據(jù)一篇發(fā)表在12月6日的Journal of Biology上的文章報道,，利用一種高通量RNA表達(dá)模式分析方法能夠快速、可靠地預(yù)測哺乳動物的基因功能。這種方法挑戰(zhàn)了傳統(tǒng)的認(rèn)為組織特異性是最好的功能預(yù)測者的觀點(diǎn),，并且可能使人們對人類和其它哺乳動物基因組了解所需時間縮短數(shù)十年,。
多倫多大學(xué)的Tim Hughes和同事利用一種先前只用于簡單生物體（如酵母和線蟲）的技術(shù)對小鼠的基因組進(jìn)行了研究。在酵母和其它簡單有機(jī)體中,，具有相同功能的基因的表達(dá)往往具有同步調(diào)節(jié)的特征,。在這些有機(jī)體中，確定已知和未知基因的相關(guān)聯(lián)的表達(dá)能夠幫助預(yù)測一個新基因的功能,。一直以來人們認(rèn)為這種技術(shù)無法用在哺乳動物上,，同一個組織中表達(dá)的基因最有可能具有一種功能上的聯(lián)系并因此產(chǎn)生了組織特異性。
在新的研究中,，Hughes和同事創(chuàng)造出了含有在55種組織中表達(dá)的40000個已知的小鼠mRNA的芯片并對其進(jìn)行分析,。分析結(jié)果表明來自同一個GO-BP（Gene Ontology ’Biological Process）類別的基因在轉(zhuǎn)錄水平上被協(xié)同調(diào)節(jié)而不取決于它們在何種組織中表達(dá)。
為了證實這種方法能夠用來預(yù)測新的基因功能,，研究組對未知功能的基因進(jìn)行了一種共同表達(dá)分析,。他們用一種稱作支持向量機(jī)（一種程序）（SVM）對芯片檢測結(jié)果進(jìn)行分析。在這之前,，SVM從來沒有被用到這個領(lǐng)域,。SVM分析得到的功能預(yù)測結(jié)果被已有的文獻(xiàn)中的結(jié)果所證實。
這種新的快速的高通量預(yù)測哺乳動物基因功能的方法將使利用組織特異性作為預(yù)測因子的時代成為歷史,，并使功能基因組研究領(lǐng)域發(fā)生革命性的變化,。這項研究的結(jié)果也暗示哺乳動物中存在更為復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄控制過程，轉(zhuǎn)錄因子可能跨越組織的界限來調(diào)節(jié)功能上相關(guān)的基因的轉(zhuǎn)錄
