在生物體內有一類酶,，它們能將外來的DNA切斷，即能夠限制異源DNA的侵入并使之失去活力,，但對自己的DNA卻無損害作用,，這樣可以保護細胞原有的遺傳信息。由于這種切割作用是在DNA分子內部進行的,，故名限制性內切酶(簡稱限制酶),。限制酶是基因工程中所用的重要切割工具,。科學家已從原核生物中分離出了許多種限制酶,，并且已經(jīng)商品化,，在基因工程中廣泛使用。根據(jù)限制酶切割的特點,，可將它們分為兩大類：一類是切割部位無特異性的,；另一類是可特異性地識別核苷酸序列，即只能在一定的DNA序列上進行切割,。這種能被特異性識別的切割部位都具有回文序列,，也就是在切割部位，一條鏈正向讀的堿基順序與另一條鏈反向讀的順序完全一致,，如圖3?8所示DNA的堿基順序,。在基因工程中使用的多數(shù)是后一類酶。限制酶在特定切割部位進行切割時,，按照切割的方式,，又可以分為錯位切和平切兩種。錯位切一般是在兩條鏈的不同部位切割,，中間相隔幾個核苷酸,，切下后的兩端形成一種回文式的單鏈末端，這個末端能與具有互補堿基的目的基因的DNA片段連結,，故稱為黏性末端,。這種酶在基因工程中應用最多。另一種是在兩條鏈的特定序列的相同部位切割,，形成一個無黏性末端的平口,。

在基因操作過程中，除了限制酶以外,，還要用一系列的酶類,，才能完成全過程。例如,，堿性磷酸酯酶,、DNA多聚酶、末端轉移酶,、多核苷酸酶,、逆轉錄酶等。這些酶都有各自特殊的催化功能,，現(xiàn)在都有商品出售,，可以根據(jù)不同的需要選用。