最近,，刊登在國際雜志The Journal of Chemical Physics上的一篇研究報告中,，來自美國溫安洛研究所的研究人員通過研究開發(fā)出了一種名為fABMACS的計算機(jī)工具，該工具能夠超越對蛋白質(zhì)的靜態(tài)成像,，而且能夠幫助研究者有效理解這些分子的功能,，從而或?qū)⒓铀偎幬锏拈_發(fā)過程。

        蛋白質(zhì)是細(xì)胞中的主力分子,，其攜帶著遺傳代碼所賦予的指令(功能),，而且蛋白質(zhì)的形狀在功能決定以及同其它分子相互作用上扮演著重要的角色，對這些相互作用進(jìn)行研究或?qū)椭芯空呱钊胩剿鞯鞍踪|(zhì)的功能并且開發(fā)出針對多種類型疾病的靶向性療法,。研究者Bradley Dickson指出,，靶向藥物設(shè)計的目標(biāo)就是開發(fā)出一種能夠同蛋白質(zhì)發(fā)生特異性相互作用的分子，而這往往需要對蛋白質(zhì)-藥物之間的相互作用進(jìn)行詳細(xì)描述,。

        新型工具fABMACS的開發(fā)就是研究者們向新型藥物開發(fā)邁出的重要一步，因為其能夠幫助研究者節(jié)省時間和金錢,，同時還能夠幫助研究者有效利用當(dāng)前的軟件來預(yù)測潛在藥物同蛋白質(zhì)相互作用的方式,。科學(xué)家們通常會基于對蛋白質(zhì)的不同快照影像來確定蛋白質(zhì)同潛在藥物相互作用的機(jī)制，然而這些圖像是靜態(tài)的,，而且并不能描述出蛋白質(zhì)形狀發(fā)生的改變,。研究者Rothbart說道，這些靜態(tài)圖像就為我們利用fABMACS工具深入研究提供了重要的線索,，fABMACS能夠讓我們模擬藥物發(fā)生的化學(xué)改變,，同時快速預(yù)測這些改變?nèi)绾斡绊懰幬锿邢虻鞍字g的相互作用，最終這就能幫助我們改善對藥物的設(shè)計和開發(fā)的思路,。

        為了闡明fABMACS工具的能力,，研究者在血液癌癥1期臨床試驗中對表觀調(diào)節(jié)蛋白BRD4同特殊藥物之間的相互租用進(jìn)行了多次計算機(jī)的模擬研究，結(jié)果研究者發(fā)現(xiàn),，化合物化學(xué)結(jié)構(gòu)的輕微改變就能夠改善同靶向蛋白的結(jié)合,，從而改善其作用效率。

        fABMACS工具是當(dāng)前分子動力學(xué)軟件的強(qiáng)化版本,，其是基于GROMACSv5.0.5而開發(fā)出來的,，同時還優(yōu)化了網(wǎng)路通信和負(fù)載平衡，這樣就能夠幫助研究者完成更多的工作量;同時fABMACS中還內(nèi)置有特殊的配置工具,，這些配置工具能夠使得代碼匹配不同的應(yīng)用軟件,，而且并不需要用戶對代碼進(jìn)行手動編輯，這樣就增加了該工具的可轉(zhuǎn)移性,。