藥品集中托管在收支管理環(huán)節(jié)上,，實行藥品“收支兩條線”。醫(yī)院藥品收入統(tǒng)一到政府衛(wèi)生財政,，每月由政府與供應商結算藥款,。同時，政府衛(wèi)生部門通過財政方式補貼回到醫(yī)院,。除了通過剝離醫(yī)院采購權與收支兩條線所擠壓出的灰色利益空間,，由于引入第三方電子交易平臺，醫(yī)院和藥廠直面交易,，這種直通車模式排斥了藥品流通環(huán)節(jié),，節(jié)約流通成本。
江蘇省醫(yī)藥公司副總經理 陳冬寧
以前我們商業(yè)公司是靠這個藥品差價,，比如說我進來一塊錢,，我賣了一塊一或者一塊零五，我賺了這個差價,，來獲取利潤,，現在我是靠我的配送，配送費來獲取我們企業(yè)的利潤的,。這是現在這個集中采購跟以前的不一樣的,，最大的不同。
陳東寧承認,，在藥品集中托管中,，從藥品經營企業(yè)到藥品配送企業(yè)的簡單身份轉換，擠出了部分藥品企業(yè)經營利潤,。
江蘇省醫(yī)藥公司副總經理 陳冬寧
靠藥品差價相對來講利潤要比現在配送的利潤要高一點,，比如說我們毛利能達到六個點到七個點，也就是一千萬,，假如我做一千萬的話,，我的毛利可能也要達到六十萬左右，現在只有達到四十萬左右了。
2008年8月,，江蘇和浙江的部分醫(yī)藥企業(yè)曾聲討南京的藥品集中托管模式,，他們擔心在新的藥品集中托管模式中，生產企業(yè)和經營企業(yè)將處于前所未有的弱勢地位中,，生產企業(yè)面對著直接的低價壓力,，而經營企業(yè)則必須面對弱化為“搬運工”的窘境。雖然利潤被擠壓,，但陳冬寧承認,，藥品集中托管對于他們這樣的醫(yī)藥經營企業(yè)來說，也并非是一件壞事,。
江蘇省醫(yī)藥公司副總經理 陳冬寧
說實話,，醫(yī)院有拖欠現象，三個月,、四個月,，甚至五個月的，在這次招標中,，這次集中網上集中采購中,，因為有政府信用的擔保，我們可以在預定的時間,，兩個多月就可以及時到帳了,，資金的周轉對我們這個流動企業(yè)來講，很重要的,，提前一個月,，說實話，影響力也不小,，本質上我們的利就很薄,，所以從這點上講，我們的企業(yè)的利益得到了保障,。
就在一些國有醫(yī)藥經營企業(yè)因為南京的藥品集中托管而抱怨的時候,，一家民營醫(yī)藥經營企業(yè)卻借著這個機會打進了南京三甲醫(yī)院。
九州通集團董事局主席 劉寶林
最近呢就是應該說是我們九州通有史以來能夠直接在三甲醫(yī)院開戶的這樣一個首例,，現在南京市有九家三甲醫(yī)院,，我們在開戶了八家，因為這是一個很大的突破,。
同樣是在2000年,，與宿遷改制醫(yī)院同時發(fā)展的這家民營醫(yī)藥經營通企業(yè)，這9年以來,，從沒有給二甲級以上的公立醫(yī)院往配送過藥品,，更不用說登上三甲醫(yī)院的藥房大門了。
九州通集團董事局主席 劉寶林
我們的配送主要是對藥店，民營的醫(yī)院,、診所,、社區(qū)醫(yī)院、農村衛(wèi)生站這些所謂的第三終端這是我們的銷售渠道,。
而這次南京采用的藥品集中托管,，把原本往三甲醫(yī)院銷售藥品的醫(yī)藥經營企業(yè)利潤從原來的8%，壓縮到了4%,。一些小型藥品經營企業(yè)由于中間環(huán)節(jié)利潤的擠壓，不得不退出了這個市場,，民營醫(yī)藥經營企業(yè)卻仰仗著強大的藥品配送優(yōu)勢和集約化的物流體系,，擠進了三甲醫(yī)院的藥房。
九州通集團董事局主席 劉寶林
具備了這種現代藥物物流,，能夠用最低的成本,、最好的效果來進行配送的這種能力，所以,，這就把我們作為南京這塊的三甲醫(yī)院的配送單位,，我覺得這是一個巨大的進步，這是一個很大的進步,，因為九州通的話在這些企業(yè)公司當中,，能夠被政府直接制定為三甲醫(yī)院，就是有配送資格,，應該說還是首次,。
隨著南京藥品集中托管的實施，把藥品經營企業(yè)的利潤大大縮水,，藥品經營企業(yè)之間的競爭更加激烈,，民營醫(yī)藥經營企業(yè)低利潤的藥品配送優(yōu)勢逐漸顯現。藥品經營企業(yè)應該如何發(fā)展呢,？
中國醫(yī)藥企業(yè)管理協(xié)會會長 于明德
因為正常的流通秩序啊,，是應該有生產，有流通這個社會分工的,，你不可能把流通企業(yè)拋開,，讓所有的醫(yī)院直接對一個生產企業(yè)去買藥品，為什么呢,？每一個企業(yè)生產藥品都是幾個或者十幾個,，醫(yī)院一采購就是幾百個甚至于上千個，沒有一個企業(yè)能滿足,，那么就造成大量的社會資源每一個企業(yè)都來投它的標或者和他來洽談,，巨大的浪費。而且這個消耗了相當多的時間，本來社會分工就是有這樣一個中間機構,，流通機構來代表生產企業(yè)去為醫(yī)院做服務,，是非常集約化的一種服務，也效率比生產企業(yè)自己做要高,，你硬要把它拋開,，實際上違背社會發(fā)展規(guī)律的事情。我覺得它很難行得通,。
而對于藥品集中托管的主體之一——醫(yī)藥企業(yè),，對南京的這個舉動，卻是異口同聲地持贊成態(tài)度,。
南京圣和醫(yī)藥集團懂事長 張勇
以前招標呢,，有的是生產企業(yè)投，有的是當地的配送公司投,，那配送公司投的時候呢,，它這一個環(huán)節(jié)了，有時候就不見得就是說它投的價格就是生產企業(yè)所要的價格,。這樣的話,，那醫(yī)院拿到的價格，往往也就不是最便宜的價格,。這一次他就要求就是說,，由企業(yè)直接來投，那企業(yè)它最清楚自己的成本,，同時也非常清楚自己在保證質量情況下,，能按什么成本，就能生產了,，所以這次投標以后呢,，應該說就是醫(yī)院拿到的價格都是最便宜的價格。
張勇說出了為何招標藥品,，中標后企業(yè)不生產了的根源,，以往的藥品招標的大都是醫(yī)藥經營企業(yè)，而這些醫(yī)藥經營企業(yè),，有時不是十分了解藥品和成本,，難免有為了藥品中標而相互壓價的情況。藥品經營企業(yè)過低的報價超過了藥品生產的底線,，所以就出現了后來的中標就死的一些藥品,。
