生物技術(shù)在環(huán)境保護方面的應(yīng)用體現(xiàn)在兩方面,，一個是在工業(yè)生產(chǎn)過程中的清潔生產(chǎn)，一是生物技術(shù)應(yīng)用于環(huán)保產(chǎn)業(yè),。前者,，主要體現(xiàn)在采用生物酶催化生產(chǎn)過程方面。目前已經(jīng)在實際生產(chǎn)過程中得到應(yīng)用的生物酶產(chǎn)品涵蓋糖酶,、蛋白酶,、脂肪酶/酯酶、多肽酶,、裂解酶,、轉(zhuǎn)移酶等種類，其中糖酶有15種,，脂肪酶11種,，蛋白酶4種。

        生物環(huán)保產(chǎn)業(yè)目前規(guī)模不大,，環(huán)保生物技術(shù)企業(yè)的營業(yè)額僅占整體生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)的2.2%,。雖然企業(yè)數(shù)量、規(guī)模,、資金,、人員、產(chǎn)品都遠(yuǎn)不如制藥產(chǎn)業(yè),，但是目前環(huán)保生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)的投入各領(lǐng)域研發(fā)的比例相當(dāng)積極,。以2002年為例，產(chǎn)業(yè)界投入研發(fā)的經(jīng)費占營業(yè)額的21％,，研發(fā)方向上,，45%的為基因探針和DNA-標(biāo)記技術(shù)在環(huán)保方面的應(yīng)用開發(fā)，40%的為生物恢復(fù)和生物過濾,、生物材料,、萃取和發(fā)酵等傳統(tǒng)生化制程和微生物、病毒學(xué)/微生物生態(tài),。業(yè)者應(yīng)用生物技術(shù)工具（遺傳因子,、Proteomics、Gene  shuffling）到傳統(tǒng)制造業(yè)和合成制程和給料中,，以研發(fā)出新的或是改良生產(chǎn)方法以制造工業(yè)原料,、中間體和消費物品為主,。2002年在生物恢復(fù)和生物過濾的產(chǎn)品和生產(chǎn)過程最多，其次為發(fā)酵,，生物加工,，生物轉(zhuǎn)換等傳統(tǒng)生化生產(chǎn)過程。

        全球現(xiàn)在進行受嚴(yán)重污染的土壤進行恢復(fù)時都是使用微生物/酵素來清理,，應(yīng)用生物技術(shù)生產(chǎn)出可以分解各種污染介質(zhì)的微生物/酵素的前瞻性研究正在全球興起,。未來幾年內(nèi)具生態(tài)效益(eco-efficiency)的酵素是未來市場最迫切需求，誰能最先推出誰就是市場贏家,。在可持續(xù)發(fā)展成為主題的21世紀(jì),，環(huán)保生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)在各國受到了空前的重視。