在大批量分析生物分子的實驗性差異時,，生物芯片方法是一種十分有效的技術(shù)。一般芯片掃描儀使用激光束逐個掃過每個像素,，直至微芯片上的所有點都被掃描,，并被以高解析度圖片的形式保存下來。接著進行便是數(shù)據(jù)提取的過程,，以便將表達于芯片上的實驗組及對照組的相對熒光強度數(shù)值記錄下來,。這牽涉到大量的計算各種雙熒光比例值的步驟，也會產(chǎn)生大量的統(tǒng)計數(shù)據(jù)供進一步分析之用,。
因為各種不同的實驗?zāi)康?，本文不特別推薦哪種數(shù)據(jù)分析方法。通常當(dāng)用下列三種計算方法：中值比例值（Ratio of Median）,、比值中間值（Median of Ratio）,、回歸比例值（Regression Ratio）能得到相近的結(jié)果時，我們便認(rèn)為該數(shù)據(jù)點是可信的,。本文將向你提供有助于你對結(jié)果的質(zhì)量,、可靠性做出判斷的信息以及其它的生物學(xué)相關(guān)信息。
柱形圖
在GenePix Pro的“柱形圖頁”中顯示cy3與cy5通道的像素強度的分布,。柱形圖最主要的作用是評估PMT（光電倍增管基值）的設(shè)定,，以確保掃描電壓不被設(shè)的過高，避免像素強度達到飽和的數(shù)值~65535,。同時柱形圖也用來平衡cy3和cy5的信號強度,，通過調(diào)節(jié)PMT電壓值使紅色、綠色的柱形曲線重疊,。更多關(guān)于柱形圖設(shè)定及圖像平衡方面的信息,，請參閱用戶手冊及在線幫助。
數(shù)據(jù)點：由GenePix Pro辨識的可顯示的獨立點。
GenePix Pro軟件采用兩種不同的散點圖來提供數(shù)據(jù)點附加的視覺信息,。第一種就是所謂的“特征像素分布圖”（圖1）,，繪制一個以數(shù)據(jù)點的cy3強度為x軸，cy5強度為y軸的圖像,。該圖對于評價單個數(shù)據(jù)點的數(shù)據(jù)質(zhì)量是十分有幫助的,。同時特征像素分布圖的對話框也顯示兩種熒光的中間值、背景強度,、以及三種比例值,。可方便的進行比較,，進一步地研究有問題的點,，并在必要時將其去除。（例如,，三種比例值之間的差異大于10％或R2的值過低,。進一步的討論請參見第二部分。）
圖1特征像素分布圖
第二種位于“散點圖頁”中（圖2）,，它允許用戶自由選擇x,、y軸所代表的數(shù)據(jù)。散點圖在實驗圖像數(shù)據(jù)重現(xiàn)方面的功能十分強大,，特別適合用于判斷“結(jié)果頁”中數(shù)據(jù)的質(zhì)量,，并將其標(biāo)記為“好點”與“壞點”。例如數(shù)據(jù)點索引號(index)/對數(shù)比例值(Log Ratio)的散點圖為我們提供一個當(dāng)前數(shù)據(jù)變化的直觀匯總,。本文的第二部分將向我們進一步提供有關(guān)散點圖繪制的例子。
圖2 散點圖
此主題相關(guān)圖片如下：
