生物谷Bioon.com訊 科學家使用全基因組關聯(lián)（GWA）方法，識別了非洲人結核易感性增加的遺傳變異,。這是首次在非洲人群中使用該方法識別出這種疾病的變異,，表明在非洲人群中進行這樣的研究也是可行的，盡管他們具有高度的遺傳多樣性,。
這項研究是由英國牛津大學的Adrian Hill教授和德國漢堡伯恩哈德-諾赫特熱帶醫(yī)學研究所的Rolf Horstmann教授共同主持的,。研究結果發(fā)布在Nature Genetics雜志上
過去幾年中，全基因組關聯(lián)在識別疾病易感性增加的遺傳變異方面作用顯著,。這類研究需要在人類基因組范圍內(nèi)分析成百上千的遺傳標記,，尋找在患者中存在的變異。
到目前為止,，已有150多項不同的研究使用GWA成功識別了遺傳變異,，但是這其中95-98%的研究只是在歐洲人中進行的。由于非洲人的遺傳多樣性,，很多科學家質(zhì)疑是否這些研究對這類人群同樣有效,。
這項研究中，參與的樣本有11,，000多個,，其中3，699個病例,，7,，726個對照。這些樣本來自加納,，岡比亞和馬拉維,，研究人員通過對樣本進行GWA研究，檢測增加結核易感性的遺傳變異,。
結核病是世界上死亡率較高的一種疾病,，由結核分枝桿菌引起,。每年至少900萬的人需要接受治療，超過200萬的人死于這種疾病,。
研究人員在18號染色體上識別出了該遺傳變異,，發(fā)現(xiàn)它位于"基因沙漠"上，這是一個大多數(shù)情況下沉默的區(qū)域,，我們通常稱之為"垃圾DNA"（ junk DNA）,，表明該變異本身并不是一個基因，但是可能參與基因調(diào)控,。而周圍的區(qū)域看起來似乎高度保守,，換句話說，相對地在一些物種中這些區(qū)域幾乎沒有變化,。研究結果表明,，該變異區(qū)域在機體功能調(diào)節(jié)方面發(fā)揮著重要的作用。
Adrian Hill教授解釋說："盡管我們已經(jīng)知道其他的一些遺傳變異增加了結核的易感性,，但這是首次使用全基因組關聯(lián)方法識別的,。這是非常重要的，因為它表明我們同樣能夠在非洲人中進行這些研究,，不僅僅在歐洲人中獲得成功,。盡管非洲人群遺傳非常復雜，但是我們相信在非洲人中增加GWA研究的樣本數(shù)量將會有效,。"
"非洲人口具有高度多樣性,，"Rolf Horstmann教授也這樣表示,，"以岡比亞為例,，至少有7大語言群體，而每一個群體之間都存在細微的種族背景差異,。但我們相信這類增加出來的復雜性能夠通過增加研究的樣本數(shù)量克服,。"
這項研究是一個里程碑式的進步，它減輕了像全基因組關聯(lián)這類方法在使用中產(chǎn)生的不公平性,，同時可以使我們更好地理解影響非洲人健康的疾病遺傳基礎,。（生物谷Bioon.com）
原文出處：
Nature Genetics DOI: 10.1038/ng.639
Genome-wide association analyses identifies a susceptibility locus for tuberculosis on chromosome 18q11.2
Thorsten Thye,Fredrik O Vannberg,Sunny H Wong,Ellis Owusu-Dabo,Ivy Osei,John Gyapong,Giorgio Sirugo,Fatou Sisay-Joof,Anthony Enimil,Margaret A Chinbuah,Sian Floyd,David K Warndorff,Lifted Sichali,Simon Malema,Amelia C Crampin,Bagrey Ngwira,Yik Y Teo,Kerrin Small,Kirk Rockett,Dominic Kwiatkowski,Paul E Fine,Philip C Hill,Melanie Newport,Christian Lienhardt,Richard A Adegbola et al.
We combined two tuberculosis genome-wide association studies from Ghana and The Gambia with subsequent replication in a combined 11,425 individuals. rs4331426, located in a gene-poor region on chromosome 18q11.2, was associated with disease (combined P = 6.8 × 10?9, odds ratio = 1.19, 95% CI = 1.13–1.27). Our study demonstrates that genome-wide association studies can identify new susceptibility loci for infectious diseases, even in African populations, in which levels of linkage disequilibrium are particularly low.
