近日,，中國科學(xué)院北京基因組研究所基因組科學(xué)與信息重點實驗室“百人計劃”研究員雷紅星,，開展的“阿爾茲海默癥染色體區(qū)域研究”取得階段性進(jìn)展,，其研究論文《Chromosome 19p in Alzheimer’s disease： when genome meets transcriptome》于2013年8月在《Journal of Alzheimer's Disease》雜志上發(fā)表,。該研究證明了在AD的腦部轉(zhuǎn)錄組中,，染色體區(qū)域19p（chromosome 19p,， chr19p）是最顯著擾動的染色體區(qū)域,；并提出了基因組和轉(zhuǎn)錄組兩方面的證據(jù),，來表明chr19p在AD致病機(jī)理中起到的特殊作用。
阿爾茲海默癥（Alzheimer's disease,，AD）,，又稱老年癡呆癥，是一種進(jìn)行性發(fā)展的致死性神經(jīng)退行性疾病,。目前,，在全基因組關(guān)聯(lián)研究（genome-wide association studies， GWAS）的背景下,，散發(fā)性AD的遺傳學(xué)機(jī)理還不是十分清楚,。盡管遺傳學(xué)研究已經(jīng)確定了包括chr19p13.2在內(nèi)的幾個與AD顯著相關(guān)的基因位點，但這些基因位點在AD的致病機(jī)理中所起到的功能作用仍有待進(jìn)一步研究,。
為此,，雷紅星研究員及其研究團(tuán)隊基于AD腦部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析，找出了那些在散發(fā)性AD中具有較大擾動的基因,，這些基因被認(rèn)為在AD的致病機(jī)理中有著重要的調(diào)控作用,。然后進(jìn)一步考察了這些基因在不同染色體區(qū)域上的分布情況。研究人員發(fā)現(xiàn)chr19p是最顯著擾動的染色體區(qū)域,，而且它包含著chr19p13.2條帶區(qū),。chr19p13.2在之前的遺傳學(xué)研究中，被認(rèn)為是遲發(fā)型AD（late-onset AD,， LOAD）的主要遺傳易感區(qū)域,。與此同時，LOAD最顯著的易感基因——APOE相關(guān)基因簇,，也位于19號染色體的q臂上,。基因組和轉(zhuǎn)錄組之間這種奇妙的關(guān)聯(lián),，促使研究人員進(jìn)一步去研究了chr19p 上那些顯著擾動基因的功能,。最后，研究人員分析了一組到目前為止最大的AD腦部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集,，將其作為文章結(jié)論的一個獨立驗證,。
在這些分析的基礎(chǔ)上，雷紅星研究員指出：“基因組和轉(zhuǎn)錄組兩方面的證據(jù)都表明了chr19p在AD致病機(jī)理中起到的特殊作用，今后研究者們可以更加密切地關(guān)注chr19p上的一些變化,。”（生物谷Bioon.com）
doi:10.3233/JAD-130917
PMC:
PMID:
Chromosome 19p in Alzheimer's Disease: When Genome Meets Transcriptome
Jiajia Wang1, 2, Xuemei Feng1, Zhouxian Bai1, 2, Lee-Way Jin3, Yong Duan4, Hongxing Lei1, 4
Genetic studies have identified several genomic loci including chr19p13.2 relevant to Alzheimer's disease (AD) susceptibility. However, the functional roles of these genomic loci in AD pathogenesis require further clarification. Transcriptome as an endophenotype is critical for the understanding of disease mechanism. Here we demonstrate that chr19p is the most significantly perturbed chromosome region in AD brain transcriptome. With dual evidence from genome and transcriptome, chr19p likely play a special role in AD pathogenesis.
