美國(guó)芝加哥伊利諾伊大學(xué)和英國(guó)諾威奇基因組分析中心的研究人員運(yùn)用SGI(R)UV(TM)加速藥物發(fā)現(xiàn),,進(jìn)行復(fù)雜問(wèn)題分析。生物技術(shù)領(lǐng)域的研究人員近期宣布在SGI(R) UV(TM)高效計(jì)算機(jī)(HPC)用于高密度計(jì)算實(shí)踐中取得了突破性進(jìn)展,。SGI UV是當(dāng)今工業(yè)應(yīng)用的一種先進(jìn)的可量化共享存儲(chǔ)架構(gòu),,用于解決許多最困難和復(fù)雜的計(jì)算問(wèn)題,。
芝加哥伊利諾伊大學(xué)的制藥生物技術(shù)中心和英國(guó)基因組分析中心成功引入了該技術(shù)。芝加哥伊利諾斯大學(xué)的制藥生物技術(shù)中心的研究人員發(fā)明了一種用于治療傳染性疾病的新療法,,其核心是利用新耐菌株和失效療法治療多種疾病,。發(fā)現(xiàn)構(gòu)成新抗菌劑分子骨架的新化合物是項(xiàng)艱巨的任務(wù)。一種可行的方法就是通過(guò)檢測(cè)各類(lèi)化合物庫(kù)中成千上萬(wàn)種化合物對(duì)獨(dú)特靶標(biāo)的作用,,找出對(duì)細(xì)菌生長(zhǎng)有抑制作用的化合物,。該過(guò)程以前是一項(xiàng)非常耗時(shí)、耗資源和高成本的工作,。
另一個(gè)平行方法是化合物的立體結(jié)構(gòu)已經(jīng)確定,,可虛擬篩選與獨(dú)特靶標(biāo)相互作用的化合物。在虛擬庫(kù)中篩選分子后,,再給它們定級(jí),。成百萬(wàn)個(gè)分子以這種方式被篩選,選出來(lái)的化合物逐漸形成作測(cè)試的小庫(kù),。虛擬篩選要求運(yùn)用數(shù)百個(gè)處理器對(duì)成百萬(wàn)個(gè)化合物進(jìn)行平行篩選,。
芝加哥伊利諾斯大學(xué)制藥生物技術(shù)中心的教授麥克爾·約翰遜介紹說(shuō),在過(guò)去十多年間,,中心的研究人員運(yùn)用的是SGI IRIX(R) OS計(jì)算機(jī)群,,現(xiàn)在改為用裝有Intel(R) Xeon(R)大型陣列處理器和NVIDIA(R) Tesla(R)繪圖處理器的SGI UV高效計(jì)算機(jī)來(lái)處理數(shù)據(jù)。這些計(jì)算機(jī)群在管理連續(xù)和平行計(jì)算時(shí)表現(xiàn)出很好的靈活性,,而它們對(duì)SGI系統(tǒng)的兼容性使研究人員可以無(wú)縫地接入SGI,,并可擴(kuò)展其計(jì)算能力來(lái)解決這些年與日俱增的許多復(fù)雜問(wèn)題。(生物谷Bioon.com)