Median of Ratio——MR（比值中間值）Mean Of Ratio（比值平均值）
定義：所有特征像素強(qiáng)度比例值的中間值或平均值,。
生物學(xué)相關(guān)信息：此方法為測定樣品的活性變化提供了另一個(gè)選擇,。用以計(jì)算此比值的像素分布,，顯示于“圖像頁”中的數(shù)據(jù)點(diǎn)查看器中（圖4）,。計(jì)算均值比例值的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可得到比例值的標(biāo)準(zhǔn)差,，為直觀地觀察芯片的比例值分布提供了又一條途徑,。高質(zhì)量的芯片用兩種比例值的計(jì)算方法（整體計(jì)算與逐像素計(jì)算）得到的值將非常相似,。兩者之間較大的差異可能表明芯片的質(zhì)量或?qū)嶒?yàn)的程序有問題,。
圖示：在數(shù)據(jù)點(diǎn)查看器中由黑框框出的值為單個(gè)像素的強(qiáng)度值。RP代表當(dāng)前像素（圓圈標(biāo)出的）的強(qiáng)度比例值,；P代表兩種波長（635nm,、532nm）各自的強(qiáng)度值。

Ratio SD（比例值的標(biāo)準(zhǔn)差）
定義：數(shù)據(jù)點(diǎn)中所有像素的強(qiáng)度比例值的標(biāo)準(zhǔn)差,。該數(shù)值的獲得是以逐個(gè)計(jì)算像素的比例值為基礎(chǔ)的,，并且已去除背景。
生物學(xué)相關(guān)信息：Ratio SD表示當(dāng)前數(shù)據(jù)點(diǎn)比值中間值的分布情況,。在“散點(diǎn)圖”中用Ratio SD與index作圖,，可更方便的根據(jù)用戶的要求來選擇和標(biāo)記數(shù)據(jù)點(diǎn)（例如當(dāng)Ratio SD大于3便標(biāo)為“壞點(diǎn)”）。也可與比值中間值配合,，用來驗(yàn)證表達(dá)差異較大的數(shù)據(jù)點(diǎn),，是否在數(shù)值分布水平方面也是可接受的（Ratio SD<2）。

Rgn Ratio——rR（回歸比例值）
定義：計(jì)算635nm/532nm強(qiáng)度比例值的第三種方法,。它是以兩種熒光的強(qiáng)度（635nm,，532nm）作圖，并通過回歸的方法確定最適曲線的斜率,。
生物學(xué)相關(guān)信息：回歸比例值并不區(qū)分背景像素和特征像素,，在計(jì)算時(shí)也不去除背景。因此回歸比例值可作為獨(dú)立的參照與比值中間值,、中值比例值進(jìn)行比較,。回歸比例值在檢驗(yàn)單個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)的質(zhì)量時(shí)很有效,，這是因?yàn)橛娠柡拖袼睾突覊m引起的過強(qiáng)信號對回歸比例值的計(jì)算的影響很大,。如整張芯片的回歸比例值的顯著大于比值中間值或中值比例值的話，則可能是PMT的設(shè)定過高或是芯片上的灰塵污染較多造成的,。
Rgn R2（回歸修正系數(shù)的平方值）
定義：Rgn R2是計(jì)算給定數(shù)據(jù)點(diǎn)的最小方差回歸擬合時(shí)的一個(gè)系數(shù)，它決定了最終回歸的適合度,。它是回歸修正系數(shù)的平方值,，數(shù)值分布于0～1之間。
生物學(xué)相關(guān)信息：Rgn R2代表能用回歸曲線描述的像素?cái)?shù)占所有回歸像素的比例,。Rgn R2為1時(shí)代表所有的回歸像素都能用回歸曲線描述（像素都在一條直線上）,；Rgn R2為0時(shí)代表回歸曲線不能描述任何一個(gè)像素。Rgn R2能有效的表述某一數(shù)據(jù)點(diǎn)的一致性,。點(diǎn)的強(qiáng)度不均勻（可能是樣品分布不均或雜交效率低）或意外缺失某一熒光,，將導(dǎo)致Rgn R2的值變小。在某一塊或整個(gè)芯片中大量點(diǎn)的Rgn R2值都較低,，說明可能是點(diǎn)樣的質(zhì)量較差或雜交的程序有問題,。
F Pixels（特征像素?cái)?shù)）
定義：數(shù)據(jù)點(diǎn)中像素的數(shù)目,。請注意，這里的特征像素?cái)?shù)指的是構(gòu)成數(shù)據(jù)點(diǎn)的像素?cái)?shù),，而不是數(shù)據(jù)點(diǎn)查看器中的特征像素強(qiáng)度值,。
生物學(xué)相關(guān)信息：特征像素?cái)?shù)是數(shù)據(jù)點(diǎn)中的可觀測的像素?cái)?shù)。
B Pixels（背景像素?cái)?shù)）
定義：構(gòu)成當(dāng)前數(shù)據(jù)點(diǎn)背景的像素?cái)?shù),，在數(shù)據(jù)點(diǎn)查看器的底部，緊接著數(shù)據(jù)像素?cái)?shù)（F Pixels）以B＝’n’的形式顯示,。
生物學(xué)相關(guān)信息：背景像素?cái)?shù),，作為一項(xiàng)質(zhì)量控制的數(shù)值，可以與芯片上的所有的數(shù)據(jù)點(diǎn)進(jìn)行比較,。也可應(yīng)用于“散點(diǎn)圖”來進(jìn)行快速評價(jià)（用index序號與背景像素?cái)?shù)作圖）,。假定整張芯片上的數(shù)據(jù)點(diǎn)的尺寸一致的話，特征像素?cái)?shù)與背景像素?cái)?shù)的之間的比值應(yīng)是穩(wěn)定的（數(shù)目大致相差8倍）,。如芯片的背景像素?cái)?shù)異常增大（大于8倍特征像素?cái)?shù)）,，說明數(shù)據(jù)點(diǎn)的定位圈比正常的要來的大。這種情況有可能是由于背景異常而引起的數(shù)據(jù)點(diǎn)的定位圈的尺寸增大,，在處理時(shí)要謹(jǐn)慎對待,。
Sum of Median（中間值之和）Sum of Mean（平均值之和）
定義：在兩種波長條件下，已去除背景的像素中間值或平均值的總和,。
生物學(xué)相關(guān)信息：如某一數(shù)據(jù)點(diǎn)的雙熒光的信號都較差,，則將得到較小的中間值之和。當(dāng)像素強(qiáng)度與背景水平相當(dāng)時(shí),，兩種波長的中值任何微小的變化會(huì)使比例值顯著的變大或變小,。因此對于中間值之和較小的數(shù)據(jù)點(diǎn)應(yīng)謹(jǐn)慎處理。與中間值之和相同,，平均值之和也向我們提供了數(shù)據(jù)點(diǎn)的一部分信息,。然而正如前面提到的，用平均值進(jìn)行分析時(shí),，其穩(wěn)定性比用中間值的要來的差些,。
Log Ratio（對數(shù)比例值）
定義：中值比例值的以2為底的對數(shù)。
生物學(xué)相關(guān)信息：對數(shù)比例值提供了一個(gè)反映表達(dá)活性成倍數(shù)變化的指標(biāo),。負(fù)數(shù)代表對照組樣品的表達(dá)強(qiáng)于實(shí)驗(yàn)組樣品,；正數(shù)代表對照組樣品的表達(dá)弱于實(shí)驗(yàn)組樣品。連續(xù)整數(shù)的變化代表相對活性比增大或減少2倍,。（如Log Ratio＝2,，代表實(shí)驗(yàn)組活性比對照組強(qiáng)4倍；如Log Ratio＝3,，代表實(shí)驗(yàn)組活性比對照組強(qiáng)8倍）
F635 Median-B635F532 Median-B532F635 Mean-B635F532 Mean-B532
定義：當(dāng)前數(shù)據(jù)點(diǎn)的已減去背景的像素強(qiáng)度中間值或平均值,。
生物學(xué)相關(guān)信息：這些值常應(yīng)用于中值比例值或均值比例值的計(jì)算,。因?yàn)橐褱p去背景（因此不需要在腳本文件中加入額外的代碼來實(shí)現(xiàn)去除背景的功能），所以這些數(shù)值比較適合于腳本文件的編寫,。在去除背景時(shí)，高背景和弱表達(dá)的數(shù)據(jù)點(diǎn)會(huì)受到不同程度的影響,，因此這些值不應(yīng)再被應(yīng)用于質(zhì)量控制,，這時(shí)應(yīng)采用635nm、532nm的中間值,、平均值或中間值之和,。
Flags（標(biāo)記）
定義：見表格。
生物學(xué)相關(guān)信息：無,。
數(shù)據(jù)點(diǎn)類型 是否由用戶選定,？ 定義 在“標(biāo)記”列中的數(shù)值
Good 是 用戶感興趣的數(shù)據(jù)點(diǎn) ＋100
Bad 是 不符合用戶質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的 －100
Absent 自動(dòng) ID號在GAL文件中無法找到 －75
Not Found 自動(dòng) 自動(dòng)尋點(diǎn)時(shí)未探測到該點(diǎn) －50