在集合了多個(gè)細(xì)胞的群體分析中，稀有細(xì)胞中的分子有可能逃脫檢測(cè),。而且,，這些分析不能就檢測(cè)到的分子究竟來自哪些細(xì)胞提供信息,。單細(xì)胞中mRNA分子的表達(dá)可能與細(xì)胞群所檢測(cè)到的平均表達(dá)差異極大,。因此單細(xì)胞研究是研究表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本中序列差異所必需的。熒光原位雜交（FISH）一直用于原位檢測(cè)單個(gè)mRNA分子,，但它無法分辨非常相似的序列,，因此無法用于等位基因失活和剪接變體等研究。
瑞典烏普薩拉大學(xué)的研究人員近日開發(fā)出一種新方法,，來原位檢測(cè)單個(gè)mRNA分子中的基因突變,。這種方法能協(xié)助鑒定腫瘤細(xì)胞中的變異，目前已發(fā)表在Nature Methods雜志上,。
作為PCR和雜交方法的替代,，鎖式探針（padlock probe）多年來一直用于分析核酸。這些高選擇性的探針通過靶點(diǎn)依賴的連接轉(zhuǎn)變成環(huán)狀分子,。隨后用滾環(huán)擴(kuò)增（RCA）原位擴(kuò)增環(huán)化的鎖式探針,，提供單細(xì)胞水平上靶分子定位的信息。RNA分子也能作為鎖式探針連接的模板,，但RNA的原位檢測(cè)要比DNA檢測(cè)要困難得多,。
烏普薩拉大學(xué)遺傳學(xué)和病理學(xué)系的Mats Nilsson等首先將mRNA轉(zhuǎn)變成cDNA分子，再用鎖式探針和RCA檢測(cè),，從而實(shí)現(xiàn)了轉(zhuǎn)錄本的原位檢測(cè),。根據(jù)研究人員的分析，這種方法能夠鑒定出多個(gè)基因中的單個(gè)突變,。這對(duì)混合了正常細(xì)胞和癌細(xì)胞的腫瘤分析來說特別重要,。
研究人員相信這種方法對(duì)于多種疾病的診斷檢測(cè)的開發(fā)，也是一個(gè)重大突破,。研究人員能夠在包含了多種類型的組織樣本中研究基因變異體的影響,。Nilsson等還打算進(jìn)一步改善這種方法，以鑒定多個(gè)分子,，并分析生物銀行材料,。(生物谷Bioon.com)
生物谷推薦原文出處：
Nature Methods (11 April 2010) | doi:10.1038/nmeth.1448
In situ detection and genotyping of individual mRNA molecules
Chatarina Larsson , Ida Grundberg , Ola S|[ouml]|derberg & Mats Nilsson
Increasing knowledge about the heterogeneity of mRNA expression within cell populations highlights the need to study transcripts at the level of single cells. We present a method for detection and genotyping of individual transcripts based on padlock probes and in situ target-primed rolling-circle amplification.
