2012年8月12日 訊 /生物谷BIOON/ --近日,，由美國研究者進行的全球首個外周T細胞淋巴瘤（PTCL）全基因組測序分析已完成,。該研究團隊的成果已于8月1日在線發(fā)表于《血液》（Blood）雜志上。
來自明尼蘇達州羅切斯特市梅奧醫(yī)學中心（Mayo Clinic）的研究團隊發(fā)現(xiàn),，有13種基因組學異常在外周T細胞淋巴瘤中常見,。其中有5種異常與p53蛋白相關，未突變的p53蛋白在癌癥的抑制中發(fā)揮了重要的作用,。
本研究的首席作者,、來自梅奧個體化醫(yī)學中心的Andrew Feldman博士在新聞發(fā)布會上表示：“每當我做出外周T細胞淋巴瘤診斷時，我就意識到3例患者中有2例會因此疾病而死亡,，這種感覺非常令人難過,，因而我也希望我們的研究能夠改變這種現(xiàn)狀。”
【研究背景】
外周T細胞淋巴瘤具有“侵襲性”特征,，惡性程度較高,，其5年總體存活率約35%。現(xiàn)今,，外周T細胞淋巴瘤治療預后的改善已受到人類對其基因組學和分子病理學了解不足的制約,，這也導致該疾病目前仍缺乏分子治療的靶點。
因此,，研究者們希望能夠利用外周T細胞淋巴瘤基因組學的新知識改進其診斷檢測方法,，并開發(fā)出新的靶向治療手段。但現(xiàn)今在血液系統(tǒng)腫瘤的診斷和治療方面,，仍存在一定盲目性,。
T細胞淋巴瘤最常見的是被稱作非特指型的類型，這基本上就是一個無意義的診斷,，因為未能發(fā)現(xiàn)其特異性的基因組學異常而無法將其歸入特定的T細胞淋巴瘤亞型,，也導致了不同的腫瘤學家所采用的治療方法也不盡相同。
【研究摘要】
為了解決這一問題,，該研究團隊開發(fā)出了新的生物信息學工具,，通過DNA基因組學二代測序分析技術檢測患者染色體重排情況。該工具被用于檢測外周T細胞淋巴瘤患者的16種組織樣本及6種相關細胞系細胞,。
在發(fā)現(xiàn)的5種p53相關基因異常中,，有1種最為常見，即TP63突變,。TP63基因重排見于5.8%（190例中有11例）的外周T細胞淋巴瘤患者中,，且與患者較低的總體存活率相關。
Andrew Feldman博士的研究團隊還發(fā)現(xiàn)了TP53突變,，并認為與其他惡性腫瘤相比,，該突變在外周T細胞淋巴瘤患者中較為罕見。
研究表明，明確疾病的基因組學異常,，有助于了解外周T細胞淋巴瘤中p53基因相關性腫瘤抑制功能是如何被阻斷的,。
本研究得到了Bernard和Edith Waterman的資金支持。（生物谷Bioon.com）
doi:10.1182/blood-2012-03-419937
PMC:
PMID:
Genome-wide analysis reveals recurrent structural abnormalities of TP63 and other p53-related genes in peripheral T-cell lymphomas.
Vasmatzis G, Johnson SH, Knudson RA, Ketterling RP, Braggio E, Fonseca R, Viswanatha DS, Law ME, Kip NS, Ozsan N, Grebe SK, Frederick LA, Eckloff BW, Thompson EA, Kadin ME, Milosevic D, Porcher JC, Asmann YW, Smith DI, Kovtun IV, Ansell SM, Dogan A, Feldman AL.
Abstract
Peripheral T-cell lymphomas (PTCLs) are aggressive malignancies of mature T lymphocytes with 5-year overall survival rates of only ~35%. Improvement in outcomes has been stymied by poor understanding of the genetics and molecular pathogenesis of PTCL, with a resulting paucity of molecular targets for therapy. We developed bioinformatic tools to identify chromosomal rearrangements using genome-wide, next-generation sequencing analysis of mate-pair DNA libraries and applied these tools to 16 PTCL patient tissue samples and 6 PTCL cell lines. Thirteen recurrent abnormalities were identified, of which five involved p53-related genes (TP53, TP63, CDKN2A, WWOX, and ANKRD11). Among these abnormalities were novel TP63 rearrangements encoding fusion proteins homologous to ΔNp63, a dominant-negative p63 isoform that inhibits the p53 pathway. TP63 rearrangements were seen in 11/190 (5.8%) of PTCLs and were associated with inferior overall survival; they also were detected in 2/164 (1.2%) diffuse large B-cell lymphomas. As TP53 mutations are rare in PTCL compared to other malignancies, our findings suggest that a constellation of alternate genetic abnormalities may contribute to disruption of p53-associated tumor suppressor function in PTCL.
