巴西圣保羅州的官員認為,，在巴西,，乙醇與汽油相比，具有經(jīng)濟上的優(yōu)勢,，巴西的生物燃料計劃也符合世界生產(chǎn)可持續(xù)性能源的發(fā)展模式,。巴西平均每年用甘蔗生產(chǎn)44億加侖（165億升）的生物燃料，在世界上居領(lǐng)先地位,。普遍認為,，生物燃料與礦物燃料相比是降低溫室氣體排放的一個途徑，因此可減少人類所造成的全球氣候變暖,。

    但是,，巴西環(huán)境保護專家警告說，用甘蔗大規(guī)模生產(chǎn)乙醇可能會破壞亞馬孫雨林和熱帶稀疏大草原的生態(tài)系統(tǒng),，例如塞拉多地區(qū),。大規(guī)模種植甘蔗將造成物種多樣性減少、水質(zhì)問題及棲息地破碎化,。生物燃料直接或間接地造成巴西天然生物多樣性降低,。

    塞拉多地區(qū)（面積190萬km2）是南美最大的熱帶稀疏草原，也是世界鳥類,、爬行動物,、魚類和昆蟲種類最豐富的地區(qū)之一。據(jù)《保護生物學(xué)》雜志報道,，塞拉多地區(qū)50%以上的土地已成為牧地，造成土壤侵蝕,、生物多樣性降低,、生境破碎、非鄉(xiāng)土草本植物蔓延,，這主要源于發(fā)展畜牧和種植大豆,。
    巴西有大面積的鄉(xiāng)土林，受經(jīng)濟利益的驅(qū)使,，在塞拉多地區(qū),，像甘蔗等高經(jīng)濟價值作物將替代大豆等作物和牧業(yè),，并不斷擴展進而蠶食林地。另一個潛在的憂慮是發(fā)展棕櫚樹,，因為其果實油脂也可生產(chǎn)生物能,。在巴西亞馬孫地區(qū)，為了發(fā)展棕櫚油,，也造成該地區(qū)生境發(fā)生變化,。在印尼和馬來西亞，種植棕櫚人工林,，是破壞熱帶雨林最主要的因素,。

    用甘蔗生產(chǎn)乙醇造成的其他問題還有，甘蔗收獲后燃燒秸稈造成空氣污染,，生產(chǎn)乙醇工廠排出的廢水污染水源等,。