隨著結(jié)構(gòu)基因組的發(fā)展,，對結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，預(yù)測，注釋的工具的應(yīng)用和發(fā)展越來越重要了。在這篇review中作者從四個方面介紹了這個領(lǐng)域近來的發(fā)展：特異的結(jié)構(gòu)比對（specifically structure alignment）,，進(jìn)化距離遠(yuǎn)的同源及類似蛋白的檢測（detection of remote homologs and analogs），同源建模（homology modeling）和從結(jié)構(gòu)預(yù)測功能（use of structures to predict function）,。作者還對結(jié)構(gòu)基因組的各種理論進(jìn)行了探討,，包括基于結(jié)構(gòu)的序列空間聚類和基因組范圍的功能識別等。