■本報(bào)見(jiàn)習(xí)記者 王珊
在現(xiàn)代城市中,,可能人人都知道條形碼,那么你知道DNA條形碼嗎,?
在海關(guān)運(yùn)輸中,,如果遇到動(dòng)物毛皮,如何快速確定毛皮是來(lái)自保護(hù)動(dòng)物,,還是可運(yùn)輸動(dòng)物,?其實(shí),你只要從毛皮上提取一段DNA片段,,即可迅速作出判斷,。這一判斷的依據(jù)就是DNA條形碼技術(shù)。
2010年,,為進(jìn)一步推動(dòng)DNA條形碼技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用,,國(guó)際生命條形碼計(jì)劃(iBOL)啟動(dòng),這是世界上迄今最大的生物多樣性研究計(jì)劃,,計(jì)劃在5年內(nèi)完成50萬(wàn)種真核生物500萬(wàn)份標(biāo)本的DNA條形碼參考數(shù)據(jù)庫(kù),。
然而,近日,,記者在采訪中了解到,,由于缺乏良好的數(shù)據(jù)共享機(jī)制和數(shù)據(jù)管理方面的不規(guī)范,iBOL實(shí)施遇阻,。
260萬(wàn)份標(biāo)本已經(jīng)測(cè)定
作為快速鑒定生物物種的新興生物分類(lèi)學(xué)手段,,DNA條形碼技術(shù)對(duì)于全球生物多樣性保護(hù)具有重要作用。
“iBOL是類(lèi)似于人類(lèi)基因組計(jì)劃的重大國(guó)際合作計(jì)劃,?!敝袊?guó)科學(xué)院昆明植物研究所所長(zhǎng)李德銖告訴《中國(guó)科學(xué)報(bào)》記者,這是世界上迄今最大的生物多樣性研究計(jì)劃,。
截至目前,,iBOL已經(jīng)完成將近20萬(wàn)個(gè)物種260萬(wàn)份標(biāo)本DNA條形碼的測(cè)定。
中科院動(dòng)物所副所長(zhǎng)喬格俠指出,,數(shù)據(jù)庫(kù)的建立,,對(duì)大幅提高人類(lèi)監(jiān)測(cè)、理解和管理生物多樣性的能力將起重要作用,,并能推動(dòng)DNA條形碼在生命科學(xué),、流行病學(xué)以及環(huán)境監(jiān)測(cè)、檢驗(yàn)檢疫等方面的應(yīng)用,。
作為iBOL計(jì)劃的四個(gè)中心節(jié)點(diǎn)之一,中國(guó)先后成立了生命條形碼南方中心、北方中心,,在支持大規(guī)模DNA條形碼測(cè)序中心的建立,、生命條形碼領(lǐng)域知識(shí)和技術(shù)向各個(gè)國(guó)家節(jié)點(diǎn)的分享和轉(zhuǎn)化方面,發(fā)揮了重要作用,。
對(duì)于該計(jì)劃,,建立全球共享的生命條形碼標(biāo)準(zhǔn)文庫(kù)是現(xiàn)階段最重要的目標(biāo)。而據(jù)論文發(fā)表要求,,正式發(fā)表的DNA條形碼研究的數(shù)據(jù)均須按要求提交到生命條形碼數(shù)據(jù)系統(tǒng)(BOLD)和/或GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),。
為此,中科院微生物所信息中心從2009年起就著手開(kāi)展了BOLD全球鏡像系統(tǒng)以及中國(guó)生命條形碼信息管理平臺(tái)的建設(shè),,目前已經(jīng)在中國(guó)和iBOL若干國(guó)家節(jié)點(diǎn)開(kāi)始運(yùn)行,。
共享機(jī)制尚需完善
建立全球共享的生命條形碼標(biāo)準(zhǔn)文庫(kù)是iBOL計(jì)劃現(xiàn)階段最重要的目標(biāo)?!暗?,截止到目前,仍有近一半數(shù)據(jù)未公開(kāi),?!崩畹裸徃嬖V記者。
其原因之一在于,,根據(jù)2011年第四屆生命條形碼大會(huì)的決定,,各國(guó)提供給生命條形碼數(shù)據(jù)系統(tǒng)的數(shù)據(jù)在2年后才能公開(kāi),因?yàn)檠芯咳藛T希望在數(shù)據(jù)分析或文章發(fā)表以后再公開(kāi),。
作為生命條形碼計(jì)劃國(guó)際鏡像工作組的主席,,中科院微生物所研究員馬俊才告訴記者,BOLD目前正在進(jìn)行進(jìn)一步的數(shù)據(jù)更新,,近期內(nèi)鏡像數(shù)據(jù)將從原來(lái)的70余萬(wàn)條數(shù)據(jù)達(dá)到234萬(wàn),。
“然而,這已經(jīng)是數(shù)據(jù)產(chǎn)出兩年之后,,不利于計(jì)劃目標(biāo)的實(shí)現(xiàn)和研究數(shù)據(jù)的比對(duì),。”李德銖指出,。
在李德銖看來(lái),,國(guó)內(nèi)在數(shù)據(jù)共享方面的問(wèn)題更加明顯。據(jù)記者了解,,我國(guó)生命條形碼研究領(lǐng)域有不少研究組還沒(méi)有及時(shí)將數(shù)據(jù)提交到BOLD或中國(guó)生命條形碼信息管理平臺(tái),,而這一定程度上影響了我國(guó)的數(shù)據(jù)集成和BOLD發(fā)號(hào)權(quán)的獲取。
對(duì)此,,喬格俠表示,,封閉的數(shù)據(jù)系統(tǒng)會(huì)阻礙整個(gè)iBOL計(jì)劃目標(biāo)的完成,,且不利于數(shù)據(jù)、信息所支持的國(guó)際交流,,進(jìn)而也會(huì)損害建立封閉系統(tǒng)的成員利益,。
李德銖呼吁,應(yīng)該盡快完善iBOL的共享機(jī)制,,提高生命條形碼數(shù)據(jù)在全球范圍內(nèi)的應(yīng)用和影響力,。
從國(guó)家層面整合數(shù)據(jù)
在國(guó)外,DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)的建立有著總體的方案和執(zhí)行方針,。而我國(guó)則是通過(guò)科研項(xiàng)目的形式支持不同領(lǐng)域的DNA條形碼研究人員或特定的應(yīng)用部門(mén),。
根據(jù)國(guó)際生命條形碼數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn),每個(gè)DNA條形碼都要有完整的憑證標(biāo)本信息,、采集信息和測(cè)序峰圖的原始文件,。但我國(guó)不少研究組和研究人員不能?chē)?yán)格按要求和標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行,數(shù)據(jù)質(zhì)量大打折扣,。中科院昆明植物所研究員高連明說(shuō),,這會(huì)對(duì)大規(guī)模DNA條形碼測(cè)序及高質(zhì)量數(shù)據(jù)產(chǎn)出和條形碼數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化造成限制。
馬俊才認(rèn)為,,我國(guó)的數(shù)據(jù)積累已經(jīng)到達(dá)一定階段,,應(yīng)在國(guó)家層面上,做好數(shù)據(jù)的規(guī)范管理,,整合資源以促進(jìn)數(shù)據(jù)的規(guī)?;a(chǎn)出和有效利用。
在眾位專(zhuān)家的眼中,,在國(guó)內(nèi)實(shí)施一批集中以標(biāo)準(zhǔn)DNA條形碼數(shù)據(jù)產(chǎn)出為目標(biāo)的項(xiàng)目,,迫在眉睫。