自然界中的基因有千萬種,,哪類基因最為常見和最為豐富,?由美國南佛羅里達(dá)州立大學(xué)、圣迭戈州立大學(xué)和芝加哥大學(xué)科學(xué)家組成的研究小組在對大量基因組進(jìn)行成功解碼后找到了答案,,那就是有“自私DNA(脫氧核糖核酸)”之稱的轉(zhuǎn)座子,。轉(zhuǎn)座子基因的豐度和廣度表明,它們在進(jìn)化和生物多樣性的保持中發(fā)揮了至關(guān)重要的作用,。
轉(zhuǎn)座子因其獨特的行為在科學(xué)界獲得了諸多“名號”,。目前僅知的功能就是到處傳播自己,故有人昵稱其“自私基因”,;根據(jù)轉(zhuǎn)座子可在生物體內(nèi)或生物體之間移動,并產(chǎn)生不斷變化的遺傳物質(zhì)的特性,,也有人將其叫做“跳躍基因”,。南佛羅里達(dá)州立大學(xué)海洋科學(xué)學(xué)院研究員米亞·布賴特巴特稱,轉(zhuǎn)座子還有個稱呼叫“剪貼基因”,,它們能持續(xù)地改變和移動,,有時甚至還能將其他基因一起帶來。
此項發(fā)表在最新一期《核酸研究》Nucleic Acids Research上的發(fā)現(xiàn)之所以引起廣泛關(guān)注,,不僅是因其給這些常見的DNA片段帶來了新的認(rèn)識,,還在于科學(xué)家們在該項目中所進(jìn)行的大規(guī)模的計算。該項目由圣迭戈州立大學(xué)牽頭,,使用了阿貢國家實驗室的一臺目前世界上最快的計算機用于測序分析,。研究小組對數(shù)千種細(xì)菌、古細(xì)菌,、真核和病毒的基因組序列以及數(shù)千種環(huán)境群落宏基因組中的蛋白編碼基因和基因標(biāo)簽進(jìn)行了分析,。
布賴特巴特說,科學(xué)家們常在研究項目中使用轉(zhuǎn)座子基因來進(jìn)行各種實驗,,以對研究的生物體內(nèi)的基因?qū)嵤┳儺?、破壞或是敲除等。但轉(zhuǎn)座子也能帶來新的功能,,并創(chuàng)造出生物體內(nèi)的多樣性,。研究人員表示,轉(zhuǎn)座子基因在基因組中是如此的無所不在,,以至于它們常常被忽略,。它們能從一個地方遷移到另一個地方,,引發(fā)出通常而言是有害的變異和重組,但偶爾其也能幫助生物體存活,。
生物學(xué)教科書一般認(rèn)為在光合作用中能固定二氧化碳的酶是地球上最為豐富的酶,,也據(jù)此推測能對這種酶進(jìn)行編碼的基因也應(yīng)當(dāng)是最豐富的。共同研究者之一,、開羅大學(xué)的拉米·阿齊茲表示,,科學(xué)家們都會期待那些重要的基因會出現(xiàn)在自然界最豐富基因榜的前列,不過研究卻發(fā)現(xiàn),,被某些科學(xué)家稱為“垃圾DNA”的轉(zhuǎn)座子反倒統(tǒng)治著已知基因世界,。
不過,轉(zhuǎn)座子基因在整個自然界中并非均勻分布,,有些基因組中有許多轉(zhuǎn)座子基因,,而另一些基因組中則缺失轉(zhuǎn)座子基因。布賴特巴特表示,,科學(xué)家們才剛剛開始理解轉(zhuǎn)座子在環(huán)境中的存在和作用,,這些極其成功的基因正到處擴散其DNA,制作大量的副本并侵入所有類型的生命體,。
在此前的研究中,,已知轉(zhuǎn)座子在人類基因組中占據(jù)40%的份額,不過從沒有在不同生態(tài)系統(tǒng)中對其進(jìn)行綜合評估,。阿齊茲表示,,現(xiàn)在人們終于知道,在截至目前所采樣的幾乎每個生態(tài)系統(tǒng)中都有大量的此類基因存在,,這些基因加速了變異和多元化的進(jìn)程,,從而驅(qū)動了不同生物體的進(jìn)化。(生物谷Bioon.com)
生物谷推薦原文出處:
Nucleic Acids Research doi:10.1093/nar/gkq140
Transposases are the most abundant, most ubiquitous genes in nature
Ramy K. Aziz1,2,*, Mya Breitbart3 and Robert A. Edwards4,5
1Computation Institute, University of Chicago, Chicago, IL 60637, USA, 2Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Pharmacy, Cairo University, 11562 Cairo, Egypt, 3College of Marine Science, University of South Florida, 4Department of Computer Science, San Diego State University, San Diego, CA 92182 and 5Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory, Argonne, IL 60439, USA
Genes, like organisms, struggle for existence, and the most successful genes persist and widely disseminate in nature. The unbiased determination of the most successful genes requires access to sequence data from a wide range of phylogenetic taxa and ecosystems, which has finally become achievable thanks to the deluge of genomic and metagenomic sequences. Here, we analyzed 10 million protein-encoding genes and gene tags in sequenced bacterial, archaeal, eukaryotic and viral genomes and metagenomes, and our analysis demonstrates that genes encoding transposases are the most prevalent genes in nature. The finding that these genes, classically considered as selfish genes, outnumber essential or housekeeping genes suggests that they offer selective advantage to the genomes and ecosystems they inhabit, a hypothesis in agreement with an emerging body of literature. Their mobile nature not only promotes dissemination of transposable elements within and between genomes but also leads to mutations and rearrangements that can accelerate biological diversification and—consequently—evolution. By securing their own replication and dissemination, transposases guarantee to thrive so long as nucleic acid-based life forms exist.