科學院昆明植物研究所所長李德銖告訴《中國科學報》記者,,這是世界上迄今最大的生物多樣性研究計劃,。
截至目前,iBOL已經(jīng)完成將近20萬個物種260萬份標本DNA條形碼的測定,。
中科院動物所副所長喬格俠指出,數(shù)據(jù)庫的建立,,對大幅提高人類監(jiān)測,、理解和管理生物多樣性的能力將起重要作用,并能推動DNA條形碼在生命科學,、流行病學以及環(huán)境監(jiān)測,、檢驗檢疫等方面的應用。
作為iBOL計劃的四個中心節(jié)點之一,中國先后成立了生命條形碼南方中心,、北方中心,,在支持大規(guī)模DNA條形碼測序中心的建立、生命條形碼領域知識和技術向各個國家節(jié)點的分享和轉化方面,,發(fā)揮了重要作用,。
對于該計劃,建立全球共享的生命條形碼標準文庫是現(xiàn)階段最重要的目標,。而據(jù)論文發(fā)表要求,,正式發(fā)表的DNA條形碼研究的數(shù)據(jù)均須按要求提交到生命條形碼數(shù)據(jù)系統(tǒng)(BOLD)和/或GenBank數(shù)據(jù)庫。
為此,,中科院微生物所信息中心從2009年起就著手開展了BOLD全球鏡像系統(tǒng)以及中國生命條形碼信息管理平臺的建設,,目前已經(jīng)在中國和iBOL若干國家節(jié)點開始運行。
共享機制尚需完善
建立全球共享的生命條形碼標準文庫是iBOL計劃現(xiàn)階段最重要的目標,?!暗牵刂沟侥壳?,仍有近一半數(shù)據(jù)未公開,。”李德銖告訴記者,。
其原因之一在于,,根據(jù)2011年第四屆生命條形碼大會的決定,各國提供給生命條形碼數(shù)據(jù)系統(tǒng)的數(shù)據(jù)在2年后才能公開,,因為研究人員希望在數(shù)據(jù)分析或文章發(fā)表以后再公開,。
作為生命條形碼計劃國際鏡像工作組的主席,中科院微生物所研究員馬俊才告訴記者,,BOLD目前正在進行進一步的數(shù)據(jù)更新,,近期內(nèi)鏡像數(shù)據(jù)將從原來的70余萬條數(shù)據(jù)達到234萬。
“然而,,這已經(jīng)是數(shù)據(jù)產(chǎn)出兩年之后,,不利于計劃目標的實現(xiàn)和研究數(shù)據(jù)的比對?!崩畹裸徶赋?。
在李德銖看來,國內(nèi)在數(shù)據(jù)共享方面的問題更加明顯,。據(jù)記者了解,,我國生命條形碼研究領域有不少研究組還沒有及時將數(shù)據(jù)提交到BOLD或中國生命條形碼信息管理平臺,而這一定程度上影響了我國的數(shù)據(jù)集成和BOLD發(fā)號權的獲取,。
對此,,喬格俠表示,,封閉的數(shù)據(jù)系統(tǒng)會阻礙整個iBOL計劃目標的完成,且不利于數(shù)據(jù),、信息所支持的國際交流,,進而也會損害建立封閉系統(tǒng)的成員利益。
李德銖呼吁,,應該盡快完善iBOL的共享機制,,提高生命條形碼數(shù)據(jù)在全球范圍內(nèi)的應用和影響力。
從國家層面整合數(shù)據(jù)
在國外,,DNA條形碼數(shù)據(jù)庫的建立有著總體的方案和執(zhí)行方針,。而我國則是通過科研項目的形式支持不同領域的DNA條形碼研究人員或特定的應用部門。
根據(jù)國際生命條形碼數(shù)據(jù)標準,,每個DNA條形碼都要有完整的憑證標本信息,、采集信息和測序峰圖的原始文件。但我國不少研究組和研究人員不能嚴格按要求和標準執(zhí)行,,數(shù)據(jù)質量大打折扣,。中科院昆明植物所研究員高連明說,這會對大規(guī)模DNA條形碼測序及高質量數(shù)據(jù)產(chǎn)出和條形碼數(shù)據(jù)標準化造成限制,。
馬俊才認為,,我國的數(shù)據(jù)積累已經(jīng)到達一定階段,應在國家層面上,,做好數(shù)據(jù)的規(guī)范管理,,整合資源以促進數(shù)據(jù)的規(guī)模化產(chǎn)出和有效利用,。
在眾位專家的眼中,,在國內(nèi)實施一批集中以標準DNA條形碼數(shù)據(jù)產(chǎn)出為目標的項目,迫在眉睫,。