基因調(diào)節(jié)所發(fā)生的變化被認(rèn)為是形態(tài)演化的核心,，但這種變化的分子基礎(chǔ)仍然不清楚?，F(xiàn)在，對(duì)1500萬(wàn)年前出現(xiàn)在Drosophila biarmipes種系中的一個(gè)翼斑的遺傳所做的分析,，反映了這一雄性色斑圖案（在配偶選擇中很可能是一個(gè)因素）是怎樣通過(guò)Engrailed蛋白的結(jié)合點(diǎn)的出現(xiàn)來(lái)演化的,。Engrailed蛋白是深度保留的轉(zhuǎn)錄因子,，涉及節(jié)肢動(dòng)物形體的形成。這樣便形成了一個(gè)跨越演化時(shí)間的變化“處方”：調(diào)節(jié)DNA序列的隨機(jī)突變生成潛在的結(jié)合點(diǎn),。如果一個(gè)新的結(jié)合點(diǎn)被一個(gè)現(xiàn)有轉(zhuǎn)錄因子識(shí)別出來(lái),，基因表達(dá)的變化就可能會(huì)出現(xiàn)，而且如果條件允許,，新的形態(tài)特征就會(huì)出現(xiàn),。