由中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)玉米中心,、華大基因研究院、美國(guó)愛(ài)荷華大學(xué),、明尼蘇達(dá)大學(xué)等單位合作的研究成果“基因丟失與獲得的多態(tài)變化揭示玉米中的雜交優(yōu)勢(shì)的機(jī)制”在國(guó)際著名雜志《自然—遺傳學(xué)》上在線發(fā)表,，該研究報(bào)道了中國(guó)重要玉米骨干親本的全基因組的單核苷酸多態(tài)性、插入/缺失多態(tài)性以及基因獲得和缺失變異圖譜,，對(duì)玉米的遺傳學(xué)研究和分子育種提供了非常有價(jià)值的資源,。
該項(xiàng)研究對(duì)6個(gè)中國(guó)重要玉米雜交組合骨干親本進(jìn)行全基因組重測(cè)序,，利用SOAP軟件v2.18比對(duì)獲得的12.6億75bp的雙末端片段與玉米的參考基因組序列，發(fā)現(xiàn)了100多萬(wàn)個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（SNPs）和3萬(wàn)多個(gè)插入缺失多態(tài)性位點(diǎn)（IDPs）,，建立了高密度的分子標(biāo)記的基因圖譜,。同時(shí)研究還發(fā)現(xiàn)了101個(gè)低序列多態(tài)性區(qū)段，在這些區(qū)段中含有大量在選擇過(guò)程中與玉米性狀改良有關(guān)的候選基因,。
此外,，通過(guò)將玉米自交系Mo17及其他自交系的基因序列與玉米自交系B73的基因序列比對(duì)，研究人員對(duì)玉米自交系中基因丟失與獲得的多態(tài)性進(jìn)行了研究,，發(fā)現(xiàn)在不同的自交系中存在不同數(shù)量的基因丟失與獲得性變異,；利用SAOPdenovo軟件對(duì)在其它自交系中存在而在B73中缺失的序列進(jìn)行組裝，研究人員發(fā)現(xiàn)了很多目前公布的B73參考基因組序列中丟失的基因,。這些發(fā)現(xiàn)不僅為高產(chǎn)雜交玉米育種骨干親本的培育提高了重要的多態(tài)性標(biāo)記,，同時(shí)也補(bǔ)充了玉米基因數(shù)據(jù)集，為進(jìn)一步挖掘玉米基因組和遺傳資源提供了大量數(shù)據(jù),。
玉米具有非常顯著的雜交優(yōu)勢(shì),，利用該優(yōu)勢(shì)是提高產(chǎn)量主要的手段之一。在該報(bào)道中,，研究人員選擇了中國(guó)歷史上和目前廣泛流行的高產(chǎn)雜交組合骨干親本,，并且根據(jù)多態(tài)性追蹤了這些骨干親本育成過(guò)程中基因組的變化方式。報(bào)道指出,，目前的育種對(duì)遺傳資源的組合利用還是有限的,，玉米的育種還存在著巨大的潛力。除此之外,，該報(bào)道還發(fā)現(xiàn)這些骨干親本組合基因組的組合可以彌補(bǔ)另一方功能元件的缺失,，這種基因丟失與獲得的多態(tài)變化和其他無(wú)義突變的互補(bǔ)作用可能與雜種優(yōu)勢(shì)有關(guān)。
華大基因研究院的項(xiàng)目負(fù)責(zé)人徐訊說(shuō)：“隨著測(cè)序成本的降低和已知基因組序列的物種增多,，重測(cè)序已經(jīng)成為動(dòng)植物育種研究中最為迅速而有效的方法之一,，可在全基因組水平上掃描并檢測(cè)與玉米重要性狀相關(guān)的突變位點(diǎn)。玉米基因組數(shù)據(jù)資源的不斷擴(kuò)充將對(duì)玉米基因組學(xué)研究和應(yīng)用有著巨大的推動(dòng)作用,。”（生物谷Bioon.com）
