來(lái)自日本農(nóng)業(yè)生物科學(xué)研究所（National  Institute  of  Agrobiological  Sciences，NIAS）,，中科院上海生命科學(xué)研究院SIBS,，臺(tái)灣中央研究院，英國(guó)Wellcome  Trust基因科學(xué)園（Wellcome  Trust  Genome  Campus）EMBL,，菲律賓國(guó)際水稻研究所（International  Rice  Research  Institute,，IRRI），加拿大麥基爾大學(xué)（McGill  University）,，美國(guó)布克海文國(guó)家實(shí)驗(yàn)室（Brookhaven  National  Laboratory,，BNL），德國(guó)國(guó)立環(huán)境與健康研究中心  (GSF-National  Research  Center  for  Environment  and  Health）等多國(guó)組成的研究團(tuán)隊(duì)公布了水稻Oryza  sativa  L.  ssp.  japonica栽培變種日本晴（Nipponbare）的全基因組序列注解,，并將這一研究成果公布在《Genome  Research》雜志上,。

        參予這一研究的中方人員包括上海生化所趙強(qiáng)（Qiang  Zhao）等。

        水稻(Oryza  sativa  L.)是最重要糧食作物之一,，也是世界1/2以上人口的主食,，與其相關(guān)的遺傳學(xué)和分子生物學(xué)研究一直倍受研究者的重視。水稻基因組（430  Mb）是禾谷類作物中最小的,，且易于遺傳操作并與其他禾谷類作物存在共線性,，目前已成為遺傳學(xué)和基因組研究的模式植物。至2002年,，秈,、粳稻兩個(gè)亞種全基因組工作框架圖的測(cè)定和粳稻基因組全長(zhǎng)序列的測(cè)定相繼完成。這不僅有利于探明水稻基因功能,，而且還有利于闡明更大和更復(fù)雜的禾谷類基因組研究,，水稻基因組測(cè)序的研究成功更是有助于為全人類的食物安全提供保障。

        中國(guó)在其中相關(guān)研究中表現(xiàn)出了極大的積極性，1998年至2001年,，中國(guó)科學(xué)院基因組信息中心暨北京華大基因研究中心（簡(jiǎn)稱基因信息中心）等12家單位,，利用全基因組霰彈法(whole  genome  shotgun  sequencing,  WGS)，構(gòu)建了秈稻93-11基因組工作框架圖和低覆蓋率的培矮64S草圖,，并最先向全世界公布了水稻93-11全基因組框架圖,。

        在這篇文章中，研究人員對(duì)Nipponbare這種變種進(jìn)行了全基因組注釋,，包括蛋白和非蛋白編碼RNA（npRNA）候選的全功能注釋,。其中研究人員識(shí)別或推斷了70%（19,969）蛋白的功能，并發(fā)現(xiàn)131個(gè)可能的npRNAs（包括58個(gè)反義轉(zhuǎn)錄本）,。

        研究人員在插入突變系中還發(fā)現(xiàn)了5000個(gè)注釋蛋白編碼基因,，這有利于加速注釋的未來(lái)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。這些位點(diǎn)主要是通過(guò)水稻中cDNA序列以及其它典型谷類確定的,，基于這些位點(diǎn)和一種外推法的保守性評(píng)估結(jié)果表明水稻基因數(shù)目是-32,000——比預(yù)期的小,。研究人員也進(jìn)行了水稻和擬南芥的比較分析，發(fā)現(xiàn)這兩種基因組都包含了幾個(gè)系特異性（lineage-specific）基因,，這也許說(shuō)明了這些物種之間的可觀測(cè)性差異,，但是這些物種也有相似的蛋白序列預(yù)知功能區(qū)域系。除此之外,，研究人員也進(jìn)行了蛋白編碼基因進(jìn)化過(guò)程檢測(cè),。

        這些研究結(jié)果說(shuō)明自然選擇也許在這兩種物種的重復(fù)基因（duplicated  genes）形成中扮演著重要作用，因此這種duplication是由一種有利于基因功能的模式進(jìn)行抑制或激活調(diào)控的,。