環(huán)球能源網(wǎng)認為，第二代生物煉油廠從木質(zhì)纖維素原料如秸桿,、牧草和木屑生產(chǎn)生物燃料,，將與當今谷物乙醇工廠相提并論而受到追捧，但是,，迄今該技術(shù)仍因成本太高而未能達到與之相競爭的程度,。然而,，最近谷物價格的上漲意味著已使第一代谷物乙醇生產(chǎn)成本與第二代生物燃料相接近,。美國化學工業(yè)學會于2007年8月出版的《生物燃料、生物產(chǎn)品和生物煉制》一書作出如此判斷,。愛荷華州立大學機械工程系的研究人員對從淀粉和纖維素材料生產(chǎn)燃料的投資和操作成本作出比較,。研究表明，對于1.5億加侖汽油當量能力規(guī)模裝置的投資費用,，從常規(guī)谷物乙醇裝置的1.11億美元到先進（費-托法合成）裝置的8.54億美元,。然而，最終燃料成本的差別不是很大,，當谷物成本為3.00美元/蒲式耳（1蒲式耳=35.238公升）時谷物乙醇成本為1.74美元,，而生物質(zhì)成本為50美元/噸時纖維素生物燃料成本為1.80美元。
研究人員對生物化學和熱化學途徑生產(chǎn)生物燃料進行了比較,，比較表明,，這兩種方法的投資費用都比常規(guī)谷物乙醇工廠高出許多，它們都沒有重要的投資成本優(yōu)勢,。
表1列出1.5億噸加侖汽油當量/年的各種方案,，工廠投費用和操作成本。圖1示明1.5億噸加侖汽油當量/年的工廠操作成本,。在第二代派生的各種方案中,，熱化學法制氫的操作成本最低（1.05美元/加侖汽油當量）,，其次是甲醇（1.28美元）、木質(zhì)纖維素乙醇（1.76美元）和費托合成柴油（1.80美元）,。相比之下,，這一規(guī)模工廠谷物乙醇的生產(chǎn)成本為1.22美元/加侖汽油當量，除了氫氣外,，它比所有纖維素生物燃料要價廉,。
研究表明，雖然谷物乙醇與纖維素生物燃料的生產(chǎn)成本可以相對比較,，但纖維素生物燃料工廠的投資成本要高出許多,，目前這仍會影響到它們的大規(guī)模商業(yè)化應(yīng)用。
表1. 1.5億噸加侖汽油當量/年的工廠投費用和操作成本（2006年基準）,，美元
燃料
總投資費用,，百萬美元
單位生產(chǎn)量（每天汽油當量桶數(shù)）的投資費用
操作成本，美元/加侖汽油當量
谷物乙醇
111
13,000
1.22
纖維素乙醇
756
76,000
1.76
甲醇
606
66,000
1.28
氫氣
543
59,000
1.05
費托合成柴油
854
86,000
1.80
