2012年9月26日 訊 /生物谷BIOON/ --在人類基因組計劃的最初階段,，人們的熱情高漲,。這項計劃是昂貴的和費時費力的,，但是臨床上的益處卻是史無前例的,。一旦生命的完整藍圖被破解,，人類一系列疾病的遺傳基礎就會被揭示出來,，這就允許進行個人定制的診斷與資料，從而在醫(yī)學領域引發(fā)一場變革,?；蛘咚皇窍胂笾械摹?/p>
相反,，美國亞利桑那州立大學進化醫(yī)學與信息學中心主任Sudhir Kumar說,，“科學家們在個人基因組編碼的全部蛋白中發(fā)現了上千個突變，但是卻不知道它們是否與健康或疾病相關聯,。”
Kumar 解釋道,，科學家們和臨床醫(yī)生利用計算機工具從他們發(fā)現的眾多突變中篩選有意義的變異體，但是這些工具的準確性可能比較低,。
如今,，在一項新研究中，Kumar,、Li Liu和他們的同事們描述了一種新技術來在這樣的測試中降低假陽性率,，因而能夠增加它們的可靠性。相關研究結果于近期在線刊登在Nature Methods期刊上,。
這種被稱作EvoD(Evolutionary Diagnosis, 進化診斷)的新技術部分上利用比較基因組學來分析特定人基因變異體可能存在的意義,。已證實EvoD在人基因組的蛋白編碼區(qū)(也被稱作外顯子組)中進化上最為保守的位點能夠發(fā)揮著更加好的作用。
就像Liu解釋的那樣,，研究人員對外顯子組中的極其保守的位點上發(fā)生的突變產生濃厚的興趣,，這是因為這些突變在蛋白質功能上通常發(fā)揮著至關重要的作用。在這些高度保守而在進化上很少發(fā)生變化的位點因發(fā)生突變而導致蛋白功能受損的變異體很可能對健康產生深刻的負面影響,，它們經常產生所謂的孟德爾疾病(Mendelian disease),。在診斷這位突變時，EvoD要比現有的方法發(fā)揮出更加好的效果,。
亞利桑那州立大學進化醫(yī)學與信息學中心如今將EvoD作為一種在線工具提供給大眾,，而且基因組研究人員已開始使用它。這種新技術和工具為更加深入地理解基因組變異和探索個人化疾病診斷奠定基礎,。(生物谷：Bioon.com)
doi: 10.1038/nmeth.2147
PMC:
PMID:
Evolutionary diagnosis method for variants in personal exomes
Sudhir Kumar, Maxwell Sanderford, Vanessa E Gray, Jieping Ye, Li Liu
Each human exome contains thousands of nonsynonymous single-nucleotide variants (nSNVs) that have unknown biological effects. The potential impact of nSNVs on biological function is now routinely assessed using computational methods for application in biomedical research and clinical genome profiling reports. Of the variants receiving a non-neutral (function-damaging) prediction,…
