2021年2月4日 訊 /生物谷BIOON/ --近日,，一篇發(fā)表在國際雜志Proceedings of the National Academy of Sciences上的研究報告中,，來自日本多個研究機構(gòu)的科學(xué)家們通過研究,，成功利用機器學(xué)習(xí)算法來從人類基因組中識別古老的RNA病毒殘留物,，文章中,，研究人員描述了他們?nèi)绾谓淌贏I系統(tǒng)來識別RNA病毒殘留并利用其在人類基因組中搜索,。

此前研究結(jié)果表明,，當(dāng)個體被病毒感染后,，病毒有時就會通過添加自身的RNA來改變宿主的DNA；而其它研究則表明,，在很多年前能夠感染群體的古老病毒有時會將其RNA殘留物留在人類的基因組中,，而尋找諸如此類殘留物對于科學(xué)家們而言有著很大的挑戰(zhàn)，因為每一種疑似病毒都需要進行大量的比較,；而本文研究中,，研究人員利用機器學(xué)習(xí)算法來幫助加速這一研究。

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為了訓(xùn)練這種算法,，研究人員利用來自已知非逆轉(zhuǎn)錄內(nèi)源性RNA病毒元件的RNA,，他們的想法就是通過利用現(xiàn)代病毒RNA來訓(xùn)練算法，這樣這種系統(tǒng)就能了解病毒RNA的大體樣子,，研究者認為,，這種共性可能存在于古代病毒的RNA中；當(dāng)經(jīng)過訓(xùn)練后,，研究人員就能調(diào)整該系統(tǒng)來盡可能地預(yù)防多種假陽性結(jié)果的出現(xiàn),，隨后他們就開始對人類基因組進行研究并識別出了將近100種可能性。對這些可能性分析后,，研究者發(fā)現(xiàn),，許多的可能性都是已知的，許多可能性都低于他們所設(shè)定的門檻,，最后就剩下了一種可能的未知病毒殘留,。

研究人員觀察了同樣的病毒殘留是否也會在其它物種的基因組中出現(xiàn)，比如黑猩猩等,；結(jié)果發(fā)現(xiàn)的確如此,；這一研究發(fā)現(xiàn)表明，這一插入至少發(fā)生在4300萬年前的物種分化之前的時期,。最后研究者表示,，這種新方法或能擴展到研究其它類型的病毒，同時還能揭示其它的殘留物,。后期研究人員還將繼續(xù)對古代病毒進行深入研究,，并揭示其如何嵌入到人類基因組中，這或許有望幫助研究者發(fā)現(xiàn)一些現(xiàn)代病毒的特殊行為,。（生物谷Bioon.com）

原始出處：

Shohei Kojima,Kohei Yoshikawa,Jumpei Ito, et al. Virus-like insertions with sequence signatures similar to those of endogenous nonretroviral RNA viruses in the human genome, Proceedings of the National Academy of Sciences (2021). DOI: 10.1073/pnas.2010758118