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The Cancer Genome Anatomy Project——癌癥基因組剖析計劃（CGAP）
CGAP計劃是一項由NCI建立和主持的交叉學科的計劃,，用來產(chǎn)生用于解碼腫瘤細胞的分子結(jié)構(gòu)所需的信息和技術(shù)工具,。CGAP被分為五個互補的自主部分，每一個都有它自己的目的,，信息學工具和資源,。The Human Tumor Gene Index (hTGI)人類腫瘤基因索引指明了在人類腫瘤發(fā)生過程中的基因表達。Molecular Profiling (MP)分子表達譜展示了用前列腺作為例子來從分子水平分析人類組織樣品的概念,。The Cancer Chromosome Aberration Project (CCAP)癌癥染色體變異計劃（CCAP）描述了同惡性轉(zhuǎn)移相關(guān)的染色體改變,。The Genetic Annotation Index (GAI)遺傳注解索引指明和描繪了同癌癥相關(guān)的多態(tài)性。The Mouse Tumor Gene Index (mTGI)小鼠腫瘤基因索引（mTGI）確定了在小鼠腫瘤發(fā)生過程中的基因表達,。
CGAP概念引導
為什么要有CGAP,？
在過去的二十年中，我們已經(jīng)了解到遺傳學改變是所有癌癥的根結(jié)所在,。為此,，CGAP將統(tǒng)一最新的技術(shù)，以及那些又節(jié)約經(jīng)費又有很高的通量的技術(shù),，來確定所有與癌癥的產(chǎn)生和發(fā)展有關(guān)的基因,。
計劃的目標
獲得關(guān)于正常,，癌前，和惡性細胞的全面的分子學特征,。
計劃資源
所有的數(shù)據(jù)和材料對于研究人員是沒有任何限制的完全開放,。
CGAP FAQ
CGAP是關(guān)于什么的？
概念和演變部分將通過幻燈片向你解釋同這個計劃相關(guān)的最基本的科學概念,。
我如何在CGAP的cDNA庫中找到信息,？
從主頁出發(fā)，在cDNA庫資源下選擇瀏覽庫（Library Browser）來瀏覽按關(guān)鍵子分類的庫的列表,，每一個鏈接都指向更多的關(guān)于這個庫的信息,。
我能得到關(guān)于一個庫的那些特定信息？
在主頁上選擇了庫瀏覽（Library Browser）后,，從庫的列表中選擇一個特定的庫,，你會發(fā)現(xiàn)：
· 關(guān)于建庫的信息。
· 樣品和組織的信息,。
· 從這個庫來源的克隆,，序列，和基因的下載的鏈接,。
分析CGAP數(shù)據(jù),，那些工具是可以獲得的？
對于EST的cDNA庫數(shù)據(jù),，xProfiler允許在兩個或兩個以上的庫之間進行計算基因頻率的比較,。
對于SAGE庫，請到NCBI的SAGEmap站點,。
我可以從哪里獲得CGAP克?。?/p>
關(guān)于如何從IMAGE合作克隆分布網(wǎng)絡(luò)定購特定的cDNA克隆的信息可以在“獲得CGAP試劑”（Obtaining CGAP Reagents）文件中找到,。
我可以從哪里得到用于我自己的癌癥研究的組織樣品,？
關(guān)于如何從NCI合作人類組織網(wǎng)絡(luò)中得到組織的信息可以在“獲得CGAP試劑”（Obtaining CGAP Reagents）文件中找到。
我如何貢獻資源或者與CGAP合作,？
在“獲得CGAP試劑”（Obtaining CGAP Reagents）已經(jīng)描述：
貢獻一個組織,，請同Dr. Michael Emmert-Buck聯(lián)系。
貢獻一個cDNA庫或者考慮同CGAP合作,，請同Dr. Robert Strausberg聯(lián)系,。
在CGAP中使用的方法學和技術(shù)的信息是否可以獲得？
在主頁上選擇方法學“Methodology”,，將把你鏈接到以下信息：
激光截取微切割。
CDNA庫是如何從微切割的組織中做成的,。
表達技術(shù)：那些開發(fā)全面的轉(zhuǎn)錄分析技術(shù)的公司和學術(shù)研究所的概要,。
CGAP Molecular Profiling InitiativeCGAP分子表達譜初步
分子表達譜初步是針對關(guān)于分子分析人類組織樣品的的挑戰(zhàn)的,。這個計劃的目的是：
確定在分析組織樣品是碰到的重要的技術(shù)，分析,，和信息學問題,。 提供方法學，實驗步驟,，和信息學工具,。 以前列腺為樣板，提供在組織的分子分析時研究中碰到的成功,，失敗,，和挑戰(zhàn)。
The Cancer Chromosome Aberration Project (CCAP)癌癥染色體變異計劃（CCAP）
CCAP工具
直接去在CCAP克隆圖譜和復發(fā)改變數(shù)據(jù)的CCAP工具,。
什么是CCAP,？
CCAP的目的是發(fā)展一套工具，用于允許對與惡性轉(zhuǎn)移有關(guān)的特定的染色體改變進行方便的定義和詳盡的描述,。由NCI和NCBI支持,。
CCAP的目的：
將人類基因組的細胞學（在整個染色體上定義的）和物理的（結(jié)構(gòu)）圖譜整合。產(chǎn)生一個克隆庫,，這個庫在遺傳學和物理上都已定位,，可供隨時測序的BAC克隆，這些克隆在人類基因組上的分辨率大概是1-2Mb,。開發(fā)一個數(shù)據(jù)庫,，這個數(shù)據(jù)庫將克隆庫以易于訪問的，用戶友好的,，和有意義的樣式展示,，同時提供一個將癌癥相關(guān)的染色體異常和臨床，組織學信息并行數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)起來的平臺,。
*BAC克隆題供對定位研究有價值的工具,，因為它們含有很大的人類DNA插入，而且可以被熒光標記來定位基因和識別與癌癥染色體變異有關(guān)的區(qū)域,。
關(guān)于CCAP初步
確定染色體的異常對臨床醫(yī)生很有用,，允許對一個給定的癌癥根據(jù)它特定的遺傳“指紋”來診斷，分類,，和治療,。隨著可以獲得的關(guān)于染色體異常的信息的激增，一個公共數(shù)據(jù)庫把這些信息整合進去就有很大的需求,。此外,，作為CCAP初步的一部分，正在努力建立一個精煉的描述命名,，用來定義癌癥細胞的染色體組型的異常（插入,，擴增,，缺失，和移位）,。這個精編是設(shè)計來增加和補充傳統(tǒng)的基于帶型的染色體描述,，增補是通過整合和格式化三種目前發(fā)展水平上的細胞遺傳學分析的數(shù)據(jù)流：染色體帶型分析（SKY），比較基因組雜交（CGH）,，和熒光原位雜交（FISH）,。
The CGAP Genetic Annotation Initiative (GAI) CGAP的遺傳注解索引（GAI）是一項探索和應用那些用來確定和描述在癌癥中重要基因遺傳改變的技術(shù)的研究項目。
GAI努力確定目標基因,。確定基因的改變,，以及開發(fā)利用這些改變的實驗室檢測方法，將擴展用遺傳學手段來理解常見的癌癥和與其相關(guān)的表型,。 GAI使用數(shù)據(jù)挖掘手段從可以公共訪問的DNA序列數(shù)據(jù)和用實驗室方法全面的搜索癌癥相關(guān)基因的變化來確定候選的變化,。 所有的GAI候選，有效,，和確定的遺傳學變化都是可以公開訪問的,。可以通過公共的服務器來來獲得變化預測工具,。
Human Tumor Gene Index (hTGI)
人類腫瘤基因索引（hTGI）
HTGI有兩個主要目的：
識別在人類腫瘤發(fā)生過程中的基因表達 發(fā)現(xiàn)新的人類基因 列在下面的由這個計劃生成的信息出現(xiàn)在NCBI準備的數(shù)據(jù)庫中,，提供了特殊的信息學工具來簡化對這些復雜的數(shù)據(jù)組的分析。
hTGI 工具定位器
cDNA庫
cDNA庫瀏覽器
用于訪問CGAP cDNA庫信息的交互式查詢工具,。
cDNA庫來源
關(guān)于從哪里可以買到CGAP cDNA庫的信息,。
庫，基因,，和序列的概要表
概要表提供鏈接到cDNA庫,，基因和克隆的按組織類型，樣品準備方法和腫瘤發(fā)展的階段分類的列表,。
cDNA克隆
IMAGE合作伙伴
購買cDNA庫克隆的信息
腫瘤抑制基因和癌基因字典
腫瘤抑制基因和癌基因的列表,，提供GenBank的登記號和克隆定購信息。
庫,，基因,，和序列的概要表
概要表提供鏈接到cDNA庫，基因和克隆的按組織類型,，樣品準備方法和腫瘤發(fā)展的階段分類的列表,。
基因
基因發(fā)現(xiàn)
關(guān)于CGAP對新基因發(fā)現(xiàn)的貢獻的綜述。
腫瘤抑制基因和癌基因字典
腫瘤抑制基因和癌基因的列表,，提供GenBank的登記號和克隆定購信息,。
庫，基因，和序列的概要表
概要表提供鏈接到cDNA庫,，基因和克隆的按組織類型,，樣品準備方法和腫瘤發(fā)展的階段分類的列表。
基因表達——以基因來搜索cDNA庫的工具,，返回庫的名字和表達量。
數(shù)字差異顯示
DDD是一個在線工具,，用來在選中的cDNA庫之間比較計算基因表達譜,。
cDNA表達譜
XProfiler是一個在線工具，用來在選中的cDNA庫之間比較計算基因表達譜,。
SAGE圖譜
一個在線工具用來用來在選中的SAGE庫之間比較計算基因表達譜,。
小鼠腫瘤基因索引（mTGI）
小鼠腫瘤基因索引將調(diào)查那些在小鼠中同癌癥發(fā)生有關(guān)途徑的分子決定因素，一是比較與人類同類的癌癥,，二是精確的定義那些可能在人類中難以證明的通路,。
mTGI 工具定位器
cDNA庫
cDNA庫瀏覽器
用于訪問CGAP cDNA庫信息的交互式查詢工具。
庫,，基因,，和序列的概要表
概要表提供鏈接到cDNA庫，基因和克隆的按組織類型,，樣品準備方法和腫瘤發(fā)展的階段分類的列表,。
cDNA克隆
IMAGE合作伙伴
購買cDNA庫克隆的信息
庫，基因,，和序列的概要表
概要表提供鏈接到cDNA庫,，基因和克隆的按組織類型，樣品準備方法和腫瘤發(fā)展的階段分類的列表,。
基因
庫,，基因，和序列的概要表
概要表提供鏈接到cDNA庫,，基因和克隆的按組織類型,，樣品準備方法和腫瘤發(fā)展的
階段分類的列表。
基因表達——以基因來搜索cDNA庫的工具,，返回庫的名字和表達量,。
數(shù)字差異顯示
DDD是一個在線工具，用來在選中的cDNA庫之間比較計算基因表達譜,。
cDNA表達譜
XProfiler是一個在線工具,，用來在選中的cDNA庫之間比較計算基因表達譜。
