二級生物安全柜的一個獨有特征就是由垂直層狀薄片的(無定向的)HEPA過濾器過濾后,，再安全柜內部形成向下流動的氣流,。氣流不斷地沖能可產(chǎn)生空氣傳播感染的安全柜內部，從而避面存放在柜體內的樣品受到感染。這樣的氣流被稱作下沉氣流。

不同型號的二級生物安全柜的主要區(qū)別在于：排氣的比例以及氣體經(jīng)過空氣高壓再循環(huán)的比例不同。另外,，不同的二級生物安全柜具有不同的排氣方式：有的安全柜將空氣過濾后直接排到室內，有的是通過連接到專用通風管道上的套管或通過建筑物的排風系統(tǒng)排到建筑物外面,。除了以上所提及的不同之外,，所有的二級生物安全柜同1級生物安全柜一樣，能夠保護操作人員和實驗室環(huán)境免受危害,。另外,，二級安全柜也能夠保護產(chǎn)品樣本在微生物操作過程中免受污染。二級生物安全柜可以在一,，二,，三級生物安全水平的生物因子操作中使用。