據(jù)一篇發(fā)表在12月6日的Journal of Biology上的文章報(bào)道，利用一種高通量RNA表達(dá)模式分析方法能夠快速、可靠地預(yù)測(cè)哺乳動(dòng)物的基因功能,。這種方法挑戰(zhàn)了傳統(tǒng)的認(rèn)為組織特異性是最好的功能預(yù)測(cè)者的觀點(diǎn),，并且可能使人們對(duì)人類(lèi)和其它哺乳動(dòng)物基因組了解所需時(shí)間縮短數(shù)十年,。
多倫多大學(xué)的Tim Hughes和同事利用一種先前只用于簡(jiǎn)單生物體（如酵母和線(xiàn)蟲(chóng)）的技術(shù)對(duì)小鼠的基因組進(jìn)行了研究,。在酵母和其它簡(jiǎn)單有機(jī)體中，具有相同功能的基因的表達(dá)往往具有同步調(diào)節(jié)的特征,。在這些有機(jī)體中,，確定已知和未知基因的相關(guān)聯(lián)的表達(dá)能夠幫助預(yù)測(cè)一個(gè)新基因的功能。一直以來(lái)人們認(rèn)為這種技術(shù)無(wú)法用在哺乳動(dòng)物上,，同一個(gè)組織中表達(dá)的基因最有可能具有一種功能上的聯(lián)系并因此產(chǎn)生了組織特異性,。
在新的研究中，Hughes和同事創(chuàng)造出了含有在55種組織中表達(dá)的40000個(gè)已知的小鼠mRNA的芯片并對(duì)其進(jìn)行分析,。分析結(jié)果表明來(lái)自同一個(gè)GO-BP（Gene Ontology ’Biological Process）類(lèi)別的基因在轉(zhuǎn)錄水平上被協(xié)同調(diào)節(jié)而不取決于它們?cè)诤畏N組織中表達(dá),。
為了證實(shí)這種方法能夠用來(lái)預(yù)測(cè)新的基因功能，研究組對(duì)未知功能的基因進(jìn)行了一種共同表達(dá)分析,。他們用一種稱(chēng)作支持向量機(jī)（一種程序）（SVM）對(duì)芯片檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行分析,。在這之前,，SVM從來(lái)沒(méi)有被用到這個(gè)領(lǐng)域。SVM分析得到的功能預(yù)測(cè)結(jié)果被已有的文獻(xiàn)中的結(jié)果所證實(shí),。
這種新的快速的高通量預(yù)測(cè)哺乳動(dòng)物基因功能的方法將使利用組織特異性作為預(yù)測(cè)因子的時(shí)代成為歷史,，并使功能基因組研究領(lǐng)域發(fā)生革命性的變化。這項(xiàng)研究的結(jié)果也暗示哺乳動(dòng)物中存在更為復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄控制過(guò)程,，轉(zhuǎn)錄因子可能跨越組織的界限來(lái)調(diào)節(jié)功能上相關(guān)的基因的轉(zhuǎn)錄
